阶段二，顾名思义就是天启星一干新神对所选中的目标，被达克赛德所分化的神格所侵蚀，腐蚀的第二阶段。目前为止，在天启星新神掌控中的只有超人，闪电侠和被放逐到天启星的莱克斯·卢瑟，而在地球上，同样被选作目标的蝙蝠侠，沙赞还有柯文也在这场针对他们的布局中苦苦挣扎着。
中心城内，已经被闪电侠巴里·艾伦用圣贤力洗脑的柯文，在确定后天就能够见到便利贴中所提醒自己去寻找的诺拉·艾伦后，也恢复了日常的生活。驾驶着赛特朗号战车回到自己所住的公寓，下车的柯文回头看了一眼自己这辆爱车，不知为什么，他总感觉之前一直没有动静的爱车，今天好像一直在看他，但，车子怎么会看人呢。
“一定是我想多了，这年头外星人虽然存在，但也不能莫名其妙蹦出来个汽车人啊，写小说也不能这么扯不是。”
低声嘟囔一句，柯文这才离开，在确定柯文回到公寓后，原本停在停车场中没有任何动作的赛特朗号，那装载着AI蝙蝠侠显示界面的Drive驱动器也亮起白光，仪表盘投射，就在车内将柯文之前进入中心城，从第一次遭受巴里用圣贤力屏蔽记忆到最后这次洗脑的一切画面都播放了一遍。
在确认没有任何遗漏后，这才结束了投影，同时，AI蝙蝠侠的声音也从Drive驱动器中传了出来。
“为了你的母亲，你选择了这条路吗，巴里，还真是跟不义蝙蝠侠分析的一样，你太善良，但也太容易动摇了，你从来没有想过你母亲的感受，即使只是一个机器。也罢，柯文，让我看看即使没有了记忆，你能做到什么程度吧，作为假面骑士的你。”
低声自语的AI蝙蝠侠也陷入了沉寂，从柯文一开始进入中心城受到巴里的圣贤力影响时，在柯文即将被屏蔽掉关于Drive一切记忆的最后一刻，他被柯文从系统空间里召唤了出来。继承了不义宇宙蝙蝠侠全部记忆，阅历再加上氪星的幻影科技，从AI蝙蝠侠诞生开始，他就是一个独立的个体了。
继承了蝙蝠侠的一切，但比蝙蝠侠更理性，更能够以旁观者的角度看待一切问题。所以从被柯文召唤出来后，AI蝙蝠侠就没有表现出任何异常，就是把自己当成一辆有点智能的高级跑车，全程记录着一切，作为柯文不知道的后手在必要的时候翻盘。这也是柯文将自己召唤出来的意义，一个连自己都不知道的底牌才能骗过暗中搞事的敌人。
只是在沉寂之际，AI蝙蝠侠也说道：“其实，你也想要我们阻止你的对吧，不然，你又怎么会忽略我呢，当初他就在你们面前召唤过我，巴里，梦该醒了。”
说完这最后一句话，活跃过来的赛特朗号再次变回那辆平平无奇的跑车。而就在柯文和AI蝙蝠侠等待着后天那场与诺拉·艾伦的见面时，在天启星，从天启星的敌对星球新创世星出发，成功潜入到天启星中的新神，奇迹先生斯科特也与天启星反抗军领袖莱克斯·卢瑟接触了。
此时的奇迹先生正与莱克斯·卢瑟一块，试图潜入到达克赛德的宫殿中，而在斯科特身后，这位在地球上呼风唤雨，依靠着自己那绝顶聪明的智慧，数次拯救过世界的光头卢瑟，也在天启星这个磨练人的星球上成为了一名合格，优秀的战士。哪怕是作为新神的奇迹先生，也不得不对眼前这位人类感到惊讶。
虽说他也成功从天启星上逃脱了，但作为新神，本身他的起点就比莱克斯高出了许多，再加上从小接受的教育，训练，只需要一分运气，机会，自然能够做到逃出天启星。可莱克斯不是，在重新潜入到天启星这段时间，奇迹先生也在暗中观察着这位混在天启星反抗军中的人类。
从他被反抗军接收，然后再依靠着自己的智慧，指挥逐渐在反抗军中掌握话语权，一直到成为反抗军领袖，这才让奇迹先生选择出现在莱克斯面前，并且与之合作。就像现在，由莱克斯掌控的天启星反抗军在达克赛德的领地上制造骚乱，吸引着那些达克赛德爪牙的注意力，而他们两个，则是进入到达克赛德宫殿，寻找达克赛德已死的真相。
“把我扔到这颗星球上受苦受难，然后就这样什么都不知道的离开了？我莱克斯·卢瑟从来没做过这么吃亏的生意，达克赛德已死？就是真死了，我也得亲眼看到他的尸骸成灰，把他的一切拿走我才觉得自己不亏！”
这是奇迹先生在跟莱克斯·卢瑟合作的时候，莱克斯跟他说的，虽然对于莱克斯这番厥词感到好笑，但奇迹先生得承认，在智慧这一方面，他没有眼前这个人类强大，他的智慧，配合自己的技术还有经验，让本该困难重重的潜入变得轻松起来，就像现在，在他的带路下，两人已经来到了达克赛德宫殿的地牢。
“到了，从这里就可以进去，就能到达克赛德的宫殿了。最后再问一次，你真的不打算离开？现在父盒还能将你传送走，如果待会进去了，就算到时候想走，也不好说了，天启星强大的存在，可不止达克赛德一个。”
通过自己手中的父盒，将路线确定下来的奇迹先生也再度对身后穿着一身用天启星材料打造的装甲的莱克斯。因为环境原因，莱克斯这次的装甲审美倒没有那么恶趣味了，基佬紫配力量绿的搭配没了，取而代之的红色和黑色相间，依旧是把自己那颗大光头给露了出来。
“那我也重复一遍我自己的话，他死了我也得从他身上取走我应得的东西，这段时间在天启星受苦受难的损失，不拿一点回来，我不爽。搞快点，我的人可没法在达克赛德军队手里坚持太久。”
对于奇迹先生的劝告，一向自负的莱克斯也不爽催促道，自己为什么会被放逐到天启星，这个原因他不想跟眼前这个自称为新神的家伙说，但莱克斯心里也明白，要想在天启星上得到些什么，还得依靠眼前这位新神的帮助，这个家伙就跟自己认识的超人一样，一样善良好忽悠。
“为什么这么坚持呢，”对于莱克斯的执着，完全不明白原因的奇迹先生只是在那多问了一句，天启星就是一个永远沉沦的地狱，每个人都想逃出来，但都没有办法，而眼前这个人类，却要在这个地狱里获取想要的东西，有什么东西能比自由更宝贵，他搞不懂。
“要你管？！做你的事吧，神！”
怼了奇迹先生这位新神一句，在奇迹先生转头用手中的父盒破解进入程序的时候，莱克斯也悄咪咪打开自己手部的护甲，一张照片也从中露了出来，里面是儿时的自己和妹妹莱娜·卢瑟的合照，原本在他们身后应该还有父母的影像，却被莱克斯撕掉了。在看到照片中的妹妹时，莱克斯的眼神也变得柔和起来。
‘很快的，老哥就会回去了，莱娜，别担心，超女有超人撑腰，那个扎塔娜也有个魔法老爹，你也不差，你还有老哥我，妈的，我就不信那个臭小子敢欺负你，诶，那个臭小子是谁来着？’
心中，莱克斯也在那对着自己仅有的这张照片说着心里话，同样的，他也受到了曼哈顿博士修改现实的影响，没有了与柯文相关的记忆。只知道自己一定有着给自己妹妹撑腰的力量，才能暴打一个自己气到连名字和长相都忘了的臭小子一顿。就在莱克斯想着回去怎么给自己妹妹撑腰的时候，在前方带路的奇迹先生，也用自己手中的父盒打开了通往达克赛德宫殿的道路。
随着道路的指引，两人也有惊无险的进入到了达克赛德宫殿之中，而摆在莱克斯和奇迹先生面前的，则是天启星的生物科技结晶，母盒电脑，而在电脑上，则是用投影显现出一块块大屏幕，屏幕上有着超人，蝙蝠侠，闪电侠，沙赞，莱克斯，以及柯文的头像。而在这些投影的屏幕后方，则是蜷缩着一具尸骸，那巨大的身躯，还有盔甲上那个欧米伽符号，以及这个地方。
都让莱克斯和奇迹先生明白这具尸骸是谁——天启星的君主，达克赛德！
只是他们无法明白的是，为什么在这里会有正义联盟成员的头像跟一个自己不知名的年轻人，天启星把这些人放在电脑这里，又是为了什么。
“这···到底是怎么回事！”看着电脑上投影屏幕上的头像，奇迹先生也疑惑了。
他自然知道正义联盟，毕竟是整个宇宙里，唯一一个除了新创世星外，打退天启星和达克赛德入侵的文明。但那个年轻人，他却不认识，在看到这样的画面后，也将眼神转向了自己身后的莱克斯，想知道这个聪明绝顶的地球人，能否从这些图像中找到一些相关的线索，还有那具尸骸，到底是不是达克赛德。
“这你问我，我也没法第一时间回答你啊，我只能说，我被放逐到天启星，一定是这些家伙搞的鬼！”
对于奇迹先生的质问，此时的莱克斯·卢瑟也只能做出这样的回答，毕竟眼前所看到的画面对他冲击也不小。谁能想到自己还有正义联盟的成员，包括蝙蝠侠都成为了天启星某个计划中的一部分。还有这具尸骸，如同小巨人一样的尸骸，如果真的是达克赛德，那么现在，在天启星拥有着最高话语权的，又会是谁？！
“很高兴，你们终于到了这里，还有，好久不见，斯科特。”
就在奇迹先生和莱克斯为眼前的景象感到震惊时，一道声音也在他们身后响起，闻声转头，奇迹先生斯科特和莱克斯就看到一个高大的身影站在黑暗中。无法看清全貌，但是那双赤红色的双眼，在黑暗中是如此的显眼。还有那气场，让曾经直面过达克赛德的奇迹先生第一时间惊叫出声。
“达···达克赛德？！”
“谁让你直呼我父亲名讳的，斯科特。”
站在暗处，一道赤红色的射线就从这道身影双眼释放，朝着奇迹先生攻击过来，面对这样的攻击。作为新神的奇迹先生自然释放出了护盾进行防御，只是这道射线直接无视了奇迹先生所释放的护盾，轻松在其大腿上穿了一个洞，在给奇迹先生造成伤害后，这道身影才从黑暗中走出来，也让奇迹先生看到其全貌。
与达克赛德如出一辙的装甲，只是在装甲下的这个人，他认识。
“奥利安？！”
“是的，是我，斯科特，我得感谢你，你把我要的人带来了。”
话语一出，被射线击倒在地的奇迹先生也看向一旁的莱克斯，这时候的他，也明白自己从进入天启星与莱克斯接触开始，就已经在奥利安，这位达克赛德的儿子监视下了。
“还有你，你想要从伟大的达克赛德身上取走你应得的东西？很好，我满足你，你来了，我也不用自己动身了，来吧。”
“父盒，带我们离开这里！”
【遵命】
奇迹先生手中的父盒放出光芒，就打算带着奇迹先生还有莱克斯离开，而早就在这等着的奥利安又怎么会让他们这样轻松逃离。这里可是天启星，一个一旦踏入就永远无法逃脱的无间地狱，双目红光凝聚，满功率释放的射线也与奇迹先生手中的父盒撞击到一起，巨大的光芒也覆盖了整个达克赛德宫殿，将一切喧嚣掩盖。
光芒闪烁了许久，才从达克赛德宫殿中消失，而在之后，原本发生在天启星各处的反抗军暴乱也一下安静了下来。只剩下穿着达克赛德装甲的奥利安从宫殿中飞出，手中也出现了母盒，对其说道。
“传讯，阶段二即将结束，阶段三成神开始，一切，都是为了达克赛德。”
【是，一切都是为了达克赛德！】