在接下来的冒险之旅中，他们惊讶地发现，宇宙里的一些星球上竟然冒出了神秘的植物，而且还在疯狂蔓延。这些植物长得超快，还特别凶，走到哪儿就把哪儿的资源给吞个精光。
少年郎和见习守护者马不停蹄地赶到受灾星球，打算用火攻来收拾这些植物，结果呢，火焰只能让它们稍稍退后一点儿。于是他们就深入调查，这一查可不得了，原来这些植物的根连着地下深处的一个巨大能量源，这可是未知文明搞出来的另一种侵略招数呢！
见习守护者艺高人胆大，一头钻进地下，想要把这根源给切断。在地下，他碰到了好多陷阱，不过他凭着以前的经验，轻轻松松就躲过去了。少年郎呢，就在地面上吸引植物的注意力，好给见习守护者争取时间。
终于，见习守护者找到了能量源的核心，那是一个闪闪发光的球体。他赶紧使出自己的独门绝技，用能量装置跟它对抗，结果弄出了好大一通能量波动。少年郎感觉到了波动，也赶紧跑来帮忙。
两个人齐心协力，把自己的能量全都灌进了装置里，在超负荷运转下，成功地把能量源给摧毁了。那些疯狂的植物一下子就枯萎了，危机又一次解除啦！他们带着满满的喜悦，继续踏上守护宇宙和平的征程，永不停歇！
然而，当他们以为一切归于平静之时，通讯器突然响起急促的警报声。原来是附近一颗星球传来求救信号，那里出现了奇异的生物入侵现象。两人毫不犹豫地改变航向前往那颗星球。到达后发现，这些生物形似水母却在空中漂浮，所到之处建筑皆被腐蚀融化。
少年郎尝试使用冰冻武器攻击，却发现只能短暂阻挡。见习守护者则利用护盾靠近观察，意外发现这些生物体内有着类似之前遇到的能量源的波动。他们意识到这或许是同一幕后黑手所为。正当他们准备再次合作寻找解决办法时，周围空间突然扭曲，一群机械生物将他们包围起来。这些机械生物宣称他们扰乱了伟大计划，要将二人消灭在此处。少年郎和见习守护者背靠背站着，眼神坚定，决心再次并肩作战应对眼前的危机。
少年郎率先发动攻击，他冲向那群机械生物，手中的光剑挥舞得虎虎生风。见习守护者则双手结印，释放出一道道能量波，干扰机械生物的行动。机械生物们迅速做出反应，发射出激光束和电磁脉冲。少年郎灵活地躲避着，同时寻找着机械生物的弱点。见习守护者发现这些机械生物之间存在着某种连接网络，只要破坏其中一个关键节点，就能让它们陷入混乱。
于是，他悄悄绕到后方，找到一个看似控制中枢的大型机械生物。就在他快要接近时，一只隐藏的机械兽突然扑向他。少年郎看到这一幕，不顾一切地冲过去推开见习守护者，自己却被机械兽划伤。见习守护者愤怒地爆发出强大力量，一举摧毁了那只偷袭的机械兽，并顺势冲向控制中枢。在少年郎的配合下，他成功击破了控制中枢。其他机械生物顿时停止攻击，原地瘫痪。两人松了口气，简单处理伤口后，又投入到对付空中水母状生物的战斗中，他们相信一定能再次化解危机。
少年郎想到之前见习守护者提到的能量源波动，他灵机一动，从背包中拿出之前备用的能量探测仪。经过一番扫描，他们发现这些水母生物围绕着一处特殊地点盘旋，那里的能量波动最为强烈。两人小心翼翼地靠近，途中不断躲避水母生物吐出的腐蚀性液体。
当他们抵达目的地时，看到一个散发幽蓝光芒的正方体装置，上面布满奇怪符文。少年郎推测这可能是控制水母生物的关键所在。见习守护者决定尝试用自己的能量与这个装置建立联系，看能否反向操控。就在他触碰装置瞬间，一股强大电流袭来，好在他及时撤回。
这时少年郎注意到旁边有个小型控制台，上面有几个颜色不一的按钮。他凭借以往探索遗迹的经验，认为按顺序按下红色、蓝色、绿色按钮或许可以关闭装置。他深吸一口气，依次按下按钮。随着一阵强光闪过，水母生物纷纷坠落化为乌有，那颗星球的危机彻底解除，而他们的冒险仍在继续。
他们离开这颗星球后不久，飞船的导航系统突然失灵。两人检查后发现，是受到了一股神秘磁场的干扰。顺着磁场方向探寻，来到了一颗荒芜的小行星。这里弥漫着浓雾，透着一股诡异气息。
刚踏入小行星，就听到一阵低沉的咆哮声。紧接着，一只只外形似狼但体型巨大的生物从雾中窜出。少年郎和见习守护者立刻进入战斗状态。这些巨狼不仅速度快，而且牙齿带有剧毒，咬到任何东西都会使其迅速腐烂。
少年郎拿出之前收集的一种稀有矿石粉末洒向巨狼，这种粉末能够暂时麻痹神经。见习守护者则趁机施展封印术，试图困住巨狼。但巨狼数量太多，眼看就要冲破封印。此时，少年郎发现远处一座山峰上有一个闪烁的光点，他感觉那里或许是破解困境的关键。于是，他向着山峰飞奔而去，见习守护者则全力抵挡巨狼。少年郎登上山峰，发现那是一块散发着奇特力量的水晶。他取下水晶，返回战场。当水晶靠近巨狼时，巨狼像是感受到极大威慑，渐渐退缩消失在浓雾之中。两人稍作休整，修复好导航系统，又朝着未知的宇宙深处进发。
他们驾驶飞船在宇宙中航行了一段时间后，飞船突然剧烈摇晃起来。透过舷窗看去，只见一片绚烂的星云出现在前方，可这星云却散发出危险的能量波动。飞船的防护系统频频报警，显示即将承受不住。少年郎果断开启紧急防御模式，见习守护者则尝试调整航线绕过星云。然而，星云仿佛有一种引力，不断拉扯着飞船。就在他们无计可施时，一道微弱的牵引光线射来，拉着飞船脱离了星云的引力范围。顺着光线来源望去，是一艘古老破旧的飞船。待靠近之后，里面走出一个全身笼罩在黑袍中的神秘人。神秘人声称知道他们一直在阻止那些未知文明的阴谋，并且透露还有更大的危机即将来临。他交给少年郎和见习守护者一个盒子，说里面的东西关键时刻能救命，说完便消失不见。两人打开盒子，里面是两颗晶莹剔透的珠子，散发着柔和的光芒。还没来得及仔细研究，飞船又检测到大规模的不明物体正在快速靠近，一场新的挑战即将展开，他们握紧珠子，严阵以待。
那些不明物体越来越近，原来是一群长着翅膀的机械鲨。它们的翅膀扇动间带出强大气流，使得飞船摇摇欲坠。少年郎和见习守护者对视一眼，决定主动出击。他们吞下珠子，瞬间感到一股力量充盈全身。少年郎如离弦之箭般冲向机械鲨群，手中光剑变得更加耀眼，每一挥砍都能斩断机械鲨的机翼。见习守护者则飞到高空，双手推出巨大的能量球砸向鲨群中心。机械鲨们开始聚集在一起，组成一个巨大的机械鲨鱼合体，张开大口喷出高能射线。两人巧妙地闪避着，同时发动联合技。少年郎将所有力量汇聚于剑尖，见习守护者从背后给予力量加持。他们合力刺向机械鲨鱼合体的核心部位。伴随着一声巨响，机械鲨鱼合体爆炸开来。零件散落一地，危机解除。但他们深知，神秘人的话预示着后面还有更多艰难险阻。他们重新回到飞船，向着宇宙更深处飞去，时刻警惕着下一个威胁的到来，心中充满对未知挑战的无畏与期待。
飞船继续航行，突然仪表板上灯光狂闪，一个陌生星系的画面弹出。这个星系散发着幽冷的蓝光，周围环绕着黑暗物质漩涡。还未等他们有所反应，一股强大吸力传来，飞船不受控制地朝星系飞去。
降落到一颗星球后，四周一片死寂，只有高耸入云的黑色尖塔林立。他们向前走去，尖塔中涌出无数金属昆虫，嗡嗡作响。这些昆虫聚合起来变成巨大人形兵器。
少年郎和见习守护者毫无惧色。他们将自身能量注入脚下大地，引出岩石藤蔓缠绕敌人。可人形兵器竟分裂出新个体继续进攻。
就在他们吃力应对时，少年郎想起神秘珠子带来的力量，尝试引导体内残余力量。他的身体泛起微光，力量爆发击退部分敌人。见习守护者见状，效仿此方法，两人携手再度猛攻。
最终，他们冲破金属昆虫的包围，朝着尖塔深处奔去，直觉告诉他们那里藏着一切的秘密源头。