新宇宙在神纹之力的滋养下迎来复苏，世界树根系延伸之处，文明们纷纷建立起镌刻神纹的丰碑。但零的万象中枢再次响起警报，量子沙盘边缘浮现出蛛网状的幽蓝纹路，如同某种未知生物的血管在星图上蔓延。“检测到超越神纹法则的能量波动，”她的机械音带着罕见的颤意，“信号源来自宇宙边缘的「永夜星云」，那里...存在着与神纹渊薮同源的空间裂隙。”
吴仙的神色瞬间凝重，他掌心的神纹泛起微光，与永夜星云的波动产生共鸣。“那是「熵寂之眼」的封印地，”他的声音低沉如暮鼓，“在创世之初，为了遏制熵能的终极形态，我与远古存在联手将其封印。如今封印松动，意味着有超越熵之使徒的存在在暗中谋划。”暗金色种子突然悬浮而起，表面浮现出与幽蓝纹路相似的图腾。
艾莉丝在音律之城的塔顶调试新制的「神纹竖琴」，琴弦却突然渗出黑色黏液。当她拨动琴弦，发出的不再是悦耳旋律，而是类似心跳的低频震动，黏液在地面上汇聚成巨大的瞳孔图案。城中的学徒们陷入集体幻觉，他们看到无数星舰从永夜星云驶出，舰首雕刻着与暗金色种子相似却充满恶意的神纹。
凯洛斯带领光暗骑士团巡逻时，遭遇了前所未有的敌人。这些形似光暗骑士的生物，身披由幽蓝能量构成的战甲，他们的攻击能扭曲空间，将光暗之力转化为吞噬一切的暗物质。凯洛斯的光暗护手在交锋中剧烈震颤，三色能量竟被对方牵引着反噬自身。当他斩断其中一名敌人，发现其残骸中藏着一枚刻有“熵寂”字样的晶体。
埃文在记忆仲裁者总部整理神纹渊薮的资料，所有全息屏幕突然播放起同一画面：在永夜星云深处，一个巨大的暗瞳缓缓睁开，无数黑袍人围绕着暗瞳举行仪式，他们手中的权杖顶端，是暗金色种子的扭曲形态。记忆火种疯狂跳动，他试图追溯画面的来源，却发现自己的意识被一股强大力量排斥，脑海中响起冰冷的机械音：“凡人，莫窥探神之领域。”
莱娅深入世界树根系，发现那些承载神纹的脉络正在渗出幽蓝液体。她的音律与世界树的共鸣被干扰，琴弦发出的音波不仅无法净化，反而加速了液体的蔓延。当她将意识沉入根系深处，看到了吴仙封存的一段记忆：在远古时期，曾有文明试图唤醒熵寂之眼，以获取超越神纹的力量，最终导致整个宇宙差点被熵能吞噬。
维蕾娜在执行侦查任务时，战甲传感器捕捉到异常的量子信号。她循着信号抵达一片荒芜星域，这里漂浮着无数刻有神纹的石碑，每一块石碑都记录着一个被熵寂之眼毁灭的文明。在石碑中央，她发现了一面破碎的镜子，镜中倒映出她身披幽蓝战甲、手持暗瞳权杖的模样，而她的身后，是正在崩塌的新宇宙。
吴仙召集众人在世界树核心议事，他的神纹身躯泛起微弱的裂痕。“熵寂之眼是超越秩序与混沌的存在，它的苏醒意味着宇宙将回归绝对熵寂的终焉。”他摊开手掌，神纹光芒中浮现出封印的结构图，“我们必须在它完全苏醒前，找到散落在宇宙各处的「神纹锁钥」，重新加固封印。但这些锁钥...分别掌握在不同的古老势力手中。”
零在万象中枢全力解析永夜星云的数据，发现了更可怕的真相：暗金色种子与熵寂之眼存在着某种共生关系。创世之初，吴仙为了制衡熵寂之眼，将其部分力量封印在种子中，如今种子的异动，正是熵寂之眼苏醒的前兆。“如果暗金色种子被彻底腐蚀，”她的机械手指快速敲击键盘，“新宇宙将成为熵寂之眼的容器。”
就在此时，永夜星云传来惊天动地的轰鸣，一道幽蓝色光柱直冲天际。吴仙神色大变，神纹矩阵在他周身自动展开：“来不及了，熵寂之眼的第一重封印已破！从现在起，我们兵分六路，寻找神纹锁钥。记住，无论遇到什么，都不能让暗金色种子落入敌人手中！”
艾莉丝握紧神纹竖琴，翡翠色光芒在琴弦上流转；凯洛斯的光暗羽翼展开，三色能量暴涨；埃文高举记忆权杖，金色莲花光芒大盛；莱娅轻抚世界树的枝干，音律火种重新燃起；维蕾娜的光暗双剑出鞘，神纹战甲闪烁着幽光。而吴仙，他的神纹身躯化作一道金色流光，率先朝着永夜星云的方向飞去。新的危机，已如汹涌浪潮，将整个宇宙卷入一场关乎生死存亡的终极角逐......