关于时间线的梳理，方晨给出了从0-8、以及维罗妮卡、启示录等等的全部时间线，大致的剧情也全部写了出来，剩下的细节和一些剧情上的瑕疵和bug，则是交给新招来的剧情策划来补全。
黄岛列车案发生后，浣熊市的精英部队StARS的b队前来调查事故现场，然后便是经典的直升机故障，一行人被迫在森林中迫降，展开调查。
在已经充斥着僵尸的列车上，0代女主瑞贝卡遇到了男主比利，两人从一开始的相互警惕，到后来的联手合作，为了避免无人驾驶的列车出轨撞毁的结局，两人现学如何紧急刹车，最终列车有惊无险的冲进了干部培养所的正下方，两人也因此顺理成章的进入探索。
而此时，保护伞公司的威斯克和威廉也在监视着二人的一举一动。水蛭女王马库斯闯进了监控中，质问着两人是否曾经参与过对他的谋杀，心神大乱的两人分道扬镳。
至此，威廉与威斯克二人分道扬镳，威廉决定去启动设施的自毁装置，而威斯克决定再次回到自己一直潜伏的StARS小队的A队，利用小队来取得生物武器的实战数据，也从此引出了1代的剧情。
在培养所中，二人携手解密，同时比利再次救了瑞贝卡一命，这让瑞贝卡觉得比利绝不是档案里说的那种杀人魔。在瑞贝卡的一再逼问下，比利说起了往事。
原来，在一次任务中，他所在的小队被派到很远的地点去消灭那里的游击队，光是赶路就已经让队员们死伤惨重，到达目的地后，他们小队仅剩下四人。但更致命的是，情报是错误的，这里没有游击队，只有无辜的平民。
队长接受不了这样的错误，下令射杀无辜的平民，而意图阻止的比利被打晕了过去。回国后，队长联合其他两位同样参与屠杀的战士，将这件事嫁祸给了比利。
这里也同样给五代的剧情埋下了伏笔。
抒情结束，二人继续探索培养所，一只狒狒再次跳了出来，袭击了比利。而瑞贝卡仅仅是个医疗兵，没能救下比利，比利与狒狒一同跌入了水流之中。
瑞贝卡继续前行，希望可以找到比利的行踪。在路上，她也同样遇到了自己的队长，但她对比利也有些好感，因此拒绝了队长的邀请，继续在培养所里寻找比利。
告别了队长后，瑞贝卡还遇到了长相恐怖的怪物——暴君试作型。作为实验失败的产物，它并不像后来的暴君一般强大，瑞贝卡一人稍微来了个秦王绕柱，便战胜了它。
功夫不负有心人，瑞贝卡终于找到了被水流冲上岸的比利。但剧情还没有结束，二人在升降机旁，遇到了马库斯。马库斯向二人表示自己的悲惨遭遇和宏大理念，但却越说越激动，直接被水蛭女王操控了身体，发生了巨变。
二人合力暂时战胜了人形态的水蛭女王，而在即将逃出生天之际，水蛭女王再次追了上来。变成第二形态的它更加凶狠耐揍，幸好天窗上露出的一道亮光，让二人意识到水蛭女王畏光，合力打开天窗后，终于成功压制了水蛭女王。
面对虚弱的水蛭女王，比利接过了瑞贝卡扔过来的麦林，一发开花弹打的水蛭女王血肉横飞。
与此同时，威廉启动了设施的自毁装置，二人赶紧离开了这片区域。
二人互换礼物，瑞贝卡向更深处的洋馆进发。
生化危机0的主线剧情到此结束，但方晨的第一代生化危机剧情还有一半没有讲。
在生化危机1中，作为生化危机的传奇建筑——洋馆，正式露面。
A队来到阿克雷山区后，见到了b队迫降的直升机和惨死的驾驶员，当众人还在疑惑这里发生了什么的时候，丧尸犬冲了出来，给队伍造成了减员。
除了逃跑的驾驶员外，其余队员在威斯克的带领下进入了洋馆。在这里，他们见到了许多惨死的、中毒的b队队员，当然，还有医疗兵瑞贝卡。
在对洋馆的探索中，队员克里斯发现了一个隐藏在洋馆之下的悲惨故事。
斯宾塞为了研究病毒并隐藏地下的阿克雷研究所，聘请了着名的设计师乔治来设计洋馆。作为除了斯宾塞之外唯一一个了解洋馆的人，乔治自然难逃一死。
乔治一家被斯宾塞假意邀请前来度假，却将其妻子女儿控制了起来，并注射了始祖病毒的变异株。妻子没能挺过来，乔治在寻找出路的过程中，发现洋馆的机关被改动过，也是死在了自己设计的洋馆中。
唯一活着的女儿，变成了怪物。出于对母亲的思念，女儿疯狂的袭击女研究员，并将她们的脸皮撕下来贴在自己的身上，也正因为身上贴着无数的脸皮，普通的武器对女儿造成不了伤害，只好想办法绕过去。
接着探索洋馆，克里斯见到了自己的队长威斯克，和b队濒死的队长恩里克。恩里克临死前告诉他，队伍里有一个叛徒，但还没来得及说出名字，就咽气了。克里斯只好继续执行威斯克的命令。
在探索洋馆的途中，他再次遇到了设计师女儿，但这一次，克里斯经过解密，打开了棺材，里边正是其母亲的尸体。女儿认出了母亲，无暇顾及旁边的克里斯，呜咽着抱着妈妈的头骨，跳下了悬崖。
接着探索，克里斯成功进入了地下研究所，在这里也同样为后面几代的女主艾达王埋下了伏笔。在解密过程中，会发现实验室主任被艾达王深深的吸引了，将实验室终端的密码改成了自己和艾达的名字。
解密完成后，克里斯赫然发现，威斯克竟然也在保护伞生物武器研究人员的合影之中。
在继续前行的路上，克里斯与0代女主瑞贝卡汇合。二人与威斯克对峙，而威斯克也不打算再做隐瞒，他见保护伞公司大厦将倾，决定取得bow的作战数据作为见面礼，转投敌对公司。