艾克斯奥特曼的出现始于15年前的那一天。
太阳超级耀斑的爆发，使得沉睡在世界各地的谜之欧帕兹，闪光玩偶，纷纷实体化，并开始四处作乱，为了对抗不断出现的怪兽和外星人，世界各国组建了一支特殊防卫部队，那就是吉奥。
而在宇宙中有这样的传统，一切起源于光之巨人，他为了维持宇宙的平衡，不断地在各个世界中战斗着。
“在这个地球上，各个国家的神话传说中，都流传着有关光之巨人的故事。”
“喂，你们有没有在听我说啊。”“博士的这些故事我们早就听腻了。”“好吧，可你们不知道的是能召唤起源巨人初代奥特曼的贝塔变身器，我已经制作完成了哦。”
“已经完成了，好厉害呀。”“当然，我小时候看到的光之巨人就是这样变身的。”
接着博士拿出了变身器说着“洗袜子。”在一片光芒中，发生了巨大爆炸。
把人都炸懵了。“咳咳咳咳，博士，看来还需要再改良一下才行啊。”
在大家都在庆祝大地出差回来时，发现了异常，队长让大地他们前往秋天县A-2地区芭罗慈遗迹调查突然发生的异常以及出现的神秘遗迹金字塔。
来到这里后，大地和明日奈便开始检测。
“果然，电磁波是从金字塔里发出来的。”“大地。”“嗯，我也感觉到了，这里充满了某种特殊的力量。”
“小心点，别踩到了。”蹲着的小男孩朝着往这里来的大地他们喊道。
见他们停下来，小男孩抬头看见他们说道“你们快看。”
“这可能是古代的石像哦。”小男孩捧着那块东西给大地他们看说道。
大地弯下腰看着小男孩捧着的东西开口说道“不是，这个啊，是瓷猪蚊香炉的碎片哦。”
“哎！”小男孩反复翻看着手上的东西。
“你是从哪里来的。”大地温柔的询问着他。
这时突然传来一道声音“悠斗。”
见悠斗在这里她马上走到悠斗面前说道“啊，我不是跟你说过这个地方非常危险的吗。你们是吉奥的队员吧。”
“是的，就是你联络我们说有异常电磁波的。”
“对，我叫玉城司，是东都大学的教授。”
就在这时不远处传来一阵嘈杂声，见到他们出现在这里玉城司想到“那些人难道是要去那儿。”
“我吗，我先失陪一下。”说完往那堆人跑去。
见到这种情况大地他们紧跟其后。
原来那群人他们貌似是电视台的，而且他们违反了与教授的约定，用炸药破坏遗迹。
可事已至此已经没办法了，他们在炸开后就迫不及待的走了进去，尽管教授如何劝阻，还是阻挡不了他们前进的步伐。
在进来后他们看到了十分震撼的东西。“是奥特战士！这绝对是世纪大发现啊。”黑崎十分高兴的说道。原来他们看见的正是迪迦奥特曼的石像。
“这个是？”“快拍快拍啊。”
“我见过这个。”教授他们走过去缓缓说道“古籍上有关于它的记载，这个石像应该是远古的巨人迪迦。”
“迪迦！”悠斗一时间看着迪迦石像入了迷。
见到迪迦石像，大地拿出了艾克斯终端，对着艾克斯小声询问道“艾克斯，你认识吗？”
“他有可能是在太古时代造访地球的奥特战士。”
这时他们注意到了碑文。“根据碧石的意志，天空之光，大地之光在此结合。”“碧石？”
看着石桌上的碧石，教授说道“依我看，它指的就是这块青色的石头。”
随后又看向碑文“有朝一日待此结合之光重现之时，黑暗将归于黑暗。将这块石头托付给持有结合之光者。”
“持有结合之光者？”“这个拥有结合之光的人会是谁呢？”
在大家还在疑惑时，黑崎自告奋勇的走过来说道“这个人除了我还能是谁呀。”
说完就要扑向碧石，还好被玉城司拉住了黑崎伸向碧石的说道“不能碰它，这块石头恐怕是镇塔之石，不能随便移动的。轻举妄动的话，不知道会发生什么可怕的事。”
“这块土地已经被我们公司买下了，所以这个地方出土的一切东西都属于我。”说完黑崎不听劝阻，蛮狠不讲理般拿走了碧石。
在拿走后还嘲讽的说道“真是可惜呀，什么事都没发生。”
可接下来被啪啪打脸了，只见遗迹发出了巨大的震动。
明日奈说道“好像情况有点不太对。”
“呵呵呵。如果没有危险，那还算哪门子冒险啊。我卡洛斯黑崎不管碰到什么情况，都是这么淡定。”
结果这里发生了巨大的摇晃。“快跑。”“快去避难。”
大家迅速逃离了这里，不过没有黑崎他们溜得快“我们先撤啦。”“快走。”“哎，等等我。”
不到一会儿都跑没了影，象征了来也匆匆去也匆匆。
明日奈他们出来后吐槽的说道“那个大叔在搞什么呢。”“没事吧。”
在他们撤离这里不久后封印破除，遗迹被全部摧毁了。自太古时期便被封印的阎魔兽-赛格古因而逃出。
重获新生的赛格古开心的仰天大笑。同时吉奥基地里也接收到遗迹中出现怪兽，并下达命令让周围居民紧急避难。
赛格古开心后便朝着前方走。
大地他们在紧急逃跑中，玉城司却不小心摔倒了。
见妈妈摔倒悠斗停下了脚步“妈妈！”“悠斗你快跑啊。”
眼见赛格古离他们越来越近。
玉城司劝阻着悠斗说道“别过来，快跑啊。”
可见到这么大的怪兽悠斗被吓得双腿发软，摊到在地。
大地发现悠斗他们没跟上来急忙返回找到了他们\\\"悠斗。”
“你保护悠斗，我去对付这家伙。”“好的。”
眼见怪兽离自己的妈妈越来越近，悠斗呐喊道“妈妈！”
“艾克斯融合吧。”“好，上吧。”
在危机时刻艾克斯出现在了玉城司面前。
见到是艾克斯来了，悠斗和明日奈露出了开心的笑容“那是艾克斯奥特曼！”
“明日奈带他们去安全的地方。”艾克斯刚向明日奈说完。就被赛格古一招打飞了出去撞到了山上。
被突然偷袭的艾克斯，很快就恢复了过来朝着赛格古攻击，可没到五可来回，就开始落入下风，被赛格古打得连连败退。
一时之间大地知道“它力气真大啊，只能和它拼了。”
接着变身成了艾克斯超越形态，召唤出了艾克斯头镖，并使出了超越艾克斯切割。朝着赛格古切去，结果被赛格古一个转身使出了尾巴打倒在地。
接着使出了血腥之红。