一、早年经历
方从哲，字汝愚，号中涵，出生于明嘉靖四十一年（1562年），是浙江德清县人，但在户籍上属于直隶顺天府锦衣卫军籍。他自幼勤奋好学，专注于《诗经》的研究，才华横溢，以顺天府学增广生的身份，在万历十年（1582年）的顺天乡试中脱颖而出，名列第81。紧接着，方从哲在万历十一年（1583年）的会试中，取得了第300名的成绩，随后在殿试中荣获二甲第30名，从而被授予翰林院编修的职位。
方从哲的文采斐然，他的文章深受首辅王锡爵赏识，甚至被收录入文选，成为学子们的楷模。在东宫讲学期间，方从哲多次上书神宗，坚决维护太子（未来的明光宗）的地位，展现了他的忠诚与远见。[3]他的政绩与学识得到了认可，被擢升为从四品朝列大夫，担任过国子监司业、祭酒等职，期间他还上书请求停止开矿收税，这一主张与东林党和浙党相契合，体现了他关注民生的一面。
然而，方从哲的正直性格也给他带来了麻烦。当司礼监秉笔太监田义试图让自己的侄子不经正当程序获得官职时，方从哲坚决拒绝了这一要求，这引发了田义的不满，后者威胁要整治方从哲。为了避免不必要的纷争，方从哲选择了辞职归隐，开始了长达十多年的闲居生活。
在家闲居期间，方从哲并未与世隔绝，反而扩大了自己的社交圈子，声望日益提升。东林党领袖叶向高非常赏识方从哲，多次举荐他续修玉牒、出任礼部左侍郎兼翰林院侍读学士，但方从哲并未立刻接受这些职务。
万历四十一年（1613年），朝廷面临严重的官员短缺问题，尤其是找不到合适的人选来主持会试。在这一关键时刻，叶向高再次举荐方从哲，希望他能出任礼部右侍郎，协助主持会试。经过叶向高的多次上书，明神宗最终决定委任方从哲为吏部左侍郎，与叶向高一同主持会试。
然而，神宗的这一中旨任命引起了言官的反对，因为这与吏部的推荐名单不符。面对压力，方从哲提出辞呈，但神宗坚持己见，执意任命他。方从哲此次复出，不仅预示着他将面临的复杂政局，也为他日后成为内阁首辅的道路埋下了伏笔，昭示了他未来职业生涯的坎坷与挑战。
二、成为独相
方从哲的复出并非偶然，而是基于当时内阁的特殊需求。万历四十一年（1613年），叶向高作为内阁中唯一的阁臣，曾多次上书请求增补阁员，却始终未能得到神宗的回应。[1]这一局面使得内阁的运作陷入困境，决策效率大大降低。然而，当方从哲重新踏入政坛，明神宗似乎看到了解决内阁人员短缺问题的契机，迅速下令增补阁臣。
同年九月，方从哲与前礼部左侍郎吴道南一同被任命为礼部尚书、东阁大学士，加入内阁，共同辅政。但吴道南尚未及时抵达京城，实际上，方从哲与叶向高二人承担起了内阁的主要职责。
起初，叶向高作为首辅，掌握着内阁的决策大权。然而，当他离开京都时，方从哲便不得不独自面对政务的重担。他曾试图召回旧辅臣沈鲤以加强内阁力量，但这一提议遭到皇帝的否决。面对御史钱春对他逢迎皇上的指责，方从哲主动请辞，显示出他面对批评时的谨慎态度。神宗的安抚与挽留，则表明了皇帝对方从哲的信任与倚重。
随着吴道南的到来，内阁看似回归常态，但不久之后，吴道南因舆论压力和个人原因，多次请求离职，并最终因母丧而离京返乡。方从哲再次面临着独自辅政的局面。他深知内阁力量薄弱的危害，立即上奏请求推举并补充阁臣，以增强内阁的决策能力。
然而，神宗似乎对方从哲的能力充满信心，认为一人足可胜任，始终未有增补阁臣之举。[9]面对这样的状况，方从哲并未放弃努力，而是坚持每月上奏，力图改变现状。尽管如此，神宗的态度未曾改变，内阁始终维持着方从哲一人辅政的局面，直至万历帝驾崩，泰昌帝即位，方从哲才得以卸下独相的重任。
三、入阁期间
方从哲入阁辅政之际，明朝正面临一系列内忧外患。从东宫讲读的中断，到皇家婚事的延误，乃至地方赋税、灾变频发，方从哲均屡次上奏，力图劝谏皇帝，但大多数情况下，他的建议并未得到积极回应。尽管方从哲在朝中不乏支持者，但他的劝谏往往流于表面，实质上并未对皇权形成有效制约，也未能从根本上解决国家的诸多问题。
在方从哲辅政时期，朝廷的党争氛围有所缓和，这在一定程度上是因为言官中已缺乏真正敢于直言的清流派。然而，这种平静背后，是齐楚浙三党的崛起，特别是方从哲的门生亓诗教，作为齐党成员，其影响力日益显着，加剧了朝廷内部的派系斗争。
方从哲执政期间，皇帝的怠政倾向愈发明显，国家机器运转不畅，从中央到地方，各级官员大量空缺，国家政务陷入瘫痪状态。[6]与此同时，边疆危机不断升级，万历四十六年（1618年），大清军队攻占抚顺，朝野震惊，但皇帝的应变措施迟缓无力。[7]方从哲之子方世鸿的杀人案更是让其陷入舆论漩涡，尽管方从哲请辞，但皇帝并未批准。
面对国家的重重危机，方从哲的应对显得乏力且被动，他虽多次请求罢免，但皇帝的挽留让他难以抽身。在辽东战场，明朝军队连连失利，方从哲虽上奏请求对策，但皇帝的冷漠回应使局势进一步恶化。辽阳的失陷，被视为明朝灭亡的前兆，而方从哲作为辅政首辅，难辞其咎。
万历四十八年（1620年），当皇帝病重之时，方从哲与九卿台谏共同询问皇帝病情，直至皇帝驾崩，方从哲参与了接受遗命的重要过程。然而，方从哲在位期间的作为，被后世评论家视为明朝衰亡的重要原因之一。
四、红丸大案
郑贵妃，出于对福王往事的担忧，试图通过赠送珠宝与侍姬来讨好新帝，其中李氏尤其得宠。郑贵妃进而请求册封李氏为皇后，李氏亦为郑贵妃求封太后，这一系列举动在宫廷内外引发轩然大波。光宗皇帝于九月初六日已感不适，至八日病情加重，此时方从哲被皇帝命令册封郑贵妃为皇太后。然而，侍郎孙如游的激烈反对最终阻止了这一封号的实现。
随着光宗病情的恶化，关于宦官崔文升进献泻药导致皇帝健康急剧下降的传言在京城中流传开来。给 事 中杨涟率先弹劾崔文升，并将矛头指向方从哲，暗示其在事件中负有责任。在众臣的压力下，方从哲不得不采取行动，他向光宗进言慎用药石，但皇帝的病情并未因此好转。
九月十九日，新任内阁大臣刘一燝与韩爌上任，此时光宗的病情已十分危急。两天后，光宗召见方从哲、刘一燝、韩爌及其他重要官员，皇帝已无法正常进食，但仍坚持下旨册封李选侍为皇贵妃。在九月二十五日的再次召见中，光宗表达了对皇长子的期望，希望诸臣辅佐其成为明君，并提及了自己的身后事。
就在这一天，鸿胪寺丞李可灼自称拥有仙丹，向光宗进献了所谓的“红丸”。皇帝服用后，一度称赞李可灼为“忠臣”。然而，红丸并未挽救光宗的生命，九月二十六日，光宗驾崩，留下了宫廷内外一片混乱。
方从哲在光宗逝世后草拟的遗诏中，竟对李可灼给予奖赏，此举引发了朝野的极大愤慨。在李选侍占据乾清宫的紧张局势下，方从哲并未采取果断措施，而是选择妥协，这进一步削弱了他在朝臣中的威信。
五、移宫大案
光宗朱常洛登基后，原本 侍 候 神宗病体的郑贵妃并未 即 时 迁居，这引起了朝臣的不满。尚书周嘉谟责备了郑贵妃的从子郑养性，最终迫使郑贵妃从乾清宫迁出，移居至慈宁宫。慈宁宫作为皇贵妃的住所，虽非皇太后专属，但此举已表明郑贵妃地位的微妙变化。
然而，光宗逝世后，李选侍却占据了乾清宫，这引起了更大的争议。李选侍曾试图获得皇后之位，其野心昭然若揭。给事中杨涟和御史左光斗等正直派官吏认为，李选侍不应继续居住于乾清宫，以免干涉新皇朝政。他们坚决要求李选侍迁居，但此事争辩数日未能决断。方从哲等大臣起初试图缓和处理，但在新皇帝登基前夕，刘一燝、韩爌等重臣联合奏请，最终迫使李选侍移出乾清宫，改居哕鸾宫。
六、遭人弹劾
方从哲在明光宗逝世后，因红丸案中的行为遭到了朝中众多官员的严厉指责。御史王安舜首先发难，弹劾方从哲轻率推荐精神异常的医生，并在事后给予奖赏，意图掩盖自己的责任。方从哲在回应中草拟太子的指令，仅处罚李可灼一年俸禄，这一处理方式并未满足朝中对李可灼的惩罚预期。
御史郑宗周随后跟进，要求将崔文升交予司法部门处理，而方从哲则拟令由司礼监进行调查，这一举措同样未能平息朝中对崔文升的愤怒。随着御史郭如楚、冯三元、焦源溥，给事中魏应嘉，太常卿曹王光，光禄少卿高攀龙，主事吕维祺等官员相继上奏，指责李可灼的罪行应当严惩，而方从哲却予以庇护，严重违背了国家法律。
给事 中惠世扬更是直接列举了方从哲的十条罪状和三条可杀的理由，指控方从哲独揽大权七年，阻碍贤才，危害国家；在光宗去世时处理事务不当；在梃击案中包庇奸党；任意破坏诏书；纵容儿子犯罪；压制言官；纵容 抚 臣失职；指挥军队作战失利；欺骗皇帝，使辅臣蒙羞；以及代征专卖税，侵害国家和百姓利益。此外，惠世扬还指出方从哲在处理郑贵妃请求封后一事上态度模糊；在李选侍凌辱圣母，导致圣母饮恨而死的问题上，方从哲收受贿赂，想封李选侍为贵妃；以及在崔文升用泄药伤害先帝和李可灼进献毒药后，方从哲不仅未加惩罚，反而拟作赏赐。
这些弹劾奏疏上达 天 听 ，皇帝虽然责备惠世扬的言辞过于激烈，但面对方从哲的多次请辞，始终采取了安抚和挽留的态度。即便在张泼、袁化中、王允成等人继续弹劾方从哲的情况下，皇帝仍旧置若罔闻。直到当年冬天，给事中程注再度弹劾方从哲，方从哲感到形势不容乐观，遂极力请求离职，连续六次上奏请辞。
最终，皇帝任命方从哲为中极殿大学士，赏赐银币和蟒衣，并派遣行人护送他返回故乡，以此结束了方从哲在朝中长达数年的辅政生涯。
七、晚年
方从哲的晚年并不平静，尤其是在天启二年（1622年），礼部尚书孙慎行对红丸案的重新审视，将他推向了舆论的风口浪尖。孙慎行严厉指责方从哲在红丸案中扮演的角色，认为他是谋害君王的逆贼，要求朝廷彻查此事。这一指控引发了朝野的广泛关注，皇帝诏令朝廷大臣进行审议，而都御史邹元标则公开表示支持孙慎行的观点。
面对严峻的指责，方从哲上奏辩解，甚至主动请求削夺官阶，发配边疆，显示出他愿意承担后果的决心。[3]然而，皇帝的安抚之词并未能平息朝中的争论。给事中魏大中催促九卿尽快做出决议，而多数朝廷大臣倾向于认同孙慎行对方从哲的定罪，仅有少数官员如黄克缵、王志道、徐景濂以及汪庆为方从哲辩护，詹事公鼐则保持中立。
大学士韩爌在此关键时刻，向朝廷陈明了红丸案的前后经过，试图为方从哲解脱。吏部尚书张问达与户部尚书汪应蛟随后联合上奏，认为在紧急情况下，辅臣们探视病重的皇帝，实难有心怀弑逆之念，但同时也承认李可灼非医官，用药尝试导致先帝驾崩，方从哲等人未能制止，确有失职之责。
最终，李可灼被遣往边疆戍边，崔文升则被贬至南京，而方从哲本人未受到法律制裁。不久后，孙慎行因病离职，红丸案的后续影响似乎得以平息。然而，天启五年（1625年），魏忠贤利用《三朝要典》打击异己，不仅撤销了对李可灼的处罚，还重新启用崔文升，这导致了一批要求严惩方从哲的人士遭到贬谪或杀害。
方从哲在这一系列事件中，始终保持低调，即使魏忠贤党羽徐大化请求启用他，他也坚决不出仕。[8]直到崇祯元年（1628年）二月，方从哲逝世，享年六十六岁。[9]死后，他被追赠为太傅，谥号“文端”，这一荣誉性的称号在某种程度上反映了官方对方从哲学问与品行的认可，尽管他在生前因红丸案等事件饱受争议。