英荷之间有关殖民地的争执，到1824年双方签订苏门答腊协定后才解决。根据该协定，荷兰把它在印度的商馆和马六甲移交给英国，英国则把它在苏门答腊的据点，如明古连等移交给荷兰。荷兰从英国手里接管印尼后，根据荷兰宪法的规定，印尼的最高统治权属于荷兰国王。为了压制印尼人对荷兰重新统治的不满，克服财政上的困难，荷兰殖民者在政治和经济方面，都采取了严厉的措施。对印尼封建苏丹和土王，进一步剥夺他们的实权，只保留徒有其名的称号，让他们领取固定的薪俸，成为殖民政府的工具。在经济方面，继续推行强迫供应制和实物地租，强制人民种植咖啡，恢复贸易垄断，对过去封建领主同英国商人签订的租借土地的契约，一律宣布无效。此外，殖民政府还实行了一系列名目繁多的苛捐杂税，如在道路、桥梁、河口、市场等处设立关卡，进行征税，甚至连怀抱的小孩过关卡，也要纳税。中国的军队占领了苏门答腊岛后，基本上继承了荷兰的殖民政策，但适度减免了一些苛捐杂税。
聂士成率军打下苏门答腊后，又迅速带兵攻占帝汶岛，切断了爪哇海的各个通道，将德国、荷兰、法国剩下的舰队封锁在爪哇海。为占领爪哇，中国登陆部队巡洋舰6艘、驱逐舰15艘和搭乘陆军的36艘运输舰从东西两面向爪哇岛推进。
爪哇岛，在荷属印尼殖民地政治上和经济上均处支配地位，虽然只是印尼的第四大岛，但拥有全国人口的一半以上。所以荷兰远东舰队司令、海军上将菲尔卡德鲁和荷兰海军少将曼特沙尔特率领德国、法国、荷兰联合舰队，其中巡洋舰5艘、驱逐舰10艘企图阻止中国的军舰在爪哇上陆。
争夺爪哇岛的激烈战斗，在海上打响。那天傍晚，中国舰队穿过荷兰海军的布雷区。分成3艘巡洋舰在前面一字排开组成一道屏风，紧接着是一列，5艘驱逐舰。林泰曾指挥着另五艘巡洋舰出现在东面，带着全部8英寸的大炮不断来回摆动。在炮火最大射程即码的边缘线内，中国的军舰就朝荷兰旗舰“布里德罗德”号开火，重炮口爆发出大量赤褐色的火焰。
一颗几百磅的炮弹呼啸着冲进了“布里德罗德”号的甲板。发出巨大的爆炸和隆隆声，接着在轮机舱引爆，炸死14人，大爆炸使8个锅炉中，6个停止了转动，战舰像一只受伤的鳄鱼颤抖着，舰长菲尔茨少将赶紧指挥这艘巡洋舰退出战斗。荷兰驱逐舰“克特斯尔特”号开始开炮还击，一炮击中了“苏州”号的炮台，“苏州”号的桅杆也被打断。
“苏州”号舰长林永升大怒，指挥炮火还击，猛烈的炮弹呼啸着飞向“克特斯尔特”号，一颗鱼雷砰地钻进了“克特斯尔特”号，这艘船立即被炸成两截。消失在了海水中。它旁边的驱逐舰“伊莎白拉二世”号也遭到了暴雨般炸弹的轰击，船的底部从充满汽油的水面翘了起来。船身不断摇摆着，直到轮船的上部碰到了25英尺深的海底，最终沉没了。接着轮船停止了颤动，就像一只巨大的、停靠在海滩上的死鲸鱼，靠近右舷的螺旋推进器突出在海面上。
一艘法国的军舰“圣路易”号的前甲板中炮，燃起了熊熊大火：一枚炸弹穿过右舷在弹药舱爆炸；另一枚则穿过甲板然后在底舱爆炸，引起了大火。战舰一直在航行，但是舰首开始下沉并造成燃油外溢，大火吞没了船的尾部，港口上冒起滚滚浓烟，这些油烟简直令法国海军窒息，死伤数百人。
战斗进行到午夜时分，中国的军舰装上了12枚超强威力的新式鱼雷，全部发射了出去。荷兰战舰随后陷入了一片火海之中。几秒钟之后，一声爆炸振动了荷兰“德岛特科尔”号旗舰，然后一柱火光直冲夜空，在最后一次痉挛性的爆炸冲击中，这艘荷兰旗舰沉没了，带着荷兰海军上将菲尔卡德鲁将军和他的366名士兵。
西班牙“雷蒙德”号战舰试图通过介于爪哇和苏门答腊岛之间的巽他海峡，逃进印度洋。中国已经封锁了那段海峡，并派部队在巴达维亚附近的海岸线登陆，那里是爪哇的首都。几分钟之后，一支中国舰队赶来了，包括1艘巡洋舰和2艘驱逐舰，接下来发生的是一场简短的、一边倒的交火。4枚鱼雷击中“雷蒙德”号撕开了它的船体，并炸沉了它。
爪哇海域的一场混战，交战结果，中国海军击沉荷兰、法国、西班牙巡洋舰4艘，和6艘驱逐舰，俘虏一艘巡洋舰和四艘驱逐舰，己方损失巡洋舰一艘和一艘三艘鱼雷艇，荷兰海军官兵死伤二千多人，中国赢得了爪哇岛海战的胜利。
在中国完全掌握制海权的情况下，王士珍的陆军开始在爪哇南望地域上陆。在登陆之前，蒋百里的飞艇部队对荷属印度岸上的军事目标实施了突击，炮兵也进行了猛轰。老将聂士成指挥着军队抢先登陆，他身先士卒，亲自上一线指挥，挥舞着指挥刀，一遍又一遍指挥着他的部下猛攻荷兰士兵：“兄弟们，我们建功立业的机会到了！刘永福占领过古巴，刘六麻子攻占了菲律宾，我们新军不能让人家瞧不起，一定要拿下爪哇岛！！”
爪哇崎岖不平、丛林覆盖的地区，好像是为中国的军队准备的，中国的军队使用坦克和具有强大效力的步兵团开辟公路。当他们碰到一个荷兰阵地，中国的坦克就会冲过去摧毁它，紧接着步兵就会占领它。如果坦克遇到障碍物停下了，步兵就将进攻这个阵地。接近障碍物的时候，步兵就会冲下公路进入密集的灌木丛林中，或者进入沿着公路两边的红树林中。在坦克的行进过程中，骑兵经常在前面侦察情况。接着，当敌人被击溃的时候，坦克军团继续对撤退的敌军保持着压力。中国各个军种分工有序，勇猛无比。
荷兰陆军也节节败退，三千多人退到丛林里，但是，荷兰军队最害怕的就是丛林，他们不堪忍受吸血的水蛭，或者是多刺的攀缘植物，更害怕爪哇岛上的“吃人树”，经常出现的混乱状态，使他们的视线只能看到周围几英尺的范围，晚上，黑暗降临，丛林地区的恐怖，渗透进每个荷兰败军的心中。大部分荷兰士兵的脚上都缠着绷带，他们把步枪和弹药丢在一边，不敢合上眼睛，饥饿和恐惧在他们心中蔓延。
中国的军队则士气高昂，抓紧时间猛攻，在那一个星期里，在反复不断的爆炸声中，瓜哇岛的街道上输电线路一团一团散落在地，电线杆被炸得粉碎，已经膨胀的没来得及清理的尸体，被不断蔓延的大火剧烈燃烧着。宋教仁、黄克强和部分光复会的会党，也在荷兰军队后方捣乱，组织华侨反抗荷兰人，荷兰人腹背受敌，苦苦支撑着。
在其他战线，中国的军队也有序推进，喜讯一个接着一个。1904年1月14日，中国的军队攻下安汶岛。接着，帝汶岛处于能够轻易打击的范围之内。在三天内，中国的军内接连攻击婆罗洲和西里伯斯岛，这两个岛屿的失陷指日可待。接着，中国陆军在雅加达地域上陆，占领雅加达，两天后占领泗水。1月25日，中国的军队攻下了巴达维亚，爪哇岛唾手可得。
荷兰印尼总督卡尼拉瓦尔，在要塞下面一间简易的防空会议室里，召开了最后的军事会议。卡尼拉瓦尔将军和他的助手尼班特尔少将，分析了荷兰军队面临的形势，发现印尼已经没有挽救的希望，静静地并且带点悲哀气氛。
卡尼拉瓦尔在2月4日，作了一个艰难的决定，他对尼班特尔少将说：“我们别无选择，只能向中国人投降了。”
尼班特尔少将点点头说，“战争对我们来说，已经是噩梦！我们是该回老家了。”
2月5日上午7点30分，天已经大亮了，卡尼拉瓦尔带着荷兰的将领，举着白旗，带着最后的两千荷兰士兵投降，中国的军队的炮击便停止了。聂士成召集了其他将领，接受了荷兰人的投降。在收降的仪式上，中国士兵们情绪高昂，唱着新国歌，“巍巍昆仑，凝视华夏大地，滔滔江河，孕育古老文明，黎民当家作主，帝王离我们而去……尧舜时代，先人告诫，民有五族，不能分离……”热烈的场面，就像当年郑成功收复了台湾！
在庄重肃穆的受降仪式中，王士珍等中国将领们静静地举起了简陋的酒杯，面朝北京所在的方向，齐呼：“******万岁！”
第二天，王士珍率军在爪哇岛上登陆，荷兰正式放弃了他们的东印度群岛，结束了他们在这个群岛上300年的统治，爪哇岛上最后的一条消息，通过一家无线电台传回了荷兰：“现在，我们被击败了，下一个美好的时代再见。”
不到两个月的时间，中国就攻占了印度尼西亚，把荷兰人赶出了南洋。最后，荷兰政府花了相当于六百万银元的荷兰盾，把荷兰战俘赎回了国，印度尼西亚基本上成了中国和英国的地盘，中国又多了一个工业原料基地，还有众多的廉价劳动力，工业化的基础更加牢固了。
在中国人的文化典籍里，爪哇岛是个遥远缥缈之地，比如要说记性差，就说“早就忘到爪哇国去了”，印尼的最主要的城市雅加达、万隆、三宝垄、泗水、日惹等都在这个岛上，郑和七次远洋航海，每次都到访印尼群岛，足迹遍及爪哇、苏门答腊、加里曼丹等地，给当地人留下了友好的印象，其中三宝垄市还是纪念郑和的“三保大人”得名，所以爪哇当地人对中国的军队的到来，没有多大的恐惧感，一直到中国对当地实行铁血统治！
中国的军队占领了整个印尼之后，李经述派人去把朱尔典找来，开始跟英国政府谈收回香港的事情，他决定打铁趁热，收回香港。
香港主要有三大部分的面积，分别是：香港岛约81平方公里；九龙半岛约47平方公里；新界及262个离岛约共976平方公里。当时，香港岛和九龙半岛界限街以南地区割让给英国。加上南洋一带海域辽阔，岛屿众多，港湾丛错，海盗大肆猖獗，经常出没海上，掠夺往来商船，杀害船上商旅。自马六甲、马来西亚、婆罗洲、苏门答腊、以至菲律宾的苏禄岛等地，无不有海盗活动其间，造成商业往来的极大危害。自1820年起，英国即不断地派遣其海军协助东印度公司的商船队对之征剿，所以英国远东舰队在亚洲是长期存在的，实力不弱。当时，中国海军的实力跟英国也有差距，而且中国的工业化还要靠英国支持，所以，李经述并不想和英国人开战。
李经述提出以岛换岛，收回香港，他对朱尔典说：“犯中华者，虽远必诛。不过，中国人民一向爱好和平，中国政府准备以苏门答腊的棉兰，来换取香港还有英国在中国的租界，你看怎么样？棉兰靠近马六甲海峡，陆地面积相当于将近30个香港。”
棉兰是由棉兰小村发展而来的城市，1903年种植园兴起后，是当时苏门答腊北部的烟草、橡胶、椰子、油棕等农产品集散地和加工中心，工业有炼油、纺织、椰油、橡胶制品、卷烟等，设有种植园、油田和铁路管理局、货栈及与之紧密联系的国内外银行机构，其外港勿老湾是优良港口，面积有平方千米。当时香港也还不发达。所以这笔交易对英国政府来讲，也是划算的。英国驻华大使朱尔典想试探了一下中国政府收回香港的决心，问道：“总统先生，这笔买卖虽然划算，但要是英国政府不答应呢？”
李经述哈哈大笑，“中国已估计到了可能出现的各种情况！不过，我相信最坏的事情不可能发生。以英国现在中国的利益，别说是一个香港，就是一百个香港也换不回来。而且，现在整个南洋地区，还需要中英两国携起手，共同维护其稳定和繁荣呀。”
朱尔典说：“大总统说得对，我们中英两国，现在和今后，合作的机会一定很多。我这就去给伦敦发电报。你等我的好消息。”
1904年7月1日，中国海军第六舰队的八艘巡洋铁甲舰，正式进驻香港，中国的五色国旗在香港的天空高高飘起，英国的米字旗徐徐降落。这一天，中国对香港恢复行使主权，在驻港部队嘹亮的国歌声中，举国欢庆，中国结束了满清政府长达六十年的屈辱外交，中国人民不仅从此真正站起来了，还挺直了腰杆！
这一次中国出兵南洋，不仅顺利攻占印度尼西亚，还顺带将德国、法国的势力赶出了中国，而且还收回了澳门和香港，李经述总统的威望在国内日益高涨，一言九鼎，纽约时报还称赞他为“东方的拿破仑”！