到1899年，世界主要强国陆军兵力的人数还是俄国最多，高达116万人，当时法国陆军只有71万人，英国只有62万人。虽然人数并不决定战斗成败，而且中国的新军武器也比较先进，还有近百辆原始坦克，但要彻底征服俄国一百多万陆军，不是那多容易，李经述决定一边跟俄国的革命者联系，搞乱俄国，一边
先进行国内的训政改革，等待合适的时机。
在李经述的第一个任期内，梁启超、严复等人都觉得松散的联邦制将使国家软弱可欺，支持中央集中权力，各省的民政长也都由北洋将领兼任，除了张之洞、刘坤一、王韶文控制的七个省外，所有内地省份都被李经述控制了。作为一个具有现代思想的人，李经述推崇严格的管理手段和行政法规，强调官场纪律，规整政府机构，任用自己认为可靠的人，并且把国内的稳定放在首位，不顾一切要消除不可预料的事情的强烈*，有时候让人望而生畏，这很容易让人误以为李经述热衷于贪求不受道义制约的个人权利，成为中国实质上的“皇帝”。
各省越来越多的人也对北洋将领的军政独裁造成的*表示不满，李经述惩一儆百。先是革掉张勋的云南省都督一职，将他手下的三十个营裁撤到三个营，调往徐州驻防，开始由军政阶段往训政阶段转变。
李经述野心勃勃。坚持通过复兴会建立一个强有力的中央政府，控制军队和报纸舆论，他认为这最适合中国的国情。而货币改革的顺利进行、战败日本和西班牙，也正说明了这一点。
等到1899年过完春节，李经述迈出了全国训政的第一步，颁布了总统一号令，在削弱各省都督权力的基础上，加强各省的民政长官的权力，宣布由各省的民政长官主管省内税收和县知事的任免，各省都督不再参与民政事务。李经述还让吏部选拔称职的文职官员，特别是对县知事一级的人选，考试的内容不再是四书五经，而是行政法规和一般的知识，十万人在北京参加考试。
通过一系列强有力的改革，在这场整肃官场的运动中，中央的权威大大加强，地方对中央政府的指示也落实得很快，国会很快通过了新的《刑法》、《民商法》、《行政法》。此时，中国义务教育普及到小学阶段，农村很多地方都开了夜校，文盲越来越少，加之中国人本来就有“万般皆下品惟有读书高”的传统观念，全国高等的学堂发展到一千多少所，城市里的青年学生达到五十多万人，成为不可忽视的一个阶级。
李经述通过复兴会的《中央日报》、《华报》、《申报》等报纸向全国阐述了什么是真正的自由、平等：今天妇孺嘴上都知谈平等一词，而平等只是在法律面前人人平等，并不意味着行政等级之分应予取消或者每个人都是一样的，并不意味着个人皆可否定法律，自立准绳，或者在经济上人人均等。自由是另一华丽的现代词，但它是限制在法律范围之内的，在此范围之内人是自由的。不受限制的自由，这个东西是不存在的。法律的最高目标，是保障自由，正所谓法无明令则政府不禁止。共和也是一个雅致的词，但洋人对这个术语的理解，是在国内有普遍的发言权，而不是全民都必须干涉政府的行动。这种干涉除了造成混乱之外，还可能造成什么结果呢？至于民权这个术语，除了选举总统的最高特权外，它还包括代议权、选举权、监督权，但切不可理解为民众直接处理行政。
第二共和国的政治体制是在中央政府直辖之下、实行以行政长官为核心的行政主导、行政与立法既相互制衡又互相配合、司法独立的政治体制。这一表述也可以简明扼要地概括为以行政长官为核心的行政主导体制。政治体制既没有照搬西方的政治体制，也没有照抄其他亚洲国家和地区的政治体制。
总统在整个政治体制中处于核心位置，这是第二共和国行政主导体制最大的特征。根据宪法的规定，总统具有双重身份，既是国家的首长，也是军队的首长，同时对中央人民政府负责。总统具有超然于行政、立法和司法三个机关之上的特殊法律地位，处于特区权力运行的核心位置。
而且行政管理权相对于立法权处于主导地位，内阁政府的行政管理权涉及社会政治、经济、文化、民生等方方面面，关系到国民的衣食住行，相对于立法权涵盖面更大，影响更直接，作为更主动。不过讲行政主导并不意味着行政管理权独大，不是说立法会要放弃对行政机关的监察责任，更不会妨碍立法权和司法权的正常行使。
新的政治体制又吸纳了西方政治体制中行之有效的成分，特别是司法独立、文官制度、咨询架构等。符合中国的实际情况，有利于政府决策和施政的高效能，也有利于兼顾社会各阶层的利益、保持繁荣稳定。
此时的第二共和国，经济和国防工业迅猛发展，政权日益稳固，已经成为亚洲第一大帝国，疆土横跨今天的中国大陆、台湾、琉球、蒙古国，还有越南、朝鲜、菲律宾、关岛等殖民地，因灾荒移民到这些殖民地去的数百万华人，成为当地的特权阶级。中国的舰队，成为亚洲名副其实的第一强舰队，排名世界第四，仅次于英国和德国、法国。
到1899年底，中国也并非就是太平盛世了，首先是俄国侵占中国的一百五十万平方公里的国土还未收回，尼古拉二世还觊觎东北地区，此时的香港此时还未回归，1842年8月29日清政府与英国签订不平等的《南京条约》，割让香港岛给英国，1860年10月24日：中英签订不平等的《北京条约》。割让九龙半岛界限街以南地区给英国，香港处于英国的殖民统治之下，澳门还在葡萄牙人手里，各国在中国的租界仍然存在。但比这些问题更可怕的是：执政的复兴会派系渐生。比如李鸿章原来的老部下在改革中利益受损，他们以李经方为首，形成了一股强大的势力“李党”；以容闳为首的留洋势力，追求美国式的民主和共和，构成“洋党”；以中央组织部长席家铭为首大财团、商人组成“席党”，以徐世昌、袁世凯为首的北洋军官组成的“北洋党”。碍于复兴会主席李经述的巨大权威，他们的矛盾才没激化，表面上才相安无事，但暗地里各种权力的争斗，让李经述很恼火，他努力平衡着各方的势力。
还有，不受制衡的权力必然导致*。正所谓“哪里有*，哪里就有*”，执政的复兴会*问题，也同样困扰着李经述；还有席氏家族的势力日益增大，席加掌控的商业帝国，控制了中国一半的对外贸易，富可敌国，也引起很多人的不满。另外，在教育总长严复的倡导下，全国一千多所大学堂实现“教授治校，学术自治”，思想空前活跃，比如三十一岁的蔡元培，就担任北京大学堂的校长，开“学术”与“自由”之风。各种思潮在社会上涌现，无政府主义、自由主义、传统文化等兴起了，很多人无所适从。
这些都是现实的问题，李经述面临巨大的挑战，他逐渐意识到，如果此时越过训政改革，搞所谓的“民主”，国家会动乱，他决定延长训政的时间，一步步搞改革。此时由于国家教育的大发展，报纸的发展，让白话文迅速在全国推广，传统道德观念和现代民主观念的冲突也逐渐显现，复兴会的思想也开始混乱，李经述思考再三，决定将传统文化取其精华，弃其糟粕，和现代的民主自由文化相结合，在全社会提倡一场浩浩荡荡的新文化运动，提倡新的文化和价值观的“新文化运动”。
李经述与严复、梁启超、李提摩太，甚至康有为等各界文化人士座谈后，集结众人的智慧，于1900年1月1日，在复兴会的《中央日报》发表了后来轰动中国和世界的“千年讲话”，采用“训言”和“故事”相结合的方式，开启了中国“新文化运动”的*，这篇讲话的主要内容如下：
一、忠勇为爱国之本。忠勇，乃是最高贵的爱国精神，故事：曾国藩忠心报国，救万民于水火。昔者曾文正公，身体力行，不苟且、明是非、辩荣辱，湘军将官中多正人君子。选的官多是忠勇血性的儒生，选的兵多是淳朴耐劳的农民，这些人以忠勇为爱国之本，强烈的信念精神，才脱颖而出，安邦定国。
二、守法为公民之本。法律乃是治国之根本，中国古代就有“王子犯法庶民同罪”的法理观念，复兴会虽然是执政党，但是党纪不能代替国法，每一个党员，要带头守法，不管是谁，职务有多高，触犯了国法，就得交由法院审判。故事：包青天的龙头铡、虎头铡、狗头铡惩奸除恶。
三、私产为立身之本。田地房屋等私有财产，是每一个社会人的立身之本，神圣不可侵犯。有了财产，民众才有尊严和权利可言，社会才会有进步。政府和军队的任务，就是要以国家之强制力，保护私人财产。
四、孝顺为齐家之本。中国的孝道，早已超出了家庭范围，有家才有国，不管世界发生任何改变，不管一个人取得多大功名，孝道都不能改变。中国的“老吾老以及人之老，幼吾幼以及人之幼”，乃是世界上最普世的价值。不孝顺父母的人，猪狗不如，万人唾弃！对于孤寡老人，中央政府将统一建养老院，国家供养，这也是最大的民生主义之一。故事：亲尝汤药、卧冰求鲤、行佣供母、虞舜孝亲等历史典故。
五、崇尚科学为济世之本。中国人自古有修身齐家治国平天下的豪情，但是过于空洞地研究修身之道，现代是科学的时代。我们必须学习世界上先进的技术，搞发明创造，来强大中国的工业基础，出口中国的商品。故事：李鸿章领导的洋务运动。
六、诚信守约为立业之本。“人而无信不知其可”。诚信守约。乃是经商的第一要义，古今中外。概莫能外。要想发展工商业，非守信用不可，这样的公司才能做大做强。以前中国人的商业交易，往往没有契约。但是一诺千金，我们中国人自古以来就提倡诚信。故事：商鞅变法，徙木赏千金。
七、礼义廉耻为立身之本。孔子说，“居处恭，执事敬，与人忠”，这恭、敬、忠三字。就是礼的要素。礼义为治事之本。中国的“礼”，就是接人待物的文明道理，“文质彬彬然后君子”，廉洁奉公是对从政者的底线要求。故事：孔子制礼乐。
八、服从组织是负责之本。根据复兴会民主集权制的原则。在本党政策讨论阶段，是民主的，人人可以发表意见，民众可以自由讨论，但一经形成决议，在执行阶段，必须一致行动：个人服从组织，少数服从多数，下级服从上级，全党服从中央。故事，国家的货币制度成功改革。
在训政阶段，“忠勇爱国”、“守法”、“保护私产”、“孝顺”、“科学”、“诚信守约”、“礼义廉耻”、“服从组织”这些基本的思想共识，继承了传统，又吸收了西方文明的思想成果，被复兴会确定为全社会的核心价值观，复兴会的中央宣教部制定成小册子，每个复兴会员人手一册，在全国的中等和高等学堂组织学习，全国的报纸大力宣传符合这些共识的典型事例。
这些核心思想和复兴会的“民族独立”、“民族商业”、“民权”、“民生”的“四民主义”一起，成为训政阶段的中国的主流思想。在这一阶段，全国的农民基本实现了“耕者有其田”，经济也进一步发展，到1900年底，中国的经济总量甚至赶上了俄国，李经述的第二共和国的政权日益巩固。
此时，李经述便把自己的主要精力，放在国防工业部研发新型武器和扩军上，以便收复被俄国占领的国土！