库福尔抓住科奎拉，倒是一件比较传奇的事情，传奇得让在场的人有些受不了，特别是李大憨，更是郁闷无比，自己辛辛苦苦攻下马尼拉总督府，反倒便宜了库福尔这个西洋鬼子。
郁闷归郁闷，反正科奎拉是抓回来了，这个屠杀华人的刽子手，他将得到大明政府的公正审判。
叶思文来到科奎拉的面前，上下打量了一下这个四十多岁的西班牙人，问道：“你就是科奎拉？”
通译把叶思文的问题翻译了之后，科奎拉整理了一下衣服，道：“我就是科奎拉，你又是什么人？”
通译向叶思文翻译了科奎拉的问题，叶思文示意通译，实话实说。
通译回过头，骄傲的答道：“这位就是我们大明的虎威侯叶侯爷，这次讨伐你们西班牙人的统帅！”
“不可能！” 科奎拉听说眼前这个年轻的不像话的人居然是一位侯爵大人，还是此次讨伐菲律宾的统帅，简直就要抓狂了，他科奎拉奋斗这么多年，从一个小小的军校毕业生干起，一直干到四十多岁，才混了一个海军少将、菲律宾总督，而眼前这个年轻人，年龄不过三十，居然就是侯爵了，这让一向自视甚高的科奎拉情何以堪？
更让科奎拉郁闷的是，他居然成了这个年轻侯爷的阶下囚，想他科奎拉纵横沙场二十几年，何曾想过会成为一个年轻人的俘虏？
“你的爵位是世袭的吗？”科奎拉有些不服气的问。
通译怒斥道：“闭上你的鸟嘴，我们侯爷的爵位是一刀一枪拼出来的，绝对没有靠半点祖荫！”
面对答案，科奎拉沉默了。
看着沉默的科奎拉，叶思文用生硬的西班牙语问道：“科奎拉先生，是不是你组织和参与了屠杀华人的运动？你为什么要这样做？”
这句话，是叶思文从库福尔哪里学的，学习的目的就是当场质问菲律宾总督科奎拉。
科奎拉当然不会承认自己组织和参与了屠杀华人，他辩解道：“不，侯爵大人，我没有屠杀华人，我只是在平定华人的叛乱而已，侯爵大人，你知道他们干了什么吗？他们冲击了马尼拉的总督府，他们在叛乱，当然，我们西班牙人在平叛的时候可能伤及了一些无辜的平民，这不是我们想要的，这是战争的必然。”
科奎拉的辩解冠冕堂皇，但是他冠冕堂皇的辩解在血淋淋事实面前，显得是如此的苍白无力 。
面对科奎拉的辩解，叶思文淡淡的笑了笑，道：“科奎拉先生，你有没有组织和参与屠杀华人，你我说了都不算，自然会有我们大明的官员对你进行公审。”
叶思文说完，大手一挥，命人把科奎拉押了下去。
之后，叶思文正式带着大明的官员住进了马尼拉总督府，大明正式占领了马尼拉。
大明军队占领了马尼拉，并不代表大明军队占领了整个吕宋岛，吕宋岛的北部城市拉瓦格和南部城市黎牙实比都有西班牙驻军，还有吕宋周边的一些岛屿，都有西班牙人的据点，一天不除，一天是祸患，这些据点，需要一个个的拔出，大明在吕宋的统治才会安稳。
在叶思文眼中，只要能用军事解决的问题，都不是问题，进入总督府之后，叶思文即刻下令，威远军兵分两路，一路向北扫荡，一面向南扫荡，一路上，无论是当地土着还是西班牙人，只要敢抵抗，一律枪毙。
军事问题好处理，政治问题就有些棘手了。
马尼拉西班牙富人的处理问题，吕宋土着问题，当地华人问题，千头万绪，就连强悍无比的叶思文也感到头疼。
不过还好，有赵文昌带领的参谋团在叶思文左右帮衬，他们很快就把要干的事情一件一件的列出来，然后一件一件的解决。
第一件事，当然是为当地死难的一万多华人报仇。
叶思文下令，抓捕当地参与了屠杀华人的土着，至于参与屠杀的西班牙军人，在马尼拉港口攻防战和马尼拉城攻防战中几乎全部战死，硕果仅存的几十个西班牙军人也被俘虏，只需要拉上公堂审判就行了。
由于不知道哪些土着参与了屠华事件，所以叶思文下令，无论是否参与屠华，凡是马尼拉周边的土着，都有嫌疑，无论男女，无论老少，都要抓来审问。
于是，一场大追捕开始了，马尼拉周围成千上万的土着被抓捕，由于抓捕的土着太多，马尼拉警察局的牢房都不够用了，叶思文不得不下令把土着关押进了原西班牙军人的营房。
当然也有那机灵的土着，见势不妙，立刻脚底抹油开溜，学习当初华人，跑进了马尼拉周围的森林里，不过他们忘了，华人们对森林也是熟悉无比，很快他们便如山老鼠一般，一个接一个的被赵辉组织的华人兵团揪了出来。
几天之后，马尼拉周边的土着全部被捕，即使有漏网之鱼，也无关紧要了。
接下来，大明政府对土着进行了公审和判决，土着的犯罪等级被分为三级，第一级，组织参与屠华抢劫；第二级，参与屠华抢劫；第三级，参与屠华者的家属。
经过马尼拉当地华人公正的指正，一级罪犯一共有四十三人，二级罪犯一万多人，三级罪犯三万多人，这几乎是马尼拉周围所有的土着，因为马尼拉周围的土着都参与了屠杀。
乱世须用重典，吕宋就是一个非常混乱的地方，西班牙人、土着、华人三种势力错中复杂，特别是愚昧无知且胆大包天的土着，更是社会的不安定因素，所以大明想要长期统治吕宋，就必须先把土着威慑住。
在叶思文的授意下，大明政府对四十三名一级罪犯的处理方法只有一个--凌迟处死，只有这种极其恐怖的处死方法，才能在土着的心里留下恐怖的种子，让他们以后一动坏脑筋，就想起这些被凌迟的同类。
不过凌迟是个技术活，放眼吕宋，放眼叶思文的军中，没有人能胜任这份工作，没有人，叶思文不怕，他修书一封，朱由检立刻给他派了二十个可以执行凌迟的刽子手。
本来二级罪犯也是要全部处死的，但是人太多了，一万多人，杀了影响不好，不符合叶思文一贯以来的温和形象，所以在叶思文的授意下，一万人中，每一百人中挑出一个代表，代表什么？当然是代笔大家去死！
这种挑选方法，没有规律可行，谁倒霉谁上，挑出来的一百个土着，也只能怪他们的运气不好，代人受过了。
至于剩余的二级犯罪，叶思文给他们取了一个很好听的名字--终身监禁劳改犯，他们将承担马尼拉港和马尼拉城的重建任务，说不定他们还会承担吕宋岛其他的地方的建设任务，最后，他们有可能死在工地上，有可能死在矿山里，谁知道呢？
这就是代价，头脑一时发热的代价，有因必有果，土着既然敢屠杀华人，就应该有被反倒清算的觉悟。
最后犯罪行为最轻的三级罪犯，给他们的宣判是，有期劳改二十年，也就是说，他们只要能免费给大明干上二十年苦力，他们就可以重新获得自由，至于他们能不能活过二十年，还真是个未知数。
为了显示大明皇帝朱由检的仁慈，也同时显示叶思文的仁慈，其中还是有免罚条款的，土着男子十二岁以下、六十岁以上免责，土着女子十四岁以下、五十五岁以上免责，其余人，一个都跑不掉，即使现在跑掉了，以后也会被揪出来。
处理了土着人，叶思文又开始处置当地的西班牙人，以科奎拉为首的西班牙军人并没有得到审判，他们乃是整个屠华事件的策划者和参与者，他们将会被押回大明本土接受审判，其实这也就是叶思文的一句话，他要利用科奎拉这些人，和西班牙政府谈判。
处置西班牙人，最主要的还是处置吕宋当地的西班牙富人，文明的西班牙绅士虽然没有参与屠杀，但是他们有见死不救的罪过，也有没有阻止科奎拉的罪过，所以叶大侯爷也要对他们进行处罚。
对于西班牙富人，没啥好说的，直接没收财产，然后把他们赶上一艘开往西方的商船，送他们回家，不过，仁慈的叶侯爷也没有把西班牙富人往死里坑，他还是给了西班牙人留了一点车马费，十两银子，爱要不要。
接到叶侯爷的十两银子，西班牙富人都哭了，往昔的腰缠万贯已成浮云，只余十两银子回家，这让当惯了富人的西班牙人情何以堪？
自此，土着杀的被杀，服刑的服刑，留下来的，不过是一些老弱妇孺罢了，而西班牙人，基本上被赶出了马尼拉。
叶思文在马尼拉执行的政策，让马尼拉的社会构成产生了剧烈的变化，以前高高在上的西班牙人被赶跑了，二等公民被拉去干苦力了，而地位最低的华人，现在翻身当了主人，成为了马尼拉的核心力量。
现在在马尼拉的大街上，行走的基本上都是华人，要不是当地的华人，要不就是大明的将士；土着们寒蝉若惊，一个个躲在家里不敢出来；至于西方人，更是少见，除了和叶思文有约定的荷兰人，还暂时没有西方人敢登上马尼拉的土地。