日本的京都几乎是兵不刃血的落入了大明手中，按照耿瓛的既定策略，就是大量的征集日本民夫，继续紧逼至尾张、三河两个诸侯国。
在这距离镰仓已经不足五百里的距离，虽然日本还有近一半的国土尚未沦陷，但是比较富庶的地方基本都落入了大明手中，耿瓛的意思，就是在尾张、三河一线修筑工事，巩固自己胜利的果实。
足利义持和今川了俊共同对策，无可奈何之下，只得布置在多摩川一带的防线，希望能拖过一段时日，等待事情的变化，因为他们派遣往高丽的使节还没有回来，一切还只是变数。
此时，他们只好把天皇再次的提到了重要的位置上，不敢再有所怠慢，因为天皇毕竟是老百姓心中的一杆旗帜，只要天皇存在，他们就可以多拉拢一些支持力量。后小松天皇和后龟山天皇杯严格的按照大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。
后小松天皇引咎出家，后龟山天皇即位，这也是足利幕府为了拉拢南朝诸侯的权宜之计，景泰九年五月，足利义满在内忧外患的情况下，终于不堪从京都到镰仓的长途跋涉，在到达镰仓的第五天，就吐血而亡。
足利义满的死，注定了日本不能千户结起来，以今川了俊和大内盛见为首的后龟山天皇一系，和以足利幕府为首的后小松天皇一系产生了巨大的矛盾，其中，以足利义持为首是属于强硬派，要求大家千户结，给大明前来侵略的军队以惨痛的教训，甚至要求天皇再次北迁至虾夷，以使日本大军无后顾之忧，和明军决一死战。
而大内盛见已经完全失去了勇气，今川了俊也表示应该做出姿态表示臣服大明。只要保留天皇一脉，什么条件都可以答应大明王朝。
两者不可避免的产生了矛盾，而皇帝朱标在南京紫禁城得知情况后，终于放下心来。从另一个时空多出的几百年经验让他早就预料着有这一天。
日本根本没有处理侵略的能力，在此时的大明，在航海不算发达的现在，日本占据岛国的便利，肆意的去掠夺其他国家，所凭借的就是他们是孤悬于海外的一片岛屿，根本不会担心有国家前来侵略，再加上蒙元时期的两次征伐都铩羽而归，更增加了他们狂妄自大的本性，所以根本没有想到有军队会踏上他们的国土。
他们应变国家危机的能力实在是太差了。现在如此，另一个时空的美军也是如此，别看他们作为倭寇是多么的凶悍，别看他们所谓武士道是多么的高傲，更不要看他们国内诸侯之战时的残忍。这一切不过都是表面的现象。
一旦有强于他们的军队踏入日本本土，他们外强中干的本色就会显示出来，所以无论什么时候，他们都喜欢把战争引向其他地区，才会有疯狂的掠夺，才会有殖民的产生，他们害怕被人看穿其懦弱的。用武士道包装出来的虚假本性，甚至在另一个时空，连找盟友也不敢找临近的国家，去找远在万里之外的德国、意大利。
对于临近的国家，只会用疯狂掩饰他们的恐惧。
皇帝朱标就是看穿了这一点，才不会允许大明身边有这么一个毒瘤存在。大明和日本没有和平，也不能共存，士大夫可能会陶醉在日本人虚伪的鞠躬之中。但是皇帝朱标却是知道太多鞠躬后的利刃，由自卑引起的妒忌。
不能再拖下去了，每天都是军费开支啊。
皇帝朱标这么想。虽然有大明通商钱庄提供的征日债券，但是也不能把精力完全放在小岛身上，于是，当尾张、三河的防御工事构筑完成之后，他下达了全面进攻的旨意。
因为没有应付外敌的经验，导致了日本现在处于表面和平，而暗中两派天皇的分裂之中，只有更加的慌乱，才能让他们没有时间思考，处于更分裂的状态。
皇帝这么说了，五军都督府深以为然，锦衣卫外事局强大的情报收集能力使五军都督府的老将们完全掌握了日本此时的动态。他们那个不是身经百战的元勋，趁敌病要抵命的事情，他们也不是第一次去做了。
九州经过一年有余的经营，已经算是稳定，而四国岛现在空无人烟，不需要防御，所以将九州岛交给屯田兵守御后，耿瓛等人尽起大军，往本州岛开拔，为了不给屯田兵压力，也为了后方的稳固，由顺民、良民组成的炮灰军队大约近二万人也随之出发。
连同大明水师在内，共计十三万大军分三路逼向镰仓方向，耿瓛率领东路军经由远江、骏河和伊豆三个日本小诸侯国（日本静冈县、山梨县）直往前插入甲斐，然后在甯忠的配合之下清剿身边的日本人。之后再往前进发武藏境内。
甯忠率三万余人由大明水师护送，从伊势湾进发，贴近海岸往北航行，在伊豆的富士山方向大军上岸，先和耿瓛大军合兵为一处以后，前后夹击甲斐之敌，不使被日本人逃脱去镰仓方向报讯，然后往镰仓方向的逼近。
由济南军镇新近来日本的军长铁青山，乃是兵部尚书铁铉的堂弟，率领中军在耿瓛的身后，但是等到其和甯忠大军往镰仓方向进发的时候，他则一直往前至信浓诸侯国，在上野、下野的地方折转往东，包抄日本人的后路。
甯忠所率的三万大军，在静冈富士山登陆后直接西进破静冈城。
而耿瓛所率领的东路大军计五万余人一路北上，冈崎、滨松相继落入手中。然后和甯忠合兵一处，然后等到铁青山率四万大军拿下松本、府中之后。三路大军已经对镰仓地区形成了包围之势，大军所过之处，为了保证大军的行踪不被泄露，几乎杀的是寸草不生，人烟皆灭。
所遇到的百姓，如果不在第一时间选择做顺民或者良民，那么等待他们的就只有一个结局，由大明水师运往四国岛流放。没有粮食和生产工具的流放，下场只有一个。那就是死。
其实攻击这么快捷和凶猛，是大明将士们没有想到的，中间足利幕府的命令也算是帮了一个忙，本州岛大部分是足利家族的天下。为了保证天皇的安全，足利义持下令据城死守，拖延大明军队的步伐。
而沿途各城也坚决的执行了一项最愚蠢的命令，偏偏城池简陋矮小，防御措施更是不堪一击，更是没有防御炮火的措施。往往只是攻击方的两轮火炮，就可以造成一半的日本士卒的丧亡。
战争朝一面倒的态势倾向于大明军队，要不是顾忌朝中大臣们的弹劾，恐怕征战的步伐会更快一点，方明谦此时才感到皇上的先见之明。此次征日，所派遣的大部分是江南和山东沿海地区的士卒，而没有调遣内地大军，经过许多年倭寇的滋扰，对于日本有着一种先天的恨意。这种恨意一旦转化到战争里面，不可避免的就会成了无所披靡的战斗力。
见到如此形势，足利义持大恐，四处派出斥候查询出路，才发现自己已经被千户千户包围，只有海上一途可以逃出。明军明显的是不给日本留下半寸容身之地。
但是又不知道海外还有没有大明水师的战船，但是已经没有思索的余地。为了天皇的安全，已经将其转移到了身后的江户境内的海边之上，在那里有着新建设的天皇行宫。
其实在江户、镰仓附近守军约还有近八万人。足利义持想到应该还有一拼之力。不过甯忠所部率领大军于川崎向北插进，先取川崎，再北上迂回江户的下町平民区将其围住。耿瓛所率的军队沿武藏境内直趋山之手区域。
铁青山所领的近四万人攻克岩村、布川之后，进据小金城。其手下攻克佐仓城，陈兵于海边，江户此时还不是另一个时空的东京所在，所以防御措施本来就很少，经不得大明将士的冲杀。
三面大军已经成合围之势。但是耿瓛继承其父的性格稳健，步步为营，对镰仓、江户地区形成包围之势后，就暂时停顿，蓄势待发。
七天后，江户外围要地尽失，于是环城防卫战开始。三日后清晨攻陷城西南之山之手。当日下午，一直强势的足利义持终于按捺不住，召集诸侯大名宣布撤退。
足利义持声泪俱下的恳请诸国守护全力护佑天皇的安全，集中所有的船只，不顾一切卫护天皇船队先出内海，往虾夷等待勤王之师。
天皇带走所有船只，剩下的日本军队则作为佯兵，只能由武藏境内北上从下野杀出，迅速进入山中；而足利义持为了表示对天皇的忠诚，愿意率领亲信和家族武士。沿佐仓方向往东潜入江户崎，然后再到矢作，然后再到海边，从哪里整顿后，在渡海往虾夷会合天皇。
事情本来到了这里，日本的败亡已经无可挽回，可就是在正统的事情上，两派又发生了争执，今川了俊和大内盛见坚决要求向大明投诚，因为虾夷此时还是荒无人烟的雪山岛屿，那里有些居民，但也是没有开化的蛮人。而且虾夷一年四季都是天寒地冻，冷多暖少。甚至都没有种植过庄稼，发展空间太少，在那里，经过大明水师的围困，还是会全军覆没。
不如向大明表示忠诚，以自诩为天朝上国的高傲，说不定可以保存部分国土，届时忍辱负重，待到大明不提防的时候，东山再起。还有复国的希望。而到了虾夷之后，如果明军再步步紧逼，还能逃向那里呢？
而足利义满死之前，已经看透了大明的心思，知道大明此次为灭国而来，所以不抱任何侥幸，已经出家的足利义满，在临死之前，认为是大和民族的报应，也是多年来侵犯大明沿海的恶果，所以告诫足利义持，投诚不会是权宜之计，而是会导致大明皇帝的轻视，让其一定不要放弃任何机会，而且，足利义满那时才有些后悔拒绝朱棣的邀请。
足利义持得到父亲的嘱托后，最后一步，决定到了虾夷之后，立即按照足利义满的计划，往萨哈林岛寻求陆地的立足。坚忍之后再图计划。所以坚决不同意大内盛见和今川了俊的计划。
争执之下，两派不欢而散。各自准备自己的计划。
九月初五，大明攻占镰仓，直逼江户。足利幕府的家族武士在东京外围与大明军队多次进行激战。但未能阻挡征日大军的多路攻击。
九月初八，大内盛见、今川了俊代表后龟山天皇表示愿意臣服，而此时正是后龟山天皇名誉上的执政期间，他们的表示臣服，代表着日本的灭亡。
九月初九，足利幕府集合所有船只，携带日本皇室成员计二千余人，还有幕府武士大约万余，各诸侯强行占据百姓船只，然后随之出内海往北而去。其余抢不到船只的。或者随后龟山天皇投诚，或者是遁入山林，企图通过大军封锁，去寻觅足利义持所描述的过海往虾夷的地点。
日本正式分裂，而大明随即宣布日本纳入疆土之内。因为后龟山天皇在执政期间投诚，代表着合法政府，而执政期间，也掌管着象征日本存在的三神器，即八尺勾玉、神镜和草剃剑。但是为了表示诚意，也献出交付于大明掌管。
还有一个原因，那就是所谓的虾夷（北海道）。因为山地占全岛面积的百分之六十，其中又有一半是火山地带，而且和日本本州岛隔海而望，在大明水师的震慑下，足利义持根本没有反攻的可能。逃到了虾夷，面对的也只能是一望无际的火山群。
至于为什么不强行登陆。只是在关东地方一个叫横滨的小渔村驻扎下来监视日本军队。皇帝朱标自有打算，后龟山天皇虽然投降，两个首领式的人物大内盛见、今川了俊也在耿瓛的监护之下。
但是足利幕府依旧有着影响力，皇帝朱标也不想日本一下子就进入了无政府状态，他希望日本进入非黑即白的形式之下。
只要足利幕府存在。那么一些隐藏的武士才不会转化成恐怖分子，因为他们还有希望，他们还有盼头，他们就会找足利义持和后小松天皇表示忠诚，那么才有一网打尽的可能。
“灭国容易，灭人心难啊。”皇帝朱标心里想着，在京师等待着后龟山天皇和大内盛见、今川了俊的觐见，日本被灭国之后，后龟山天皇还要去做一阵子傀儡，皇帝朱标会封其为日本国王，仍旧让他回京师做日本国民的盼头。但是后者大内盛见和今川了俊却只能是在大明孤独终老了。
在佛道之争没有结局之前，皇帝朱标倒是想到了一个好办法，佛教在日本颇为昌盛，而这次是颠覆其信仰的时候了。之前，在他的授意下，耿瓛等人借着战火的便利，让日本人饱尝了被掠夺的痛苦。
文化珍品遭到了大明军队可以的洗劫。据耿瓛密报，征日大军攻破镰仓和江户以后，镰仓的鹤冈八幡宫，还有圆觉寺、建长寺、妙本寺、明月院、东庆寺、海藏寺等古老寺院，及名景镰仓大佛等都不同程度的遭到清洗，为下一步道教扎根日本境内打下了基础。
在日本国王回去的同时，皇帝朱标会派张宇初选择一批道士跟随其一起成行，届时会宣布日本的灭佛兴道主张，许多在大明不能强项实施的政策也将会在日本实施，观察效果后，才会转移到大明境内实行。
从开始筹划，到后龟山天皇的投降，看起来不到三年的光景，在很多人的眼里觉得有些匪夷所思，但是皇帝朱标却是知道其中做足了多少功课，当然，和充足准备之下，两国之间的国力悬殊是离不开的。日本人也不像是大明，中原人饱受外族的欺凌，对于一切都有着无比的韧性。
相比于此点，日本就有些远远不如大明的承受能力，否则，以一个立国千年的岛屿之国而论，怎么会如此脆弱和经不起打击呢？
不管怎么说，日本败亡了，虾夷不是足利义持能够长久生存的地方，后龟山天皇还未回日本安慰他的国民，皇帝朱标就得到锦衣卫的密报，足利义持开始往萨哈林岛窥探，当然，也免不了联络正在鞑靼边境的朱棣。
但是朱棣此时却没有时间去理会足利义持的热情，帖木儿已经开始不耐烦的往和林方向紧逼了。他终于忍受不住在别失八里的久待，迟迟不能进攻大明，原因也就是鞑靼的不肯臣服，偏偏帖木儿又不敢把后方交给不肯臣服他的人，必须要牵制或者是打残鞑靼，他才能放心的朝关内挺近。
在日本逃亡虾夷的同时，帖木儿终于忍不住那份煎熬，遂命马哈木、太平、把秃字罗三人分领的瓦刺拥立阿里不哥的後裔：答里巴为大汗，发起了向鞑靼讨伐的战争。