袁崇焕还没有到任，宁远已发生了兵变。
兵变是因欠饷四个月而起，起事的是四川兵与湖南、湖北的湖广兵。兵卒把巡抚毕自肃、总兵官朱梅等缚在谯楼上。兵备副使把官衙库房中所有的二万两银子都拿出来发饷，相差还是很多，又向宁远商民借了五万两，兵士才不吵了。毕自肃自觉治军不严有罪，上吊自杀。兵士的粮饷本就很少，拖欠四个月，叫他们如何过日子？这根本是中央政府财政部的事。连宁远这样的国防第一要地，欠饷都达四个月之久，可见当时政治的腐败。毕自肃在二次宁远大战时是兵备副使，守城有功，因兵变而自杀，实在是死得很冤枉的。
袁崇焕于八月初到达，惩罚了几名军官，其中之一是后来大大有名的左良玉，当时是都司；又杀了知道兵变预谋而不报的中军，将兵变平定了。
但京里的饷银仍是不发来，锦州与蓟镇的兵士又哗变。如果这时清军来攻，宁远与锦州怎么守得住？局势实在危险之至。袁崇焕有甚么法子？只有不断的上奏章，向北京请饷。崇祯的性格之中，也有他祖父神宗的遗传。他一方面接受财政部长的提议，增加赋税，另一方面对于伸手来要钱之人大大的不高兴。
袁崇焕屡次上疏请饷，崇祯对诸臣说：“袁崇焕在朕前，以五年复辽、及清慎为己任，这缺饷事，须讲求长策。”又说：“关兵动辄鼓噪，吝边效尤，如何得了？”
礼部右侍郎周延儒奏道：“军士要挟，不单单是为了少饷，一定另有隐情。古人虽罗雀掘鼠，而军心不变。现在各处兵卒为甚么动辄鼓噪，其中必有原故。”崇祯道：“正如此说。古人尚有罗雀掘鼠的。今虽缺饷，哪里又会到这地步呢？”“罗雀掘鼠”这四字崇祯听得十分入耳。周延儒由于这四个字，向着首辅的位子迈进了一步。周延儒是江苏宜兴人，相貌十分漂亮，二十岁连中会元状元，这个江南才子小白脸，真是小说与戏剧中的标准小生，可惜人品太差，在《明史》中被列入《奸臣传》。本来这人也不算真的十分奸恶，他后来做首辅，也做了些好事的，只不过他事事迎合崇祯的心意。周延儒之奸，主要是崇祯性格的反映。但“逢主之恶”当然也就是奸。这个人和袁崇焕恰是两个极端。袁崇焕考进士考了许多次才取，相貌相当不漂亮1，性格则是十分的鲠直刚强。“罗雀掘鼠”是唐张巡的典故。张巡在睢阳被安禄山围困，苦守日久，军中无食，只得张网捉雀、掘穴捕鼠来充饥，但仍是死守不屈。罗雀掘鼠是不得已时的苦法子，受到敌人包围，只得苦挨，但怎能期望兵士在平时都有这种精神？
周延儒乘机中伤，崇祯在这时已开始对袁崇焕信心动摇。他提到袁崇焕以“清慎为己任”，似乎对他的“清”也有了怀疑。崇祯心中似乎这样想：“他自称是清官，为甚么却不断的向我要钱？”
袁崇焕又到锦州去安抚兵变，连疏请饷。十月初二，崇祯在文华殿集群臣商议，说道：“崇焕先前说道‘安抚锦州，兵变可弥’，现在却说‘军欲鼓噪，求发内帑’，为甚么与前疏这样矛盾？卿等奏来。”
“内帑”是皇帝私家库房的钱。因为户部答复袁崇焕说，国库里实在没有钱，所以袁崇焕请皇帝掏私人腰包来发欠饷。再加上说兵士鼓噪而提出要求，似乎隐含威胁，崇祯自然更加生气。
哪知百官众口一辞，都请皇上发内帑。新任的户部尚书极言户部无钱，只有陆续筹措发给。崇祯说：“将兵者果能待部属如家人父子，兵卒自不敢叛，不忍叛；不敢叛者畏其威，不忍叛者怀其德，如何有鼓噪之事？”
“罗雀掘鼠”和“家人父子”这两句话，充分表现了崇祯完全不顾旁人死活的自私性格。兵士有四个月领不到粮饷，吵了起来。崇祯不怪自己不发饷，却怪带兵的将帅对待士兵的态度不如家人父子。他似乎认为，主帅若能待士兵如家人父子，没有粮饷，士兵饿死也是不会吵的。俗语都说：“皇帝不差饿兵。”崇祯却认为饿兵可以自己捉老鼠吃。
周延儒揣摩到了崇祯心意，又乘机中伤，说道：“臣不敢阻止皇上发内帑。现在安危在呼吸之间，急则治标，只好发给他。然而决非长策，还请皇上与廷臣定一经久的方策。”崇祯大为赞成：“此说良是。若是动不动就来请发内帑，各处边防军都学样，这内帑岂有不干涸的？”崇祯越说越怒，又是忧形于色，所有大臣个个吓得战战兢兢，谁也不敢说话2。袁崇焕请发内帑，其实正是他不爱惜自己、不怕开罪皇帝、而待士兵如家人父子。本来，他只须申请发饷，至于钱从何处来，根本不是他的责任。国库无钱，自有别的大臣会提出请发内帑，崇祯憎恨的对象就会是那个请发内帑之人。以袁崇焕的才智，决不会不明白其中的关键，但他爱惜兵士，得罪皇帝也不管了。说不定朝中大臣人人不敢得罪皇帝，饷银就始终发不下来，那么就由我开口好了。
当袁崇焕罢官家居之时，皇太极见劲敌既去，立刻肆无忌惮，不再称汗而改称皇帝。
袁崇焕回任之后，宁远、锦州、蓟州都因欠饷而发生兵变，当时自然不能与清兵开仗，于是与皇太极又开始了和谈，用以拖延时间。皇太极对和谈向来极有兴趣，立即作出有利的反应。袁崇焕提出的先决条件，是要他先除去帝号，恢复称“汗”。皇太极居然答允，但要求明朝皇帝赐一颗印给他，表示正式承认他“汗”的地位。这是自居为明朝藩邦，原是对明朝极有利的。但明朝朝廷不估计形势，不研究双方力量的对比，坚持非消灭满清不可，当即拒绝了这个要求3。皇太极一直到死，始终千方百计的在求和，不但自己不停的写信给明朝边界上的官员，又托朝鲜居间斡旋，要蒙古王公上书明朝提出劝告。每一个战役的基本目标，都是“以战求和”4。他清楚的认识到，满清决计不是明朝的敌手，明朝的政治只要稍上轨道，满清就非亡国灭种不可。满族的经济力量很是薄弱，不会纺织，主要的收入是靠抢劫5。皇太极写给崇祯的信，可说谦卑到了极点6。
然而崇祯的狂妄自大比他哥哥天启更厉害得多，对满清始终坚持“不承认政策”，不承认它有独立自主的资格，决不与它打任何交道7。
为了与满清作战，万历末年已加重了对民间的搜括，天启时再加，到崇祯手里更大加而特加，到末年时加派辽饷九百万两，练饷七百三十余万两，一年之中单是军费就达到二千万两（万历初年全国岁出不过四百万两左右），国家财政和全国经济在这压力下都已濒于崩溃。明末民变四起，主要原因便在百姓负担不起这沉重的军费开支8。
敌人提出和平建议，是不是可以接受，不能一概而论。我以为应当根据这样的原则来加以考虑：敌人的和议不过是一种阴谋手段，目的在整个灭亡我们？还是敌人因经济、政治、军事、或社会的原因而确有和平诚意？
必须假定缔结和约只是暂时休战，双方随时可以破坏和平而重启战端。目前一直打下去对我方比较有利？还是休战一段时期再打比较有利？
缔结和约或进行和平谈判，会削弱本国的士气民心、造成社会混乱、损害作战努力、破坏联盟关系、影响政府声誉？还是并无重大不良后果？
和约条款是片面对敌人有利？还是双方平等，或利害参半，甚至对我方有利？
如果是前者，当然应当断然拒绝；若是后者，就可考虑接受，必要时甚至还须努力争取。在当时的局势下，成立和议显然于明朝有重大利益。不论从政略、战略、经济、人民生活哪一方面来考虑，都应与满清议和。
拒绝和满清议和，是崇祯一生最大的愚蠢。他初即位时清除魏忠贤逆党，处理得十分精明，于是臣下大捧他为“英主”。他从此就飘飘然了，真的以“英主”自居，认为“英主”决不能和叛逆的“建州卫”妥协。在明朝君臣的观念中，“建州卫”始终是中国皇帝属下一个小官的领地，皇帝决不能跟小官谈和。至于使得全国亿万人民活不下去，那是另一回事，皇帝的尊严不能有丝毫损害。
他可以和察哈尔蒙古人谈和，付给金银以换取和平。因为明朝的江山是从蒙古人手里夺来的，明朝承认蒙古是敌国。坚持政治原则，本来不错。然而政治原则是要以正确的策略来贯彻的。完全忽视实际情形，把国家与人民的生死存亡置之不顾，和“英主”两字可相差十万八千里了。
袁崇焕和皇太极一番交涉，使得皇太极自动除去了帝号，本来是外交上的重大胜利。但崇祯却认为是和“叛徒”私自议和，有辱国体，心中极不满意，当时对袁崇焕倚赖很重，隐忍不发，后来却终于成为杀他的主要罪状。
1《明史·钱龙锡传》：“龙锡奏辩，言：‘崇焕陛见时，臣见其貌寝，退谓同官：此人恐不胜任。’”钱龙锡这话也是胡说八道，怎能见人家相貌难看，便说他不能担当大事？
2《烈皇小识》：“时天威震迅，忧形于色。大小臣工皆战惧不能仰对，而延儒由此荷圣眷矣。”
3关于这场交涉，因皇太极称帝之后再自动除去，又向明朝要求发印而不得，在满清方面是受到重大屈辱，所以清方官文书中都无记载，或有记载而后来都删去了。但清内阁档案中还留存皇太极天聪四年颁示的一道木刊谕文，其中公开承认这件事：“逮至朕躬，实欲罢兵戈，享太平，故屡屡差人讲说。无奈天启、崇祯二帝渺我益甚，逼令退地，且教削去帝（号），及禁用国宝。朕以为天与土地，何敢轻与？其帝号国宝，一一遵依，易汗请印，委曲至此，仍复不允。”
4《明清史料》丙编，皇太极谕诸将士：“尔诸将士临阵，各自奋勇前往，何必争取衣物？纵得些破坏衣物，尚不能资一年之用。尔将士如果奋勇直前，敌人力不能支，非与我国讲和，必是败于我们。那时穿吃自然长远，早早解盔卸甲，共享太平，岂不美哉？”
5《天聪实录稿》，七年九月十四日，清太宗致朝鲜国王信：“贵国断市，不过以我国无衣，因欲困我。我与贵国未市之前，岂曾赤身裸体耶？即飞禽走兽，亦自各有羽毛……满洲、蒙古固以抢掠为生，贵国固以自守为素。”
6《天聪实录稿》六年六月，清太宗致崇祯皇帝信：“满洲国汗谨奏大明国皇帝：小国起兵，原非自不知足，希图大位，而起此念也。只因边官作践太甚，小国恼恨，又不得上达……今欲将恼恨备悉上闻，又恐以为小国不解旧怨，因而生疑，所以不敢详陈也。小国下情，皇上若欲垂听，差一好人来，俾小国尽为申奏。若谓业已讲和，何必又提恼恨，惟任皇帝之命而已。夫小国之人，和好告成时，得些财物，打猎放鹰，便是快乐处。谨奏。”最后这句话甚是质朴动人。
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8《明史·食货志》：“自古有一年而括二千万以输京师，又括京师二千万以输边乎？”