木叶64年，开启了木叶砂隐联合中忍考试。一年时间中，选拔出了众多优秀中忍。
与此同时，全员S级叛忍的晓组织开始四处收集尾兽，祸乱忍界。一尾我爱罗失踪，被砂隐村千代施展己生转生之术复活，奈落用三十副查克拉铠甲换取了这个忍术。
后续二尾，三尾，四尾也相继失踪，三尾野原琳的尾兽被抽离，野原琳亦被带土耗费自己生命施展己生转生之术复活，宇智波带土寿命大损，尾兽的失踪线索直指晓组织。
由于岩隐村失踪的五尾在大蛇丸手中，大蛇丸再次和晓组织发生碰撞。
65-67年，大蛇丸和晓抗衡了三年时间，大蛇丸为了抵御晓组织的众多成员，花费多年时间优化了宇智波斑的力量。再一次被晓组织佩恩亲自策策划的围剿行动中，大蛇丸的五尾人柱力以及一众下属终究不敌晓组织全员，落于下风。
关键时刻，大蛇丸用秽土转生通灵出了宇智波斑，然而却受到秽土转生之术反噬，险些被宇智波斑杀死。
最终，五尾被掠夺，大蛇丸势力受到重创。
五尾被抓不久后，六尾，七尾相继失踪，八尾奇拉比被袭击，抓捕行动失败，但是被长门掠夺了八尾的小半躯体，三年时间中，诸多国家尾兽被晓组织抢夺。
木叶67年，只剩下最后的云隐八尾，木叶九尾。长门本尊亲自出手，入侵云隐抓捕八尾，云隐受到长门袭击，实力大损，成为倒数第一 ，顶替了岩隐村。风之国这个孱弱国家反而成为了除木叶外最强盛的国家。
忍界形成一超四强的格局。
晓组织的活跃期间，火之国大名奈落按兵不动，相反暗中协助晓组织收集尾兽，图谋摘取神树之果实，亦或者用鬼芽罗之术，吞噬查克拉之祖大筒木辉夜...
长门收集尾兽只剩下八尾和九尾，由于八尾长门获得了小半，勉强够用，于是转而入侵木叶，却被木叶一众高手击退。
最终长门用火之寺名为空的少年体内的九尾查克拉，以及八尾的小半躯体，勉强制作出了成为十尾。
因为晓组织以及尾兽被捕的原因，五大国开启了五影会谈，木叶五代目火影波风水门得到君主奈落的同意，参加会谈，由于木叶实力最强，波风水门当仁不让的成为盟主。
晓组织之祸正式揭开，宇智波斑破解了大蛇丸秽土转生控制，与黑绝会面后，在黑绝的引荐下，宇智波斑带上面具，加入了晓组织，潜伏在阴暗中。
五影会谈后，各国联军讨伐雨隐村，宇智波斑来到晓与五大国战斗的地方，和长门真身会面。
黑绝偷袭控制长门，用长门的身体施展轮回天生，将宇智波斑真正复活。一代枭雄长门因为一时大意，被偷袭后，施展轮回天生之术而死亡。
宇智波斑成为十尾人柱力，发动月之眼计划，激活了辉夜的意识，黑绝再次偷袭，获得双杀，宇智波斑成为辉夜的载体，大筒木辉夜复活。
辉夜被五国联军击败，奈落将辉夜姬吞噬吸收，黑绝计划彻底失败，被奈落斩杀。
其余的晓成员作鸟兽散，继续流浪忍界，角都和飞段因为碰到了宇智波奈落，被宇智波奈落两个瞳术秒杀。
第十卷 平定天下篇（第四次忍界大战，又名四战风云录）
晓组织覆灭后，奈落命令其他四国称臣纳贡，限期臣服木叶，各国观望不从。
木叶67年底，奈落亲率忍者部队，逐步平定各国，吞并第一个国家土之国后，改国号为焰，建元昭武，称始皇帝，是为焰始皇。
焰始皇宇智波奈落派遣忍者部队，四处出击。
焰始皇亲自率领十二黄金守护忍讨伐云隐村，同时派遣木叶忍者军团和岩隐忍者军团讨伐雾隐村和砂隐村。
宇智波奈落势力大发神威，一统忍界。书同文，车同轨，宇智波一族成为忍界之皇族，全书完。
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剧终！