就在这时候，满清开始崛起。万历四十五年，努尔哈赤以七大恨告天，发兵攻明，次年攻占辽东重镇抚顺。明兵大败，总兵官张承荫战死，万余兵将全军覆没，举朝震骇。四十七年，辽东经略杨镐率明军十八万，叶赫（满清的世仇）兵二万，朝鲜（中国的属国）兵二万，兵分四路，大举攻清。清兵八旗兵约六万人，集中兵力，专攻西路一路。西路军的总兵官杜松是明军的勇将，平时最喜欢做的事，就是脱去衣衫，将满身的累累刀枪瘢痕向人夸示。出兵之时，他脱去上身衣衫，在城中游街，百姓鼓掌喝彩。
西路这一仗，称为“萨尔浒之役”，明军有火器钢炮，军火锐利得多。但杜松有勇无谋，他是统兵六万的兵团司令，却打了赤膊，露出全身伤疤，一马当先的冲锋。大概他是《三国演义》的读者，很羡慕“虎痴”许褚的勇猛。在“许褚裸衣斗马超”这回书中，描写许褚“卸了盔甲，浑身筋突，赤体提刀，翻身上马，来与马超决战。”果然威风得紧。但不知他记不记得许褚这场狠斗，结果是“操兵大乱，许褚背中两箭”？有趣的是，小说的评注者评道：“谁叫汝赤膊？”明清两军列阵交锋之时，突然天昏地暗，数尺之外就什么也瞧不见了。杜松又犯了一个大错误，下令众军点起火把。这一来，明军在光而清军在暗，明军照亮了自身，成为清兵的箭靶子。努尔哈赤统兵六旗作主力猛攻，他儿子代善和皇太极各统一旗在右翼侧攻。结果杜松的遭遇比许褚惨得多，身中十八箭而死，当真是“谁叫汝赤膊？”总兵官阵亡，明军大乱，六万兵全军覆没。
努尔哈赤采取了“集中主力，各个击破”的正确战略，一个战役、一个战役的分开来打。明军北路总兵官马林、东路总兵官刘絍都大败阵亡，朝鲜都元帅率众降清。
刘絍是当时明朝第一大骁将，打过缅甸、倭寇，曾率兵援助朝鲜对抗日本入侵，大小数百战，威名震海内。他所用的镔铁刀重一百二十斤，马上轮转如飞，天下称为“刘大刀”。他的大刀比关羽的八十一斤青龙偃月刀还重了三十九斤。据说他能单手举起一张摆满了酒菜碗筷的柏木八仙桌，在大厅中绕行三圈。连杜松、刘絍这样的骁将都被清兵打死，明军将士心理上受到的打击自然沉重之极，提到满清“辫子兵”时不免谈虎色变。
这场大战是明清两朝兴亡的大关键，而胜败的关键在于：第一、明方的主帅杨镐是文官，完全不懂军事。第二、明朝政事腐败已达极点，连带的军政也废弛不堪，军队久无训练，完全没有必要的军事准备1。
杨镐全军覆没，朝廷派熊廷弼去守辽东。
万历四十六年七月，熊廷弼刚出山海关，铁岭已经失陷，沈阳及附近诸城堡的军民纷纷逃窜。熊廷弼兼程进入辽阳。经过神宗数十年来的百事不理，军队纪律荡然，士无斗志，骑兵故意将马匹弄死，以避免出战，只要听到敌军来攻，满营兵卒就一哄而散。熊廷弼面临的局面实在困难已极2。军饷本已十分微薄，但皇帝还是拚命拖欠，不肯发饷3。
神宗见边关上追饷越迫越急，知道挨不下去了，可是始终不肯掏自己腰包，结果想出了一个对策：再加田赋百分之二。连同以前两次，已共加百分之九，然而向百姓多征的田赋，未必就拿来发军饷，皇帝的基本兴趣是将银子藏之于内库。
边界上的警报不断传来，群臣日日请求皇帝临朝，会商战守方略。皇帝总是派太监出来传谕：“皇上有病。”吏部尚书赵焕实在忍不住了，上奏章说：“将来敌人铁骑来到北京城外，陛下也能在深宫中推说有病，就此令敌人退兵吗？”4神宗看了这道讽刺辛辣、实已近乎谩骂的奏章，只是心中怀恨，却说甚么也不肯召开一次国防会议。
神宗搜括的银锭堆积在内库，年深月久，大起氧化作用，有的黑得像漆，有的脆腐如泥土5，就是不肯拿出来用。但他终于死了，千千万万的银两，一两也带不去6。
神宗，神宗，真是“神”得很，神经得很！
1崇祯时任大学士的徐光启在《庖言》中说：满洲人旧都北门，居住的大都是铁匠，延袤数里。
在当时那便是一个规模庞大的兵工厂组合了。
因此满洲兵的盔甲精良，头盔、面具、护臂、护手，都是精铁所制，马匹的要害处也有精铁护具。但明兵盔甲却十分简陋，除了胸背有甲之外，其余部分全无保护。满洲兵冲到近处，专射明兵的脸及胁，中箭必死。又据当时明人程令名说，努尔哈赤所居的都城“北门外则铁匠居之，专治铠甲；南门外则弓人、箭人居之，专造弧矢。”
2熊廷弼于八月二十九日上书朝廷，陈述辽东明军情况：“残兵……身无片甲，手无寸械，随营糜饷，装死扮活，不肯出战……点册有名，及派工役而忽去其半；领饷有名，及闻警告而又去其半……将领皆屡次征战存剩、及新败久废之人，一闻警报，无不心惊胆丧者……见在马一万余匹，多半瘦损，率由军士故意断绝草料，设法致死，备充步兵，以免出战，甚有无故用刀刺死者。……坚甲利刃，长枪火器，丧失俱尽。今军士所持弓皆断背断弦，所持箭皆无羽无镞，刀皆缺钝，枪皆顽秃。甚有全无一物而借他人以应点者。又皆空头赤体，无一盔甲遮蔽。……闻风而逃，望阵而逃，惧战而逃。顷闻北关信息，各营逃者日以千百计。如逃止一二营或数十百人，臣犹可以重法绳之。今五六万人，人人要逃。虽有孙吴军令，亦难禁止。”
3万历四十八年三月，熊廷弼上奏：“四十七年十二（疑为“一”字）月赴户部，领饷二十万两，十二月领饷十万两，四十八年正月领饷十五万两，俱无发给……岂军到今日尚不饿，马到今日尚不瘦不死，而边事到今日尚下急耶？军兵无粮，如何不卖袄裤杂物？如何不夺民间粮窖？如何不夺马料养自己性命，马匹如何不瘦不死？而户部犹漠然不一动念。”他说户部犹漠然不一动念，是客气的说法，漠然不动一念的，当然是皇帝自己。
4“他日蓟门蹂躏，铁骑临郊，陛下能高拱深宫，称疾却之乎？”
5户科给事中官应震言：“内库十万两内五万九千两，或黑如漆，或脆如土，盖为不用朽蠹之象。”
6大陆考古工作者发掘帝皇坟墓，偏偏拣中了神宗的“定陵”，改建为博物馆，称为“地下宫殿”。