露奈雅拉被这只神秘的黑色宝可梦附身，眼神变得空洞，身体开始不受控制地移动。这时，火箭队的成员趁机发射了一发电磁网，将被附身的露奈雅拉牢牢抓住，并迅速将其带往他们的飞船。小智和众人得看到这种情况后，立刻乘上另一架直升机，紧追不舍。
小智焦急地喊道：“快停下，你们不能带走露奈雅拉！”然而，就在小智准备采取行动的时候，露奈雅拉展现出了惊人的力量，它挣脱了电磁网的束缚，并向小智他们以及飞船发动了攻击。飞船在攻击下摇摇欲坠，最终坠入了茫茫大海之中。
就在这千钧一发之际，索尔迦雷欧如同守护神一般出现，挡下了对小智的致命一击。小智感激地说：“谢谢你，索尔迦雷欧。”索尔迦雷欧只是微微点头，然后毫不犹豫地冲向了被附身的露奈雅拉。但是，附身后的露奈雅拉似乎变得更加强大，竟然将索尔迦雷欧击退。小智转身对同伴们说：“看来单靠索尔迦雷欧的力量是不够的，我们必须助它一臂之力。”于是，众人纷纷指挥自己的宝可梦，与索尔迦雷欧并肩作战。
就在这时，莉拉带领的增援队伍及时赶到，他们分乘四架直升机，迅速加入了战斗。莉拉隔空询问小智当前的情况。小智迅速解释道：“露奈雅拉被一只黑色的宝可梦附身了，我们必须协助索尔迦雷欧攻击，解放露奈雅拉。”莉拉凝视着那只黑色宝可梦，惊讶地说：“这是奈克洛兹玛！”小智疑惑地问：“奈克洛兹玛？”
莉拉没有时间解释，她立刻下达命令：“全体组员注意，协助索尔迦雷欧攻击。”“收到！”增援队伍齐声回应。在小智和莉拉等人的默契配合下，索尔迦雷欧终于成功地使出了强大的技能，将露奈雅拉从奈克洛兹玛的附身状态下解放出来。然而，露奈雅拉因为能量的大量消耗，无力地坠落在沙滩上，而奈克洛兹玛则掉入了海中。
但没过多久，奈克洛兹玛再次从海中飞出，尽管小智他们迅速发起了攻击，但奈克洛兹玛还是成功附身了索尔迦雷欧，并打开了究极之洞，消失在了众人的视线中，留下一脸无奈的小智和伙伴们。小智他们只能先回到露奈雅拉的身边，莉拉则提出了接下来的计划：“这件事情我们需要从长计议，露奈雅拉怎么办？”小智回答说：“我们先给它简单处理一下伤口吧。”
就在这时，露莎米奈带着一群科学家赶到了现场。莉莉艾看到母亲安然无恙，激动地喊道：“母亲大人！你们恢复正常了！”露莎米奈关切地问：“对不起莉莉艾，现在露奈雅拉怎么样了？”莉莉艾回答：“我们已经进行了处理，但它还是显得有些虚弱。”露莎米奈转向芭内特询问：“我们这里有基地吗？”芭内特回答：“有，在宝可梦学校。”露莎米奈果断地说：“好，我们先将露奈雅拉转移到那里。”
随后，众人开始忙碌地转移露奈雅拉，而莉拉则找到了小智，对他说：“我们先回去，既然人都恢复正常了，你们进行行动的时候，联系我，我会带着更多的人员前来支援。”小智坚定地点头：“我明白了，谢谢你，莉拉。”
莉拉迅速地组织起她的团队，她的声音坚定而有力：“我们立刻返回基地重组人手，一半随时待命，另一半全力搜索刚才那R字飞船的一切信息。”她的指令清晰，团队成员立刻行动起来，准备执行任务。
在宝可梦学校基地，露莎米奈和科学家们正忙碌着。他们围绕着露奈雅拉，利用先进的器材对它进行详细的身体分析。小智站在一旁，心中充满了担忧，他轻声自语：“索尔迦雷欧，他不会有事吧。”这时，芭内特博士走了出来，小智急忙迎上前去询问：“芭内特博士，露奈雅拉它没事吧。”芭内特博士回答道：“治疗很顺利呢，接下来就等着它恢复体力就好了。”小智听到这里，心中的大石头总算落了地。小智又问：“真的是太好了。但是现在的问题是，我们怎么去救索尔迦雷欧呢？”芭内特博士沉思了一会儿，说：“这个就得看我们什么时候破解那壁画上的图案了。”
时间在紧张和不安中慢慢流逝，一夜无果，直到玛纳罗祭典的当日。众人依旧围在露奈雅拉周围，但是露奈雅拉的力量还是没有恢复。正当众人感到无助时，小智他们是Z手环突然亮了起来，小智、卡奇、格拉吉欧收集到的Z结晶悬浮在露奈雅拉的周围，在一片光芒之下，露奈雅拉恢复了自己的力量。小智惊叹道：“好神奇啊，果然Z结晶就是它们的力量之一啊。”希特隆点头表示赞同：“那么接下来，我们就可以积蓄力量准备出击了。”小智坚定地说：“说的不错。”
于是众人找到露莎米奈，说明了计划，露莎米奈在考虑再三之后同意了这次作战。她说：“我会带着科学家们，尽可能的为你们维持究极之洞，你们一定要注意安全。”小智回答：“放心，我已经联系莉拉了，她们马上也会过来帮忙。”露莎米奈提醒道：“那就太好了，但是不管怎么样，注意安全。”
小智和众人来到宝可梦学校的庭院，以太基金会的科学家们已经在这里架设起精密仪器，随时准备开启究极之洞。莉拉不久后也带着人手来到这里。在了解了情况之后，莉拉将一部分人留在原地辅助科学家，进入过究极之洞的人员则跟着小智他们一起出发。随着机器的能量输出，究极之洞的路口打开了，小智莉拉等人加上露奈雅拉随即进入究极之洞内。他们刚进入不久，就遭到了究极异兽的攻击，过了一会众人才发现攻击它们的是毒贝比群，原来他们闯入了毒贝比们的领地。
小智连忙派出毒贝比去交涉。突然，一个声音响起：“人类，大致情况我已了解。”小智他们吃了一惊，这时一只巨大的与毒贝比很像的宝可梦走了出来。小智惊讶地说：“这只宝可梦会说话。”“我名四颚针龙，是这支族群的领袖。你们说你们是来救索尔迦雷欧的。”四颚针龙的声音沉稳而有力。小智回答：“是的，它被奈克洛兹玛抓住了。”四颚针龙摇了摇头，请求道：“能不能请求你们搁置这件事情，放过奈克洛兹玛，我们真的很需要奈克洛兹玛的力量。”小智不解地问：“为什么！”希特隆也询问：“请问您可以告诉我们原因吗。”
随后四颚针龙使用力量向众人诠释了这个世界的历史。它说：“这个世界原本充满了奈克洛兹玛的光辉，但是撒向我们的，不仅仅是希望之光，还有灾难。”小智若有所思：“那么这么说的话，奈克洛兹玛就是光辉大神失去光辉的样子吗？”四颚针龙点头：“按照你们人类的说法是这样的。因为奈克洛兹玛的逝去，这个世界也慢慢崩溃凋零。”莉拉思考着说：“那么按您的说法，我们想救索尔迦雷欧也想这个世界恢复生机，我们该怎么做呢。”四颚针龙叹息：“说实话我也不知道，舍弃一个世界抛弃另外一个世界，真的很难选择。”众人陷入一番沉寂，气氛变得沉重。
突然希特隆拍了拍小智，侧到小智耳边说道：“你说奈克洛兹玛是不是需要能量才会这么做啊。”小智恍然大悟：“对啊，希特隆。”小智转向众人：“各位，根据光辉大神的传说，是索尔迦雷欧它们自愿分享能量给它，但是现在奈克洛兹玛在抢夺能量，是不是说明它需要能量。”卡奇提出了自己的想法：“你是说，用能量喂饱它？”格拉吉欧表示赞同：“是个值得尝试的方案。”