多年以来，乔瑟夫·鲍尔和露西·鲍尔一直在追寻黑暗神书的脚步，从尼泊尔，到印度，巴基斯坦，再到中国的西藏，青海，一直到蒙古，俄罗斯，都没有能够找到黑暗神书的踪迹。
然而就在他们不经意的在美国本土一名杀人犯的祖屋地窖之中，却偏偏找到了黑暗神书。
这名杀人犯正是因为杀死了传闻中黑暗神书的上一任持有者，而被判死刑，美国政府在他的所有物当中不知道搜查了多少遍，都没能找到黑暗神书。
对于这东西，有心人怎么可能不注意，就比如尼克·弗瑞。
不过很可惜，即便是以尼克·弗瑞都没有能够找到这本书，而并没有抱有多少指望的乔瑟夫·鲍尔和露西·鲍尔夫妇，却是这名杀手的乡下祖屋地窖地底，找到了这件东西。
黑暗神书刚一现世，就显露出了它的神奇之处，书内的页面空白，但紧跟着文字显示，然而文字却是按照阅读者的母语显现，每个人看到的内容都不相同，乔瑟夫·鲍尔和露西·鲍尔接触到书的时候，上面的内容以英语文本和德语文本分别展现给露西和乔瑟夫，这也在两人之间造成了一定的隔阂。
有了黑暗神书，鲍尔夫妻立刻将它用于进行他们的从虚无中来创造物质的研究，两个人一开始将黑暗深书的秘密保守的很严，一直到他们的实验成功，以量子粒子发生器为基础的实验最终从虚无中提炼出了一枚石炭。
别看只是一枚小小的石炭，但是这却是迈出了最关键的一步，打破了这一层瓶颈，那么接下来的事情自然会水到渠成，到时候别说是石炭了，就是黄金钻石也是随手可成。
然而就在这个时候，变故发生了，起因就在于这一次实验成功后的庆功会，喝多了酒的露西·鲍尔无意间露出了他们是得到了一本书的指点，才能最终迈出这一步的，而这句话偏偏被伊莱·莫洛深深的记在了心里。
实验的进展远没有他们想象的顺利，第一步从虚无中制造出石炭，他们很就在第二步从虚无中提炼出了坚冰，但就在第三步准备从虚无中提炼钻石时，他们的实验却是失败了，而且始终无法跨出这一步。
乔瑟夫·鲍尔把自己一个人关在房间里，拿着黑暗神书苦苦的思索，而在房门外的伊莱·莫洛却是透露出了贪婪的目光，没有人能够避免这样一件东西的诱惑，包括伊莱·莫洛。
尤其是露西·鲍尔将他们的幻想蓝图对他说出来的时候，他们依旧在进行从无到有的实验，但根据黑暗神书上记载的知识，他们不再需要机器来进行创造了，他们可以凭借自己的双手来创造元素、化合物、材料以及生命，他们可以自己来当上帝，自己来创造一切。
露西·鲍尔一开始并没有对伊莱·莫洛有多少的戒心，因为他总是在口口声声的说，要拿到那本书，然后毁了它，并且强调那本书不是由上帝写的，写它的是魔鬼，那本书它会毁了所有人的。
直到有一次露西·鲍尔发现伊莱·莫洛正在私自偷看他们的实验笔记，并且在悄悄地进行实验。
对，就是在悄悄的进行实验，伊莱·莫洛将所有参与实验的同伴一个个推进的实验舱里，也包括发现了他的露西·鲍尔，而那个时候，实验的设计还没有最终完成，而强行实验的最终结果就是导致整个实验室爆炸，参与实验的所有人全部都消失不见，直到八年后，她能重新出现，却已经变成了厉鬼的模样。
科尔森和梅琳达很快就找到了新的实验室，露西·鲍尔和伊莱·莫洛已经重现了整个实验，他们并没有找到伊莱·莫洛，而是找到了那个黑暗神书。
科尔森在找到黑暗神书的第一刻，也不管正在进行当中的实验，立刻便让梅琳达，这个他唯一信任的人，拿着这本书赶紧离开水电站，将这本书藏在一个隐蔽安全的地方。
梅琳达拿着黑暗神书离开了，斯凯和阿方索·麦肯锡则是前往和风一号去拿电磁脉冲设备，顺带也将其他的特战队员都叫了上去，此时的水电站的只剩下控制室里的菲兹，通道中的罗比·雷耶斯，实验室里面的科尔森，对了，还有伊莱·莫洛，突然出现在实验室科尔森身后的伊莱·莫洛。
科尔森正在检查实验舱，并且试图同菲兹建立通讯联系，但是不知道什么原因，在水电站内部，所有的电子通讯全部失灵，而就在这个时候，伊莱·莫洛突然出现。
对于科尔森出现在水电站，尤其是还站在实验室里面，伊莱·莫洛心里感到一沉，不过这个时候的科尔森还不知道伊莱·莫洛的真正面目，他用急切的语气对伊莱·莫洛说要带他离开。
伊莱·莫洛眼珠一转，先是点了点头，就要说些什么，可他突然发现放在桌上的黑暗神书不见了。他以为是露西·鲍尔把书给带走了，但科尔森却是毫无防范的告诉他，是神盾局拿走的那本书，并且已经将它保管了起来，然而询问伊莱·莫洛是否能够帮助他拆除这些装备，以免发生意外爆炸，摧毁水坝。
伊莱·莫洛先是让科尔森远离这些设备，他告诉他这些东西很危险，然而就在科尔森的时候，伊莱·莫洛直接大跨一步进入了实验舱，并且紧紧的关上了舱门，这个时候，科尔森终于意识到了伊莱·莫洛的不对劲。
一直都是伊莱·莫洛想要那本黑暗神书，这些年他小心翼翼的在监狱里暗中策划，是他雇佣黑帮将装有露西·鲍尔的那些箱子走私进来，他知道以那些黑帮的个性，他们一定会独吞掉那些箱子的，而在他们打开箱子的一瞬间，露西·鲍尔终于再度回到了这个世界，这才有了之后的一切。
甚至于当年乔瑟夫·鲍尔之所以会陷入长达八年的昏迷，也是因为伊莱·莫洛想要从他嘴里得知黑暗神书的隐藏地，但很可惜，即便是他将乔瑟夫·鲍尔打个半死，对方也没有说出这个秘密。
结果这一等就是八年，等到八年之后，算计之下，露西·鲍尔终于回到了这个世界，也从她的丈夫嘴里问得了黑暗神书的隐藏地，也终于将这本书拿了出来。
说实话，那天在监狱里面，伊莱·莫洛是故意被露西·鲍尔给抓走的，如果不是他自己愿意，他早就会神盾局的人汇合在一起了，他之所以要这么做，是因为从外甥的嘴里得知露西·鲍尔已经拿到了黑暗之书。
来到了水电站的实验室，伊莱·莫洛终于见到了他梦寐以求的黑暗神书，并且从里面获得了无数的知识。
“砰”的一声，伊莱·莫洛关闭了舱门，他轻舒一口气，说道：“这一切所花的时间比我希望的要长好多，我蹲监狱的这些年，只能小心计划，才能达成自己的梦想。
科尔森，如果我是你，就赶紧的离开这里。”
说完，伊莱·莫洛直接在实验舱内输入了启动密码，下一刻，“嗡嗡”的声响不停的传来，海量的电流被输入到了实验舱内，哪怕是科尔森拔掉了输电管，但是整套设备依旧还在运行，控制室内的菲兹同样察觉到了那些表盘上面的疯狂读数，他的心里越发的不安了起来。
对于科尔森所做的一切，伊莱·莫洛根本毫不为意，他站在实验舱里，任由头顶射出的白光越来越盛，然后就听“轰”的一声真相，无数的白光汇聚到了他的身上，然后众人爆开，一圈白光眨眼间已经淹没了此刻水电站内部的所有人，科尔森，菲兹，罗比·雷耶斯。
当梅琳达，斯凯，阿方索·麦肯锡三个人再度进入水电站内的时候，水电站内已经是只剩下了伊莱·莫洛一个人。