杨康等人察觉异常，进入醉仙楼查看发现郭靖等人行踪全无。原来柯镇恶本就是嘉兴人，曾与醉仙楼掌柜颇为熟识，后来掌柜为了防止意外在后厨挖了一条通往外界的密道。柯镇恶带着大家逃出生天，全真七子告辞离开，黄药师也带着洪七公前去寻找调养之地。
杨康带着王府四大高手拦住郭靖索要武穆遗书，郭靖誓死不愿拿出武穆遗书，眼见裘千仞也现身相帮杨康，郭靖出手和裘千仞对战，杨康趁机抓住柯镇恶为难郭靖，他以柯镇恶性命威胁郭靖拿出武穆遗书。郭靖不忍大师父命丧杨康之手，拿出武穆遗书交换，此时周伯通和黄蓉现身相帮，黄蓉告诉当年裘千仞欺负瑛姑，让周伯通出手教训裘千仞，而她则趁机救走柯镇恶。
黄蓉将柯镇恶带到一个破旧铁匠铺休息，还特意给了柯镇恶疗伤之药。柯镇恶虽感恩于黄蓉的救命之恩，但兄弟几人都死于黄药师之手，他还是打算杀了黄蓉让黄药师知道失去至亲之痛，他也打算随后撞死在黄蓉身旁以酬今日之情。此时黄蓉察觉金人来此，带着柯镇恶避入暗处。
完颜洪烈带着杨康等人来此休息，随后欧阳锋也带着傻姑来此会和，欧阳锋表示傻姑是黄药师得意弟子曲灵风的遗孤，他打算用傻姑来钳制黄药师。黄蓉为了护住藏身暗处的柯镇恶，主动现身人前，黄蓉为了支开欧阳锋，故意将黄药师参透九阴真经怪文一事道出，以此诱惑欧阳锋前去相帮正被全真教为难的黄药师，欧阳锋并未完全相信黄蓉所言，只答应次日再动身离开。
黄蓉找到傻姑问话，问及她被带离桃花岛之前的事情，得知当日黄药师安排江南七怪暂时留在岛上，而他则离岛寻黄蓉，吩咐傻姑在岛上迎接全真七子。黄药师离岛后，杨康等人就来到桃花岛，他们发现傻姑行踪，从她口中得知江南七怪也在桃花岛上。黄蓉猜出是杨康等人杀了江南五怪，毕竟她知道爹爹不会将别人的尸身留在娘亲墓地里。
黄蓉道出欧阳锋和杨康杀了江南五怪，故意留了柯镇恶一口气，就是为了将此事诬陷给黄药师。为此黄蓉拿出二师父临终前手中紧握的翡翠小鞋，此物是穆念慈比武招亲的信物。柯镇恶得知真相气怒不已，欧阳锋等人也察觉动静，黄蓉为了护住柯镇恶故意套话傻姑，让她道出曲三酒馆中瘸腿鬼被杀一事。杨康本想杀了傻姑杀人灭口，欧阳锋急于知道真正护住傻姑。
面对黄蓉的询问，傻姑道出杨康杀了瘸腿鬼欧阳克一事，黄蓉也道出当日自己所听所见，杨康气怒黄蓉毁了自己大事，出手想要杀了黄蓉却被她身上软猬甲所伤。此前黄蓉曾被临死前的四师父打过一掌，不想软猬甲上沾了毒液，刚好杨康被伤也因此中毒。欧阳锋为了给侄儿报仇告诉完颜洪烈等人杨康已经中了蛇毒，若被中毒人抓伤也会染上此毒。
完颜洪烈恳求黄蓉看在穆念慈的面上救下杨康，但是黄蓉表示欧阳锋的毒无人能解。王府众人见杨康必死无疑，带着完颜洪烈迅速离开此处。杨康汲汲营营一生，最终惨死此处，临死前悔恨未能和父母、穆念慈平安度过一生。次日一早，黄蓉面对欧阳锋质问坦诚昨日撒谎，道明昨日请欧阳锋出面救爹爹只是为了帮他寻到杀害欧阳克的凶手。欧阳锋有意知道九阴真经的内容，以柯镇恶的性命逼迫黄蓉，黄蓉答应跟着欧阳锋离开，临别前交代柯镇恶一定要保重自己。
丘处机和郭靖寻到此处发现了柯镇恶，郭靖看到杨康惨死，心中悲痛。丘处机也自责未能教育好杨康，郭靖亲自安葬了杨康，以全两人兄弟之情。靖联合丐帮众人一同寻找黄蓉，但是连续一个月他们也未能找到黄蓉线索。郭靖和鲁有脚北上寻找黄蓉意外碰到金兵和蒙古兵对战，郭靖出手助蒙古兵打败金兵。郭靖再见托雷，托雷询问郭靖可愿一同返回草原，郭靖犹豫不决，鲁有脚让郭靖先回草原见母亲，他带着丐帮兄弟们继续寻找黄蓉，有消息会尽快通知郭靖。
郭靖重回草原，母子相见两人都非常开心，郭靖告诉母亲自己这一年的经历，李萍看出儿子喜欢黄蓉，但也担忧郭靖与华筝公主的婚约问题。郭靖想要向大汗说出实情解除婚约，李萍表示无论儿子做出什么选择，她都支持儿子。
郭靖前来拜见大汗想要取消和华筝公主的婚事，各位王子认为郭靖三番两次想要取消和华筝的婚事太过羞辱他们，想要出手教训郭靖，华筝现身维护郭靖，甚至不惜以自尽的方式逼迫父兄让步。华筝询问郭靖她哪点不如黄蓉，眼见郭靖不愿回答，她表示自己会一直等着郭靖。铁木真给郭靖一个戴罪立功的机会，让郭靖跟着他一同去西征，铁木真还封郭靖为那颜，给他一万人马跟随他们出征。郭靖对行军打仗一窍不通，但想起岳飞的武穆遗书，郭靖苦心钻研，希望能有所帮助。鲁有脚和陆冠英得知郭靖即将西征，两人前来寻郭靖准备相助，丐帮等人未能寻到黄蓉消息，陆冠英告诉郭靖师祖已经前往白驼山寻欧阳锋了，让郭靖莫要担心。眼下宋蒙联合攻金，丐帮和归云庄的英雄好汉都前来相助。
郭靖对武穆遗书中的很多兵法都不甚理解，鲁有脚主动为郭靖一一解释，也因此郭靖迅速成长，成功夺得一战胜利。郭靖再次请教鲁有脚兵书问题，鲁有脚还是推辞到明日再解说，郭靖起疑跟随鲁有脚，却意外在树林碰到来此寻找黄蓉的欧阳锋。欧阳锋想要拿下郭靖逼迫黄蓉现身，两人对阵引来丐帮众人，而欧阳锋也不慎被郭靖打伤，为了不引人注意，他只能暂时离开。
铁木真因为攻打撒马尔汉城失败而动怒，如今进退两难，鲁有脚提出建议，郭靖从其中也猜出这是黄蓉出的主意，让鲁有脚带自己去见黄蓉。鲁有脚眼见瞒不住郭靖，只得带他前去见黄蓉。鲁有脚告诉郭靖帮主就在秃木峰山顶，郭靖为了见黄蓉不惧被摔死的风险，一次次试图攀峰。鲁有脚不忍郭靖受伤，给他出主意让他利用羊腿搭建攀岩梯子顺势爬上山顶。郭靖与黄蓉再次相见，两人相拥一解思念之情。郭靖因为自己此前误会黄药师和黄蓉而道歉，也坦诚对黄蓉是真心相对。郭靖询问黄蓉如何逃出来，黄蓉解释她故意带着欧阳锋前往归云庄，利用归云庄的八卦阵困住欧阳锋，趁机逃走。后来黄蓉想重回桃花岛，但是欧阳锋一路追拦，她只能一路向北来草原寻郭靖。她潜入军营，而欧阳锋为了找她也潜入蒙古族军营，为了不给郭靖添麻烦，黄蓉才一直没有寻郭靖。
郭靖让黄蓉日后就陪在自己身边，再也不要离开自己。黄蓉察觉欧阳锋也来附近，故意和郭靖提起九阴真经，她表示自己会译好的九阴真经默写出来，而为了防范欧阳锋她们也不能将九阴真经带离山顶之外。欧阳锋听到两人对话，决定在山顶等着两人。郭靖和黄蓉从山顶下来后，就顺便将羊腿搭建的梯子烧毁，势必要将欧阳锋困死在山顶。欧阳锋在山顶等到半夜也没发现郭靖和黄蓉，他大骂两人不讲诚信。
大军围城数日久攻不下，蒙古兵已经面临断粮，郭靖也因此心情不佳。随后黄蓉看到欧阳锋竟然从山顶飞跃而下，她由此想到攻城的办法，让郭靖命令将士将帐篷割破制成双翼，以此来制作革伞助大军攻城。在革伞的相助下，郭靖和黄蓉带来将士飞入撒马尔汉城，成功打开城门助铁木真带着铁骑闯入，而完颜洪烈得知消息后再调兵已晚，郭靖入城后本想追着完颜洪烈的残兵而去抓拿完颜洪烈，在黄蓉的提醒下想到完颜洪烈或许不在残兵之内。他在城中被俘的将士中搜寻一番，果然找到藏身于此的完颜洪烈。
郭靖将完颜洪烈带到铁木真面前，落到如此地步完颜洪烈自然无话可说。铁木真将完颜洪烈交给郭靖处置，完颜洪烈面对郭靖的质问，坦然承认当年杀害郭杨两家的事实，郭靖让完颜洪烈为这段恩怨做个了解，完颜洪烈认为自己落得如此境地是为大金而死，但是郭靖一个宋人却为铁木真卖命，更直指铁木真灭了大金后，就会屠戮大宋，完颜洪烈告诫完郭靖后自刎而死。
郭靖立此大功，铁木真要奖赏他，郭靖看到铁木真要将城里城外的俘虏尽数斩杀，不忍之下以奖赏换取这些百姓和俘虏的性命，铁木真虽大怒却同意了郭靖的请求。郭靖回大帐发现华筝在此，黄蓉本以为郭靖已经退婚，但未料到郭靖坦诚自己没能退婚，他用攻城的功劳换取了无辜百姓的性命。黄蓉希望郭靖放弃自己负气离开，郭靖只能辞别华筝迅速追寻黄蓉。途中郭靖发现陷入流沙中的欧阳锋，欧阳锋以黄蓉行踪骗郭靖将自己救出流沙，随后编造黄蓉已经陷入流沙而死的谎言，郭靖误以为黄蓉已死悲痛吐血。一个月后，铁木真想要继续攻下金人所在之都大梁，郭靖提出佯攻大梁，待潼关援兵至后打破金兵，如此大梁自然不攻自下。郭靖本想南下带着母亲回家乡看看，却被铁木真以战场危险一口否决。
李萍得知此事后认为铁木真如此行事必定另有他情，得知铁木真给了郭靖和托雷等人锦囊，让他们攻下大梁后再打开依计行事。李萍暗中拆开锦囊发现铁木真让郭靖等人攻下大梁后移师南下攻打临安，灭了大宋。李萍知道这是铁木真要以自己性命要挟郭靖，郭靖不愿通敌求荣，决定当晚带着母亲回临安。
郭靖当晚要离开之际被铁木真发现，郭靖认为铁木真和大宋联盟攻打金人，却中途毁约算不得英雄，铁木真并不认为自己毁约，他要将郭靖以拆开锦囊违抗军令而下令军法处置。华筝和托雷纷纷为郭靖求情，铁木真让郭靖发誓效忠蒙古族，但是郭靖却坚持本心不愿灭宋。铁木真命人带来李萍威胁郭靖，李萍提起当年丘处机为郭靖和杨康取名初衷就是希望他们能不忘靖康之耻。李萍不愿儿子成为背节之人，让儿子做想做之事，成为想成为的人，随后李萍以匕首自杀，死在郭靖怀中。郭靖将母亲葬在绿洲，托雷和华筝寻来此处，两人知道留不住郭靖，特意前来告别。华筝偷偷将郭靖要走的消息告诉铁木真也只是想留住郭靖，却不想却因此害死郭靖母亲，华筝自责要以死谢罪，郭靖拦住华筝，他并未怪罪华筝，也谢谢两人来送自己。
郭靖辞别托雷华筝回到临安，却被大宋百姓围打，幸亏丘处机和柯镇恶现身救出郭靖。郭靖因为母亲和黄蓉之死而大受打击，他自小学武却连最亲近的家人、爱人和师父都未能护住，坚守侠义也没有意义。丘处机告诉郭靖天下的文韬武略、强兵利器无一不能为祸于世，也无一不能造福于人。郭靖不想此生再与人争斗，只想将武功都忘却，从此不再过问江湖恩怨。丘处机看到如今颓废的郭靖，想到曾经也有此经历的周伯通。
郭靖在街上看到了抱着孩子的穆念慈，郭靖将杨康已死的消息告诉穆念慈，穆念慈虽与杨康恩断义绝，但得知对方死讯也难免悲痛。穆念慈想到杨康这错误的一生，希望孩子以后能堂堂正正做人，替父赎罪。穆念慈让郭靖替孩子取名，郭靖认为杨康因不能改过自新才落得如此下场，他希望孩子长大之后能知过能改，为其取名杨过。裘千仞带着金人高手在大宋大肆残杀大宋将士，周伯通追赶裘千仞而来继续和他对打，而另一边裘千仞和柯镇恶看到金人将士被拦杀也出手相助，郭靖陷入困境，他始终不解为何要用武功解决这一切，梁子翁看到陷入困局的郭靖，趁机想要喝光他的血，郭靖防护之下震开梁子翁致其死亡。
裘千仞用毒蛇威胁周伯通，周伯通无力对阵求助郭靖，但是陷入疯魔的郭靖压根听不到他的求助，最终还是瑛姑赶来救下周伯通。郭靖认为学武十多年不仅救不了黄蓉和母亲，更无法手刃杀害五位师父的凶手，还助纣为虐害死很多大宋百姓，他疯魔之下想要自我了断，关键时刻段皇爷一灯大师出手救下郭靖。
一灯大师告诉郭靖每个巅峰高手在瓶颈时期都会面临这个问题，很多人都会像郭靖一样受困心魔，若度过此心魔就能成为王重阳一般的大宗师，若渡不过此心魔就会像裘千仞和欧阳锋一般一叶障目。想到当年七位师父教导自己学武是为了行侠仗义，而母亲也曾教导他要像父亲一样保家卫民。郭靖询问一灯大师如果有能力却选择漠视是否也是一种罪过，一灯大师却告诉郭靖他能变成什么样的人不是武功决定，而是他自己决定。
郭靖在一灯大师的点拨下最终清醒，他出手迎上裘千仞，如今的郭靖经一灯大师点拨武功破境，轻而易举就打败裘千仞。郭靖并未杀裘千仞，而是希望他能以一代宗师的身份为民造福，当年奸臣当道，裘千仞恩师惨死大宋之手，让他认为这样的大宋不堪再救。裘千仞苦练武功十多年，本想广大铁掌帮，却没料到今日败在郭靖这样一个初出茅庐的小子手上，信念崩塌的他本想自我了解，一灯大师出手拦住，认为上官剑南本是韩世忠将军门下，后来建立铁掌帮，也一直抵御外敌，收复旧土。上官剑南或许并无意让裘千仞壮大铁掌帮，裘千仞还是不愿相信这些话。瑛姑大家都不愿杀裘千仞，想要出手杀了裘千仞为子报仇，一灯大师为裘千仞拦下一刀，认为如果瑛姑杀了裘千仞铁掌帮不会善罢甘休，而江湖武林也会掀起腥风血雨。瑛姑本想让周伯通出手杀了裘千仞，但是周伯通却借口逃离，瑛姑只好追着周伯通而去。一灯大师告诉裘千仞，他的师父不是为了救大宋，救朝廷，其实是为了救苍生，裘千仞在其点拨下愿跟随一灯大师身边，以此赎罪。一灯大师为其取慈恩为法号，让其跟着自己学习佛法。
蒙古族攻城在即，为了保护襄阳，郭靖打算冒死一搏。他只身潜入蒙古族，却意外在此地发现欧阳锋的身影，而跟随欧阳锋他意外发现黄蓉竟然还尚在人世。郭靖趁着欧阳锋离开大帐时救出黄蓉，两人久别重逢，才得知当日黄蓉离开大帐后被欧阳锋抓住。郭靖告诉黄蓉他此行是为了来刺杀铁木真，他作为大宋子民不愿看到铁木真侵入大宋，伤及大宋百姓。黄蓉知道以郭靖一人之力难以对抗十万大军，但是她愿意陪着郭靖同赴此局。郭靖和黄蓉偷听到二皇子和欧阳锋的对话，得知二皇子准备兵荐逼迫铁木真强攻襄阳。
兵乱之际，欧阳锋想要出手相助二皇子，郭靖现身拦住欧阳锋，并以九阴真经奥秘为由将欧阳锋引开。几番相斗下，欧阳锋并非郭靖对手，他不甘心自己输给郭靖这个后辈，而执着修炼九阴真经的欧阳锋走火入魔，连自己是谁都不知道，被黄蓉哄骗和如今已是天下第一的“欧阳锋”的影子对战以渡过余生。
郭靖现身蒙古包询问大汗撤军襄阳的命令是否是真，铁木真将郭靖单独留在大帐中，他早前本想将郭靖招为女婿，后来想明白郭靖始终是个汉人，自会效忠大宋。他知道郭靖此行的目的，他如今病重也无需郭靖动手。铁木真不想看到郭靖和托雷之间兵戎相见，今日郭靖并未趁着托雷兄弟相争出手伤人，郭靖如论在何地都是个重情重义之人。郭靖认为在他看来当世英雄必定是造福百姓，爱护百姓之人，杀的人多未必算是英雄。铁木真却认为自己一生纵横天下，杀敌无数才是英雄。蒙古族撤军，郭靖不知道还能不能挡住蒙古族下一次南侵，但是他愿意一生为此而努力。黄蓉带着郭靖去围观华山论剑，华山之巅，南帝退隐，西毒未至，唯有北丐洪七公和东邪黄药师赴约，黄蓉让郭靖参与华山论剑，以一对二，若三百招内洪七公和黄药师无法打败郭靖，那今年华山比武就是郭靖胜出。
一代大侠郭靖的侠义之事广为流传，而幼年杨过也随着母亲穆念慈隐居乡野，即将开启另一个江湖大侠故事的开始。