一、贵阳继位
吴三桂在决定起兵反清之前，曾试图接回在京的儿子吴应熊，但后者拒绝返回昆明，并且将康熙帝即将采取的削藩计划告知了吴三桂，同时让吴三桂的密使秘密带走了自己的大儿子吴世璠。这一举动无疑加速了吴三桂反清的步伐。然而，吴应熊最终还是没能逃脱清廷的惩罚，于康熙十三年（1674年5月18日）四月十三日被康熙帝诛杀，一同遇难的还有他的次子吴世琳。吴世璠得以留在云南，成为吴三桂的重要继承人。
随着吴三桂在康熙十七年（1678年）于衡阳称帝，吴世璠被封为皇太孙。不久之后，吴三桂病重，他授意心腹大臣迅速召回吴世璠，以便交代后事。然而，在吴世璠抵达之前，吴三桂便已病逝。为了稳定军心，避免引起混乱，吴三桂的亲信们决定暂时隐瞒他的死讯，下令关闭衡州城门，禁止任何人出入，并且每日仍按惯例向吴三桂的寝宫进奉衣物食物，以此来维持表面的平静。
与此同时，吴三桂的侄子、女婿以及其他心腹将领聚集在衡州，共同商讨对策。他们推举吴国贵总管军务，并派遣胡国柱返回云南迎接吴世璠前来衡州奔丧。然而，留守云南的郭壮图坚决反对这一计划，他认为云南是战略要地，不能轻易让吴世璠离开。胡国柱极力劝说，但郭壮图始终不肯改变立场，甚至认为可以放弃湖南，固守险要之地，继续在云南建立“夜郎王国”。
胡国柱无奈之下，只能将吴三桂的遗体用棉花包裹，秘密运送回贵州和云南，而吴世璠则在胡国柱的陪同下前往贵阳。在那里，吴世璠即位为帝，将贵阳府贡院设为临时行宫，并定年号为“洪化”，追尊吴三桂为“太祖高皇帝”，其父吴应熊为“孝恭皇帝”。官制沿用了吴三桂时期的体系，并对诸位将领进行了封赏，其中方光琛、郭壮图成为核心成员，吴世璠的叔叔吴应期被封为楚王。经过一系列的政治斗争，郭壮图的女儿最终被册封为皇后。
值得注意的是，吴世璠即位时遭遇了不祥之兆：在胡国柱奉命筑坛进行祭祀仪式时，突然刮起了强劲的阴风，所有的灯烛都被吹灭。这些迹象似乎预示着吴世璠统治的不稳定性和即将到来的危机。
二、全盘崩溃
吴三桂逝世之后，吴军内部的军心开始进一步涣散，局势变得愈发不可收拾。吴应期坚守岳州，但到了康熙十八年（1679年）正月，形势愈发危急，他不得不弃城突围而逃，导致岳州失守。岳州的失陷意味着湖南的大门完全敞开，为清军提供了绝佳的机会。正月二十七日，早已集结在荆州待命的清军乘势渡江，数千艘船只同时出发，场面壮观。康熙帝随即下达了全面进攻的命令，吴军在清军的猛烈攻势下全线溃退。
吴应期、胡国柱、王绪等人从岳州一路逃至辰州，试图在这里重新组织防线。他们选择在辰州安营扎寨，凭借险要的地势据守。然而，到了这个时候，除了辰州、武冈、新宁之外，湖南的大部分地区已经落入清军之手。
面对吴军的败退，清军各路大军迅速推进。大将军察尼趁机夺取了岳州，并且攻克了辰龙关，切断了吴军的退路。安亲王岳乐率军攻克长沙，进一步巩固了清军在湖南的控制权。与此同时，喇布收复了衡州，傅宏烈等部则成功收复了桂林，这些胜利使得清军在南方的战略地位大大加强。
三、内部倾轧
康熙十九年（1680年）十月，吴世璠逃回昆明，此时的吴氏集团已经处于崩溃的边缘。吴应期作为吴氏集团的核心人物之一，从湖南逃到贵州，并前往昆明朝见吴世璠。因为是同一家族的成员，吴应期被留在内庭受到款待。在宴席上，吴应期想到一连串的失败，感到绝望，将责任归咎于方光琛，称其为“首祸”。夏国相等内外亲属也在场，听到这番言论后，皆痛哭失声。
吴应期随后跟随吴世璠从贵阳逃回云南，并沿途招集散逃的兵士，聚集了一两千人的力量。到达交水（今位于云南省曲靖市附近）后，吴应期选择在此驻扎，并未直接前往昆明。吴应期的计划是重新集结逃散的吴军，企图回到昆明发动宫廷政变，废黜吴世璠，自己取而代之。
此时，吴氏政权的实际权力掌握在吴世璠的岳父郭壮图手中。郭壮图得知了吴应期的动向后，便开始策划如何应对。他与吴将线密谋，由吴将线打着受郭壮图派遣的旗号，率领部队前往贵州增援，实则是前往交水对付吴应期。到达交水后，吴将线以慰劳军队为名，诱骗吴应期前来，趁其不备，将其逮捕，并当场用绳索勒死。
郭壮图接到吴应期已被处死的消息后，立即在昆明采取行动，将吴应期的两个儿子吴世琚和吴世珵一并勒死。吴应期父子的死亡使得吴氏政权的控制权更加牢固地掌握在郭壮图手中。吴世璠当时尚未成年，大约只有十五六岁的年纪，因此政权的重大决策几乎都由他的岳父郭壮图决定。
这次内部倾轧导致骨肉相残，不仅削弱了吴氏政权的实力，也让人心进一步涣散，军心和民心都受到了极大的打击。在这样的背景下，吴氏集团的力量愈发衰弱，无法有效地组织抵抗，为即将到来的清军的最后攻击埋下了伏笔。吴世璠在昆明的处境也变得更加危险，面对清军的强大攻势，昆明的防御力量显得极为脆弱。
四、负隅顽抗
康熙二十年（1681年），面对清军的强大攻势，吴世璠的处境愈发艰难。这一年，定远平寇大将军赵良栋、彰泰、赖塔等将领分别从四川、贵州、广西三个方向向云南进发，目标直指昆明。吴世璠深知昆明是吴氏政权的最后一道防线，因此急忙调动兵力进行防御。
吴世璠命令夏国相、胡国柱、马宝等人前去阻击赵良栋所率领的清军，而郭壮图则负责迎战蔡毓荣。然而，蔡毓荣采取了放火焚烧森林的战术，破坏了吴军的防御工事，使得郭壮图所部败退。面对清军步步逼近，吴世璠紧急调回夏国相等人回援昆明。
吴世璠亲自督军坚守昆明城中的五华山，拼死抵抗。昆明城的防御工事十分坚固，清军虽然多次尝试攻城，但始终未能取得明显进展。双方在昆明城外僵持了数月，期间吴世璠和清军之间的战斗异常激烈。
同年九月十六日，康熙帝向围城的清军将士下达命令，要求他们加快攻城速度，尽快拿下昆明。清军在接到命令后，加大了对昆明的进攻力度。清军主力部队直抵昆明城下，吴世璠被迫派出兵力出城迎战，在归化寺附近与清军进行了激烈的交锋。尽管吴军奋力抵抗，但最终还是被清军击败。赖塔部推进至银锭山，蔡毓荣夺取了重重关与太平桥，赵良栋、穆占以及巡抚王继文则占领了玉皇阁。
在清军的三路军分拨后，开始了连续数日夜的猛攻。昆明城内的吴世璠和郭壮图陷入极度恐慌之中，眼看着昆明城即将被攻破，却找不到有效的对策。吴世璠与郭壮图惊慌失措，无法制定出有效的防御策略，整个昆明城陷入一片混乱之中。
五、身死城破
随着清军的步步紧逼，昆明城内的局势日益紧张。清军统帅章泰等人不仅加强了对昆明城的军事攻势，还采取了心理战策略，通过向城内发射招降书的方式进一步瓦解吴军的斗志。城内粮食短缺，加上清军昼夜不断的攻击，使得城内的军民意识到昆明城即将沦陷，生命安全面临严重威胁。
到了康熙二十年（1681年）十月二十二日，吴军将领余从龙、吴成鳌秘密出城向清军投降，并将昆明城内的虚实情况一一告知了清军统帅。得知城内已经到了山穷水尽的地步，章泰等人亲自督战，各路大军全力猛攻，四面合围昆明城，并秘密派遣余从龙进城进行招抚工作。
十月二十八日，吴军将领吴将线、吴国柱、吴世吉、原任都统何进忠、林天擎等人密谋发动兵变，计划逮捕吴世璠和郭壮图，然后献给清军。吴世璠得知这一消息后，意识到昆明城即将失守，自己的命运已经无法挽回。于是，他穿上皇帝的服饰，登上大殿，手持刀剑，先是试图自刎，但并未立即毙命，随即又用力刺向自己的喉咙，鲜血喷涌而出，最终倒毙在血泊之中，年仅十六岁。他的皇后郭氏也选择了自缢身亡。据记载，宫中有上百人选择从死。
与此同时，吴将线等人带领军队闯入郭壮图家中，当即杀死了郭壮图的心腹郭得胜。郭壮图闻变后，和他的儿子郭宗汾一同选择了自刎。昆明城内陷入了一片混乱。吴将线等人擒住了吴三桂的大学士方光琛及其子方学潜、侄方学范等主要人物，并接管了全城。
十月二十九日，吴将线等将领打开昆明城门，向清军投降。吴世璠的首级以及夏国相、马宝等重要将领的尸体被押解至北京。至此，历时八年的三藩之乱终于宣告结束。
结语
吴世璠的一生虽然短暂，但却充满了动荡与挑战。他试图延续祖父开创的事业，但最终未能逃脱历史的宿命。吴世璠的故事不仅是个人命运的写照，也是那个时代复杂政治格局下的一个缩影。