李傕和郭汜这两个叛贼原本打算杀掉献帝，但张济和樊稠却劝阻他们说：“不可。如果现在就杀了他，恐怕会引起众人的反感。不如仍然尊奉他为主公，诱骗其他诸侯入关，先削弱他们的力量，然后再找机会杀他，这样天下就可以图谋了。”李傕和郭汜听从了他们的建议，于是暂时按下了杀机。
献帝在楼上宣布谕旨：“既然王允已经被杀，你们为什么还不退兵？”李傕和郭汜回答说：“我们为皇室立下了功劳，但还没有得到封赏，所以不敢轻易退兵。”献帝问：“你们想要封什么爵位？”于是李傕、郭汜、张济和樊稠四人各自写下了自己期望的职位，并强迫献帝接受。献帝无奈，只得封他们为将军和侯爵，让他们共同执掌朝政。其他如李蒙、王方等人，也都得到了校尉的职位。然后他们谢恩，领兵退出了长安城。
之后，他们又下令寻找董卓的尸体，只找到了一些零碎的皮骨。于是他们用香木雕刻成董卓的形体，进行了安葬。然而，在安葬的过程中，天降大雷雨，平地水深数尺，雷电劈开了棺材，将董卓的尸体提了出来。李傕等天晴后再葬，但当晚又发生了同样的事情。经过三次改葬，都未能成功，董卓的零皮碎骨最终被雷火消灭。可见上天对董卓的愤怒是多么强烈！
李傕和郭汜掌握了大权后，对百姓进行了残酷的统治，并密派心腹侍奉在献帝左右，监视他的一举一动。献帝此时处境艰难，朝廷官员都出于这两个叛贼的掌控之下。为了争取人心，他们特别宣召朱儁入朝，封他为太仆，共同执掌朝政。
一天，有人报告说西凉太守马腾和并州刺史韩遂率领十多万大军杀向长安，声称要讨伐叛贼。原来，马腾和韩遂曾先派人到长安与侍中马宇、谏议大夫种邵、左中郎将刘范三人密谋策划内应。三人秘密上奏献帝，封马腾为征西将军、韩遂为镇西将军，并各自接受了密诏，合力讨伐叛贼。
当李傕、郭汜、张济和樊稠得知两军即将到来时，他们共同商议御敌之策。谋士贾诩建议说：“两军远道而来，我们应该深挖沟壑、高筑堡垒，坚守不战。不出百日，他们的粮草就会耗尽，自然会撤退。然后我们再引兵追击，定能擒获马腾和韩遂。”但李蒙和王方却表示反对，他们认为应该主动出击，立即斩杀马腾和韩遂。贾诩警告他们说：“如果现在出战，必败无疑。”但李蒙和王方却坚持己见，并表示如果战败就甘愿受罚。于是贾诩建议让张济和樊稠屯兵在长安西二百里的盩厔山险峻之处坚守待敌，而让李蒙和王方带领一万五千人马去迎战马腾和韩遂的军队。
两军相遇后，马腾和韩遂率领西凉军摆开阵势与李蒙和王方对峙。马腾和韩遂大声辱骂李蒙和王方是反贼，并问谁敢去擒拿他们。话音刚落，只见一位面如冠玉、眼若流星的少年将军从阵中飞出，原来那就是马腾的儿子马超。他年仅十七岁但英勇无敌。王方见他年幼轻视于他跃马迎战但不到几个回合就被马超一枪刺于马下身亡。马超勒马便回李蒙见王方已死便骑马从马超背后赶来想要偷袭他但马超却假装不知道马腾在阵门下大喊提醒马超背后有人追赶但马超却将计就计等李蒙靠近时突然闪身躲过李蒙的一枪然后轻舒猿臂将李蒙生擒过去西凉军士见主将被擒纷纷望风而逃马腾和韩遂则乘势追杀大获全胜直逼隘口下寨并将李蒙斩首示众。
李傕和郭汜得知李蒙和王方都被马超所杀，才开始相信贾诩的先见之明，并重视他的计策。他们决定紧守关防，任由西凉军挑战，但并不出兵迎战。果然，不出两个月，西凉军因为粮草匮乏而商议撤军。然而，就在这时，长安城中的马宇家奴出卖了家主马宇以及刘范、种邵等人，揭露了他们与马腾、韩遂的外联内应计划。李傕和郭汜大怒，将这三家的老小全部斩首示众，并把三颗首级悬挂在城门前示众。马腾和韩遂见军粮已尽，内应又被泄露，只得拔寨撤军。李傕和郭汜命令张济率军追赶马腾，樊稠率军追赶韩遂，西凉军大败。马超在后面死战，成功击退了张济。然而，当樊稠即将追上韩遂时，韩遂利用同乡之情说服了樊稠放他走。
不幸的是，李傕的侄子李别看到了这一幕，并报告给了他的叔叔。李傕大怒，想要出兵讨伐樊稠。但贾诩建议设宴邀请张济和樊稠庆功，然后在席间擒获并斩杀樊稠，这样可以毫不费力地解决问题。李傕欣然同意，并设宴邀请了张济和樊稠。然而，在酒宴进行到一半时，李傕突然变色质问樊稠为何与韩遂勾结谋反。樊稠大惊失色，还未来得及回答，就被刀斧手拥出并斩首于案下。这一幕吓得张济俯伏在地，但李傕扶起他说：“樊稠谋反，所以我才杀了他。你是我的心腹，何必惊惧？”接着，他将樊稠的军队拨给张济管领。张济随后返回了弘农。
经过这一系列事件后，李傕和郭汜成功击败了西凉军，使得诸侯们无人敢与他们抗衡。贾诩多次劝说他们安抚百姓、结纳贤才，这使得朝廷逐渐恢复了生机。然而，就在这时，青州黄巾军又起，聚众数十万人，劫掠百姓。为了应对这一局势，太仆朱儁推荐了一个人，认为只有他才能平定这群贼寇。当被问及是何人时，朱儁回答说：“要破山东群贼，非曹孟德不可。”李傕和郭汜进一步询问曹孟德现在何处，朱儁告诉他们曹操现在是东郡太守，并拥有大量军队。如果命令他去讨伐贼寇，必定能够迅速取得胜利。于是李傕大喜过望，连夜草拟诏书派人送往东郡给曹操并命令他与济北相鲍信一同讨伐黄巾军。
曹操接到圣旨后立刻与鲍信会合并共同出兵在寿阳击败了黄巾军。然而鲍信在战斗中冲入敌阵重地被黄巾军杀害。曹操继续追击黄巾军直到济北迫使数万敌军投降。他利用这些降兵作为前锋所到之处无不投降归顺。在短短百余天内他成功招安了三十多万降兵以及百多万男女人口。曹操从这些降兵中挑选出精锐之士组成“青州兵”而其余的人则被遣散回家务农。这一系列的胜利使得曹操的威名日益远扬。当捷报传到长安时朝廷加封他为镇东将军。
在兖州期间曹操积极招贤纳士。有两位叔侄前来投奔他他们是来自颍川颍阴的荀彧和荀攸。荀彧是荀绲的儿子曾经侍奉过袁绍但现在选择放弃了袁绍而投奔曹操。曹操与他交谈后非常高兴称赞他是自己的“子房”（即张良的别称）并任命他为行军司马。而荀攸则是海内知名的名士曾经担任过黄门侍郎但后来辞官归乡。现在他与叔叔荀彧一同投奔曹操曹操任命他为行军教授。荀彧还向曹操推荐了一位贤士程昱说：“我听说兖州有一位贤士但现在不知道他在哪里。”曹操问是谁荀彧回答说：“他是东郡东阿人名叫程昱字仲德。”曹操说：“我也听说过他很久了。”于是派人到乡间去寻找最终找到了正在山中读书的程昱。曹操亲自拜访他程昱也很高兴地前来相见。程昱对荀彧说：“我孤陋寡闻不足以担当你的推荐。你的同乡郭嘉字奉孝是当今的贤士你为什么不把他找来呢？”
荀彧突然醒悟说：“我差点忘记了！”于是向曹操推荐征聘郭嘉到兖州，共同讨论天下大事。郭嘉又推荐了一个人，是光武嫡派子孙，淮南成德人，姓刘名晔，字子阳。曹操立即聘请刘晔前来。刘晔又推荐了两个人，一个是山阳昌邑人满宠，字伯宁；另一个是武城人吕虔，字子恪。曹操也早就听说过这两个人的名声，于是聘请他们为军中从事。满宠和吕虔共同推荐了一个人，是陈留平邱人毛玠，字孝先。曹操也聘请他为从事。
又有一位将领带着数百人来投奔曹操，是泰山巨平人于禁，字文则。曹操见他擅长骑射，武艺出众，任命他为点军司马。有一天，夏侯惇带着一个大汉来见曹操，曹操问他是谁，夏侯惇说：“这是陈留人典韦，勇力过人。以前跟随张邈，但与帐下人不和，手杀了数十人后逃窜到山中。我出去打猎时看到他追逐老虎过涧，于是收留在军中。现在特别推荐给您。”曹操说：“我看这个人身材魁梧，必定有勇力。”夏侯惇说：“他曾经为朋友报仇杀人，提着仇人的头直接走出闹市，数百人都不敢靠近。现在他使用的两枝铁戟重八十斤，但他能轻松挟持上马，运用自如。”曹操立即命令典韦试演一下。典韦挟着铁戟骑马奔驰，忽然看到帐下大旗被风吹得摇摇欲坠，众军士都扶不住，他下马喝退众军，一手执定旗杆，立在风中，旗子巍然不动。曹操赞叹说：“这真是古代的恶来啊！”于是任命他为帐前都尉，并解下自己的锦袄和骏马雕鞍赐给他。
自此以后，曹操部下文有谋臣、武有猛将，威震山东。他派遣泰山太守应劭前往琅琊郡迎接父亲曹嵩。曹嵩自从在陈留避难后一直隐居在琅琊。接到书信后，他与弟弟曹德及一家老小四十余人带着百余名随从和百余辆车马径直前往兖州。途经徐州时，徐州太守陶谦为人温厚纯笃，一直想结交曹操但没有机会。得知曹操的父亲经过此地后他出境迎接并大设筵宴款待两日。曹嵩要离开时陶谦亲自送出城外并特派都尉张闿率领五百名士兵护送。
然而当曹嵩一行人走到华、费间时遭遇了夏末秋初的大雨只得在一座古寺中歇宿。寺中的僧人接待了他们曹嵩安顿好家眷后命令张闿将军马屯在两廊下。然而由于大雨众军士的衣装都被淋湿了他们开始抱怨起来。张闿趁机召集手下头目在僻静处商议说：“我们原本是黄巾的余党勉强投降了陶谦但并没有得到什么好处。现在曹家有这么多的财物你们想要得到富贵并不难只要今晚三更时分大家一起杀进去把曹嵩一家都杀了抢走财物然后一起逃到山中去当强盗。这个计划怎么样？”众人都表示同意。
当夜风雨未停曹嵩正坐在寺中休息时突然听到四面八方喊声大起。曹德提剑出去查看结果被刺杀身亡。曹嵩慌忙带着一名妾室逃入方丈后的房间试图越墙而逃但妾室因为肥胖而无法通过。曹嵩急忙与她躲在厕所中但最终被乱军所杀。应劭拼死逃脱后投奔了袁绍。张闿杀光了曹嵩全家抢走了财物放火烧了寺庙然后与五百名士兵逃往淮南去了。
后来有人作诗讽刺曹操说：“曹操奸雄世所夸曾将吕氏杀全家。如今阖户逢人杀天理循环报不差。”当应劭部下的逃命军士将这个消息报告给曹操时他痛哭倒地。众人扶起他后他咬牙切齿地说：“陶谦纵容士兵杀了我父亲这个仇不共戴天！我现在要起大军荡平徐州才能雪恨！”于是他留下荀彧、程昱率领三万大军驻守鄄城、范县、东阿三县自己则带着其余部队杀向徐州以夏侯惇、于禁、典韦为先锋。曹操下令只要攻下城池就将城中的百姓全部屠杀以报父仇。
当时九江太守边让与陶谦交情深厚听说徐州有难后亲自带领五千大军前来救援。曹操得知后大怒派夏侯惇在路上截杀了他。而陈宫当时担任东郡从事也与陶谦有交情他听说曹操为了报仇要屠杀百姓后连夜赶来见曹操。曹操知道他是来为陶谦当说客的本来不想见他但又念及旧日的恩情只得请他入帐相见。
陈宫对曹操说：“现在我听说您带领大军亲临徐州，为了报尊父之仇，想要屠杀所有的百姓，我因此特地前来进言。陶谦是一位仁人君子，并非好利忘义之辈；尊父遇害，是张闿的罪恶，与陶谦无关。况且州县的百姓，与您有何仇恨？杀他们是不祥之举。希望您三思而后行。”曹操愤怒地说：“你过去抛弃我而去，现在还有什么面目再来见我？陶谦杀了我一家，我发誓要摘他的胆、剜他的心，以雪我恨！你虽然为陶谦游说，但如果我不听你的，你又能怎么样！”陈宫辞别而出，叹息道：“我也没有面目再见陶谦了！”于是骑马投奔陈留太守张邈去了。
曹操的大军所到之处，屠杀百姓，发掘坟墓，无所不为。陶谦在徐州听说曹操为了报仇而屠杀百姓，仰天痛哭道：“我得罪了上天，才使徐州的百姓遭受这场大难！”他急忙召集众官员商议对策。曹豹说：“曹兵既然已经来了，我们难道能束手待毙吗？我愿意帮助使君打败他们。”陶谦只得引兵出城迎战。
远远望去，曹操的军队如同铺霜涌雪一般，中军竖起两面白旗，大书“报仇雪恨”四个字。军队列成阵势后，曹操纵马出阵，身穿白色孝服，扬鞭大骂。陶谦也出马在门下，欠身施礼说：“我本来想与您好好结交，所以托付张闿护送您的父亲，没想到他贼心不改，才导致这样的事情发生。这实在与我陶谦无关，希望您明察。”曹操大骂道：“老匹夫！杀了我父亲，还敢乱说！谁能生擒这个老贼？”夏侯惇应声而出，陶谦慌忙逃入阵中。夏侯惇赶来追杀时，曹豹挺枪跃马前来迎敌。两马相交时，忽然狂风大作、飞沙走石，两军都陷入混乱之中，各自收兵回营。
陶谦回到城中与众官员商议说：“曹兵势大难以抵挡，我应该亲自捆绑自己去曹操的营中任他宰割，以救徐州一郡百姓的性命。”他的话还没说完时，有一个人站出来说：“您长期镇守徐州深受人民爱戴和感恩戴德。现在虽然曹兵众多但并不能立即攻破我们的城池；您与百姓应该坚守不出城迎战为妙。我虽然不才但愿意献出小小的计策让曹操死无葬身之地！”众人听后大惊便问他有何妙计可以施展出来。