马赛的人口和贸易地位很快恢复，1437年，普罗旺斯伯爵阿尔萨斯的雷内（René of Anjou）继承了他父亲阿尔萨斯二世（Louis II of Anjou）作为西西里国王和阿尔萨斯公爵的头衔，抵达马赛，并将其建立为法国在巴黎之外最坚固的定居点。
他帮助提升了这座城镇的地位，使其成为城市，并允许授予其某些特权。
马赛随后被阿尔萨斯公爵用作重新夺回其西西里王国的战略海军基地。
雷内王希望为港口入口建立坚固的防御，于是决定在旧莫伯特塔（maubert tower）的遗址上建造一系列防御工事以保护港口。
工程师让·帕尔多（Jean pardo）设计了计划，塔拉斯孔（tarascon）的石匠杰汉·罗伯特（Jehan Robert）负责施工。
新城市防御的建设在1447年至1453年间进行。
随着行会开始在城市商人中建立权力地位，马赛的贸易也蓬勃发展。
值得一提的是，雷内还成立了渔民协会（corporation of Fisherman）。
马赛于1481年与普罗旺斯合并，次年并入法国，但很快便因反抗中央政府而声名远扬。
在并入后的30年，法国国王弗朗索瓦一世（Francis I）造访马赛，因好奇想看看国王曼努埃尔一世（manuel I）送给教皇利奥十世（pope Leo x）的犀牛，而这头犀牛已经被运抵伊夫岛（?le d'If）。
由于此次访问，伊夫堡（chateau d'If）被建造；这对阻止马赛在几年后被神圣罗马帝国军队围攻并无太大帮助。
1536年，马赛成为法兰克-奥斯曼联盟的海军基地，法兰克-土耳其舰队驻扎在港口，威胁着神圣罗马帝国，尤其是热那亚（Genoa）。
到了16世纪末，马赛再次爆发瘟疫，不久之后，建立了爱都医院（h?tel-dieu）。
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一个世纪后，更多的麻烦接踵而至：路易十四（Louis xIV）亲自率领军队征讨马赛，以镇压对总督的地方叛乱。
因此，圣让堡（Saint-Jean）和圣尼古拉堡（Saint-Nicholas）两座堡垒在港口上方建立，港口内也建立了一支庞大的舰队和军械库。
在18世纪，马赛港口的防御得到了改善，成为法国在地中海地区的主要军事港口。
1720年，马赛最后一次爆发黑死病，造成市内及周边省份共计10万人死亡。
皇家公证人让-巴蒂斯特·格罗松（Jean-baptiste Grosson）于1770年至1791年间撰写了《马赛历史年鉴》（Almanac of marseille），并以《古物与马赛纪念碑集》出版，这本书长期以来是马赛城市纪念碑历史的主要资料。
当地居民热情拥护法国革命，并在1792年向巴黎派遣了500名志愿者以扞卫革命政府。
他们在从马赛到巴黎的行军中高唱的革命号召成为了《马赛曲》（La marseillaise），如今是法国的国歌。
1793年，联邦主义者（Federalists）起义反对雅各宾派（Jacobins），这场叛乱变成了君主制与共和国之间的斗争。
在后者胜利后，城市被改名为无名城（Ville-sans-nom），作为惩罚。
1795年7月14日，《马赛曲》成为官方国歌，城市恢复了其原名。
在19世纪，马赛成为工业创新和制造业增长的中心。
自1830年起，法兰西帝国的崛起和征服（尤其是阿尔及利亚）刺激了海洋贸易，提升了城市的繁荣。
1869年苏伊士运河的开通进一步增加了海洋贸易的机会。
这一时期的马赛历史在许多纪念碑中得到了反映，例如马扎尔格（mazargues）的拿破仑方尖碑和朱尔·居斯德广场（place Jules Guesde）上的皇家凯旋门。
1871年，马赛的居民在当地国民警卫队的帮助下建立了自己的公社，以支持巴黎公社（paris mune）。
然而，这个公社很快就被军队镇压。
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在20世纪上半叶，马赛（marseille）通过1906年和1922年的殖民博览会庆祝其“帝国港口”的地位。
火车站的宏伟楼梯正是为了颂扬法国的殖民征服而建于那时。
1934年，南斯拉夫国王亚历山大一世（Alexander I of Yugoslavia）抵达港口，与法国外交部长路易·巴尔图（Louis barthou）会面。
在那里，他被弗拉多·切尔诺泽姆斯基（Vlado chernozemski）刺杀。
在两次世界大战之间，马赛因其庞大的有组织犯罪网络而闻名。
西蒙·基特森（Simon Kitson）展示了这种腐败如何渗透到当地行政机构，例如警察局。
在第二次世界大战期间，马赛于1940年遭到德意志和意大利军队的轰炸。
1942年11月至1944年8月期间，城市被德军占领。
1943年1月22日，马赛有超过4,000名犹太人被抓捕，作为“老虎行动”（Action tiger）的一部分。
他们被关押在拘留营中，然后被驱逐到被纳粹德国占领的波兰，遭到屠杀。
1943年1月，德军摧毁了老港（old port）。
1944年8月29日，马赛被盟军解放。
作为“龙行动”（operation dragoon）的一部分，约瑟夫·德·戈伊斯拉尔德·德·蒙萨贝尔（Joseph de Goislard de monsabert）将军指挥约130,000名法国军队解放了该市。
与解放其他主要法国城市（如巴黎和斯特拉斯堡）类似，当地的德军驻军主要被法国军队击败，只有有限的美国支持。
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战后，城市在1950年代进行了大规模重建。
东德（East Germany）、西德（west Germany）和意大利政府支付了巨额的赔偿金以及复利，以补偿因战争而遇难、受伤、无家可归或生活困苦的平民。
从1950年代开始，马赛（marseille）成为超过一百万移民进入法国的门户。
1962年，来自新独立的阿尔及利亚（Algeria）的大量移民涌入，包括大约150,000名返回的阿尔及利亚定居者（pieds-noirs）。
许多移民在此定居，使城市形成了一个法非（French-African）社区，并设有一个大型市场。
1994年12月，马赛普罗旺斯机场（marseille provence Airport）发生了一起事件，特别警察干预组（GIGN）突击了被四名阿尔及利亚伊斯兰圣战者（GIA）劫持的法航8969航班。
所有四名劫匪被击毙，乘客被解救。
在21世纪，马赛因毒品贩运和特别是在城市北部发生的枪击事件而频繁引起媒体的关注。