命运号飞船停在了他不该停的生命禁区，只有一颗宇宙中最具杀伤力的特殊星体，脉冲星被它照射的生命体都会被瞬间杀死。
纯云为了修好损坏的引擎，不得不冒险出舱。这颗脉冲星的照射周期是每46分37.4秒一次。他们修好飞船后，来不及返回，致命射线就已经到了。
当大家都以为他们已经牺牲的时候，对讲机里却又传来了他们的声音。原来他们躲到了飞船的底部，船体帮他们抵挡了脉冲星的射线。思考的中尉，他们回到飞船以后，从敌人手里重新夺回了飞船的控制权。
他们赶紧启动飞船，离开了这个恐怖的地方。在战斗中，医务官中枪了，他肚子里的孩子没有保住。在他昏迷的时候，他见到了之前飞船上的朋友们，这些人留在了一颗神秘的星球上。这个星球和它环绕的恒星都是被一个超级文明所创造的。
朋友告诉医务官，这个神级文明能知道飞船上所发生的一切事情。从他们当初来到这个星球起，神级文明就扫描了他们每一个人。他的孩子会被留在这里，你会得到很好的照顾。
但是因为不管不能留在这里，朋友带他去看了一个奇异的景象。他说，自从医务官和孩子来到这里，天空就出现了这片美丽的极光。
医务官给孩子起了个名字叫卡门，然后朋友就跟他告了别医务官在飞船上醒了过来，他不知道之前发生的事情是梦还是真实的。直到他走到了舷窗前，看到了那片美丽的极光。
“你见过这么弱的外星人吗？”大家怀疑他可能是饿的。没想到他还挺挑食，他们这是在哪里呢？
原来，拉什博士解开了飞船的主控密码，终于打开了命运号的驾驶舱。现在他终于可以驾驶这艘飞船了，但命运号这样的巨型飞船是需要一个团队来操控的。
拉什博士不相信杨上校，所以他没有将发现飞船驾驶舱的秘密告诉别人，有了权限后，他发现了命运号太多的秘密。比如这次他就发现了一艘新闻播种船，这种飞船是在命运号前方探路的，有很多艘。
他们一路上收集各种数据传给命运号，还在沿途的行星上放置星际之门，给命运号使用。拉什博士驾驶命运号飞船飞到播种船附近，跟他自动对接。杨上校派了一队人上去查看情况。博士激动的发现，新闻播种船上面居然储备了两倍于命运号的能量，这足够他们拨通地球上的星际之门，他们终于可以回家了。
船员们听到这个消息都兴奋不已，他们联系好了地球，准备接应他们。大家收拾好了行李，等待回家。拉什博士也来到播种船上，开始向命运号转移能量。星际之门终于可以向几十亿光年外的地球拨号了。
当他们拨通最后一个地址的时候，新闻突然停止了运行。原来是。能量转移停止了播种，飞船上出现了一群外星人，其实早就有外星人占领了这艘波主船。他们打晕了博士，并且开始逆转抽离命运号的能量。
命运号的能量一旦被抽空，就只能变成一条死船停在这里了。杨尚笑想，切断与播种船的连接，却没有控制权限，他们只好去播种船上找博士。
他们看出了什么情况，他们看到被外星人打晕的拉什博士怎么也叫不醒，便只好将他带回了命运号，只有大卫上校留了下来。他觉得这是他们回家最好的机会，他要尝试将能量再次转给命运号拉什博士回到命运号，醒来后，赶紧跑到驾驶舱，驾驶飞船脱离了连接，避免了能量被抽空。
然后他赶紧开启了超光速飞行，让命运号脱离了险境，只留下了可怜的大卫上校被外星人抓走了。虽然他曾经遇过杨上校，但他那时是被外星人洗过脑袋，后来杨上校也跟他和解了。
医生在他的身体里抽出了白色的机油，这可吓坏了大家上下拿起一把手术刀，插入了自己手臂。划开后，看到里面竟然都是机器。
将军赶紧将他们小队全都关了起来。原来他们不久前遇到了一个很先进的文明，还没等仔细探索，就全都被电晕了过去。
醒来后，他们发现自己被换了衣服，躺在一个奇怪的房间。这时，一个叫鹤伦的人走了进来，热情的跟他们打了招呼。
他说，这里是一个地下世界，他们种族的人全都死光了。从上一个人离开开始算，他已经独自在这里生活了9900多万个小时。上校马上就计算出是年，他自己都很诧异，是怎么做的。克伦说，他让所有人都变得更聪明和更强壮。
上校觉得这里很诡异，不顾鹤伦的劝阻，带着大家马上返回了地球基地。医生给他们检查身体后，发现他们已经全都变成了机械生命体。丹尼尔博士觉得这很有趣，因为他感觉到大脑的记忆力和逻辑能力都被大大强化，而且这副身体可以活上万年。
简直不要太爽，但上校十分不喜欢自己变成这个样子。他找来了将军，要求返回那颗星球调查原因。正说着，他们突然全都感觉非常不舒服，将军没办法，只好放走了他们。他们回到那颗星球后，马上就恢复正常了。原来这里可以给他们无限充电。
上校愤怒的找到鹤伦，让他给自己恢复原来的身体。特伦说，这是不可能的，突然，基地里的警报声响起，鹤伦让大家赶紧帮他修理机器。
他说自己快忙不过来了才制造的。他们大家修好机器后，鹤伦带着他们去看了真正的自己。原来他们不是被换了身体，而是全新制造出来的新个体复制体傻了眼，但也只能无奈的接受这个事实。复制体和另一个自己告了别，并将他们送回了地球，而自己则永远留在了这里。
这面镜子竟然照不出人影，博士好奇的触摸了一下，他感到一股电流通过了他的全身。他并没有在意，赶紧跑回去找他的同伴们，却发现所有人都不见了，他只好拨通了返回地球的星际之门。
回到地球基地后，他发现这里的人竟然全都不认识他，就好像他从来没有来过这里呀。这时卡特博士走了，进来说，首都华盛顿已经沦陷了。但尼尔不解的问，沦陷是什么意思？
卡特博士带着他看了电视新闻，原来地球上大部分地区都被外星人勾拉物的摧毁，目前为止已经死亡了15亿人。
他们现在正在通过星际之门撤离地球上的重要人员。丹尼尔突然反应过来，这里可能不是他的事件，而是另一个平行事件。塔特博士说，在理论上确实存在这种可能性，有可能是他触摸的那面镜子造成的。
丹尼尔博士说，自己的世界还没有被勾阿雾的进攻，但平行世界的世界发展都会十分相似。他要吸取这个世界被毁灭的教训，然后在自己世界避免悲剧的再次发生。
卡特博士说，在进攻前，他们收到过警告信息。但是他们没有在意。丹尼尔博士听了那段信息后，翻译出了内容。这是勾阿雾的摧毁的上一个文明发出的。他们说要小心来自这里的毁灭者，然后爆出了一组新闻坐标，这是巨大的金字塔，飞船已经降落在了基地上面，很快就会攻陷这里。
丹尼尔博士请求上校帮助他回到自己的世界。
他说，你们的世界虽然被毁了，但是我的世界还有被拯救的希望。上校知道，拯救平行世界对他们来说没有任何意义。
他考虑了半天，最后还是答应了丹尼尔博士，他带领所有人一起跟敌人进行了顽强的反抗，为丹尼尔赢得了撤退的时间。丹尼尔穿过星际之门，又返回了有镜子的那个地方，他重新触摸了那面神奇的镜子，返回了自己原来的世界。这里的小伙伴们还在到处寻找突然失踪的他。
丹尼尔博士给大家讲了自己神奇的经历，大家听完都觉得很不可思议。他们返回地球后，拿着那个新闻地址报告了将军，将军却说，星际之门项目要被取消了。
因为参议员觉得这个项目花钱太多。又没有带来什么回报，丹尼尔把外星人即将进攻地球的事情告诉了参议员，但参议员并不相信他的话，还说，即使外星人来了，强大的美军也完全有能力把他们赶回老家去，然后就命令停止星际之门的运行，不允许任何人再去使用它。
巨大的外星飞船像锅盖一样罩住了整个大西洋，人类的末日来临了。幸亏有一个善良的外星文明前来帮助我们。他穿过超级虫洞，来到了太阳系月球基地，在巨大的外星飞船面前显得十分渺小。人类指挥官被这突如其来的压迫感下滑，竟然下令向友好的外星飞船开火，毫无防备的友军就这样直接被愚蠢的人类击落。
而指挥官们还沾沾自喜的宣传着伟大的胜利，就在这是真正的敌人出现了，他竟然像月球一样大。人类在月球辛辛苦苦建造的防御力量打在他身上就像挠痒痒一样。而敌人的武器启动后，轻松的就击垮了人类的月球基地，然后擦着月球表面，直奔地球而来。
如果他不减速，地球将会被他撞成两半。人类启动了轨道上所有的防御武器，可还没等开火，就被外星飞船全部摧毁了地球。人这回傻了眼，辛辛苦苦准备了20年的防御力量，就这样被敌人轻易的突破。那么这些外星侵略者为什么要来到地球呢？
原来，在20年前，人类成功的抵抗过一次他们的入侵，并从外星飞船上逆向研究了很多黑科技，大大提升了地球人的科技水平，甚至已经可以摆脱引力的束缚，轻松的飞向太空。但是，外星飞船坠毁后，向五星发送了求救信号，五星立刻派出了更加强大的舰队前往地球。飞船接近后，由于外星人都是通过心灵感应进行交流，所有之前那些被外星人伤害过的人们，全都感受到了，他就连被外星人摧残而昏迷了二十多年的奥肯博士都醒了过来。他写满了一墙的外星文字，还画下了一个奇怪的圆形符号，这个符号跟人类肌肉的外星飞船一模一样。奥肯博士走到关押外星俘虏的地方，这些外星人都是在20年前的战斗中俘获的，只见这些俘虏都变得异常兴奋，好像是在欢迎他们女王的到来。
这时，前总统悄无声息的走进了外星人的房间，他希望以自己为媒介或者情报。不出所料，外星人伸出触手，控制了前总统。从他嘴里，人们知道了女王的到来。以及他们想要地球消失的命。海瑟琳拿着圆形飞船的图案冲出来，询问他这到底是什么。
外星人神色紧张，十分恐惧。他不断的扭动身体，并缩减触手。前总统眼看就要被活活勒死，军人们快速的拿起武器对他一顿扫射。然而，由于他有盔甲的保护，这些攻击对他毫无作用，这是跟外星人有着丰富作战经验的乌布图，偷偷绕到外星人身后，一刀砍破了他的盔甲。
然后外星人的本体暴露了出来，乌布图马上利落的砍下了他的脑袋。前总统还是因为惊吓过度而晕了过去。同时，51区监测到密密麻麻的外星飞船向基地驶来。值得注意的是，这些飞船都包围着一个巨型飞船。
这时大卫明白了，刚刚外星人说的话，原来外星人的群族就类似于蜂群，蜂后控制着一切监控器的画面一转，竟然看到大西洋的中心上，外星战舰正在钻探地球，他们竟然想要把地壳抽走地，可一旦被破坏，地球的磁场和大气层都会消失。
所有的生命都会死去，现在阻止这些唯一的办法就是找到封号并消灭他。于是总统果断的下令，开始反攻。一支精英飞行小队很快就从基地出发，他们带着核弹冲向了外星战舰。很快他们就发现了封侯，然而外星战舰却率先发动攻击，他火力全开，激光四射，飞行小队根本无法到达投弹地点，甚至还被打乱了计划。
想要撤退，但外星战机穷追不舍，人类和外星人展开一场殊死搏斗。最后席勒想出了一个主意，他要携带核弹偷偷潜入外星战舰的内部。结果这个危险的计划异常的顺利，大家都觉得不可思议。这时前总统突然苏醒，他告诉帕蒂，这是外星人设下的圈套。
帕蒂马上把消息转告了亚当斯，然而一切都来不及了，飞机小队的战机瞬间全部失控，并开始追捕他们，不顾安危，想要和外星战舰同归于尽。然而核弹的爆炸却被控制在了能量场，没有对外星战舰造成一点伤害。外星人一个冲击波就把所有的卫星全部冲信号全部中断。与此同时，外星人发现了指挥室，紧接着展开了大屠杀。
很快，亚当斯就接到了消息，总统和国防部长全部牺牲。现在他必须就地接受总统的职位，继续指挥人类军队。在五十一区，奥肯博士紧张的对着圆形飞船，作者研究，他拿出终极武器，准备对飞船检控。
很快，飞船裂开变成两半，一颗圆滚滚的白球滚了出来，他只是静静的看着，并没有做出任何反应。由于人类不小心的触碰，竟然意外的触发了他原来这个白球是个超级储存器，他说自己的种族和这些外星人已经交战了上千年。外星人抽取他们的地壳作为原料，最后摧毁了他们整个文明。
但是他们把所有的高科技资料都存储到了白球里，还在一个秘密的地方建立了一个新世界，那里有可以摧毁邪恶外星人的武器。白球的到来本来是想警告人类，并将人类转移到那个安全的新世界，没想到他却被人类无情的机会。
现在婚后一直在寻找那个新世界，并不惜一切代价想要摧毁他。此时婚后发现了白球发出的能量信号，他立刻穿上了超级战甲，然后朝着这个方向快速起来。如果白球被他抓住，那么新世界的位置就会泄露，到时候外星人就再也没有可行，人类更加没有生存下去的希望。大卫集中生智。既然外星人给我们下塔，那我们也给他们下一个塔。
于是大卫他们在牵引机里复制了白球的辐射信号，想用这个方法吸引女王靠近，然后引爆核弹，炸死他。但核弹的威力太过强大，必须用51区的能量防护罩把爆炸限制住，这就意味着五十一区就要失去防护罩的保护。这时帝禾还有一个小时就要被抽走了，大家抓紧排兵布阵。但是现在需要有一个人把核弹送上天，这个任务基本上有去无回。
这是前总统挺身而出，表示愿意牺牲自己，给女儿拼出一个未来。大卫他们此时也赶紧带领队伍出动，前往丰厚的位置，这个办法果然有用。蜂后很快就被假信号吸引了，然后带着部队开往了五十一区，很快和人类展开了激烈的交战。汤姆带着核弹和假信号飞离了51区蜂后也跟了过去。
而这时在岩湖上却突然出现了一辆小车，司机正是大卫的父亲，他带着一群小孩，成功的逃到了这里。但大卫此刻没有时间去关心父亲，他必须及时启动防护装置。在帕蒂的引导下，前总统看准时机，驾驶战机进入了丰厚所在的飞船，终于完成了自己的任务。
与此同时，大卫也开启了能量防护罩，随即汤姆按下核弹的开关，核弹在防护罩里爆炸，外星飞船被炸得粉碎。就在大家欢庆胜利的时候，突然发现敌人的战斗机还在战斗，这说明风后还没有死。原来风后身上的铠甲有独立的护盾系统，不一会儿，风后就爬出了废墟，他看到了岩湖上的校车，立即朝他们扑了。
眼看校车就要被吞噬，帕蒂带着战机及时赶丰厚的护盾系统十分强大。人类牺牲掉几乎所有的战绩，才成功的摧毁了互动，这是丰厚，十分愤怒。追着帕蒂的战机疯狂的进攻，很快战斗机就被击落了，帕蒂及时打开降落伞逃过了一劫。就在婚后准备攻击帕蒂的时候，杰克一行人死里逃生，即使出现就吓了他，然后对着风后一顿穷追猛打。
但这时在51区里关押的外星人全都跑了出来。他们看到了隔离舱里的白球，然后控制了博士的大牌，知道了他们的计划。外星人迅速通知了婚后，婚后这才发现自己被骗了。
失去护盾的女王，控制所有的外星战机，保护自己前往51区外星战机，组成了一个巨大的护盾。保护蜂后已取得白球杰克他们偷来的飞船此时也失去了控制，加入了护盾的队伍。中方浩拿到了白球，正准备离开
。杰克冒着生命危险，启动了巨变引擎，疯狂的在队伍里开始加速风后，看到了这个奇怪的战机，解开了对他的控制。战机成功的从护盾里逃了出来。然后高速俯冲而下，对着丰厚的背部不断设计，这里是丰厚的弱点。
没有了护盾，保护的风口直接被打的吐血倒地，白球也从他的爪子里滚落出来。女王一死，外星战机全部失去了控制，纷纷坠毁，正在抽取地核的外星飞船也同时停止了工作，人类又一次获得了胜利。
相爱的人也可以继续相守。奥肯博士更是激动不已，原来这个白球里面保存着很多超级文明的知识，有了这些知识，人类很快就能进行星际旅行了。并且到了那时，我们一定会打到敌人的老家去，让他们也尝尝我们的厉害。