很多人对鲁迅振聋发聩的“呐喊”有意见，去教育部门口请愿，教育总长严复的压力很大，只好去总统府找李经述。李经述也不含糊，让人把鲁迅也叫到办公室，三人在会议室里闭门长谈。
严复跟李经述汇报了鲁迅的三篇文章的主要内容，说：“最近别有用心的人把这三篇文章发给国会议员们传阅，还说鲁迅把教育部搞得乌烟瘴气，人心惶惶。”
李经述对严复说：“这几篇文章观点不错，我已经看过了。鲁迅在教育部升官，是我钦点的。那些别有用心的人，是针对我的吗？”
“那倒没人敢。”严复回答说：“主要还是现在是社会转型时期，中西文化碰撞，一些人的思想有点混乱。我个人对鲁迅倒没有什么意见，只是底下的人意见很大，说他批评人不留情面。”
李经述听了很不高兴，变了脸色，说：“你们教育部门，乃是清水衙门，但木秀于林，风必摧之，这个风气不好。我看鲁迅的文章，比如第一篇文章，讲的就很好，批评你们教育部编纂的历史教科书有问题，我觉得他说的还不够。我也看了你们组织专家编撰的历史教科书，我一般都是不干涉你们的工作，但真是如鲁迅所说，死抱着传统的臭裹脚布，又臭又长。除了一些年月日，枯燥的数字和事件，很多历史指导思想都是有问题。”
“鄙人才疏学浅，实在惶恐。”严复听到李经述的批评口气很严厉，额头直冒冷汗，小声问道：“大总统能不能说得具体一点，我们好改正。”
“你啊，不是学问不够，我看你是当官当久了，有了官架子。”李经述说：“比如太平天国这一段历史，我们后人该如何看？不能出于民族革命的政治需要，就加以美化吹嘘。要向鲁迅说的那样，以人性为尺度，去客观评判这段历史。不仅洪秀全本人荒淫无耻，残暴愚民，后宫佳丽几千人，以他为首的太平军造反，造成中华民族一次历史性大灾难。仅苏、浙、皖、赣、闽五省，人口死亡就多达四五千万。中国当时最富庶的江南地区，经济受到极惨重的打击。原来的沙皇俄国还趁清政府与太平军作你死我活的搏斗时东北与华北兵力空虚，侵占黑龙江以北、外兴安岭以南60多万平方公里的土地。如何认识洪秀全及太平军那段历史，我个人认为，必须尊重历史事实，必须以是否有利于人民福祉、社会文明进步为准则。”
严复说：“大总统说得对。不过也有一些专家学者说太平天国曾经举起过‘官兵平等、男女平等’之类的旗号，定都天京之后，还颁布过《资政新篇》，这在当时的中国算是相当先进的思想。”
李经述笑道：“那些个砖家，只会在历史资料里研究学问，应该关到牛棚里去！评价一个人，重要的不是他说了什么，而要看他干了什么。更何况《资政新篇》，开篇就是‘天父天兄纲常，太平一统江山万万年也’。洪秀全他们刚刚定都南京，就露出了他们自私、狭隘、贪图享乐、不思进取的劣根性。在洪秀全的眼里，妇女都是他的玩物和奴隶，根本就不把妇女当人看。天王府连太监也不设，妃嫔加上服役的女官，总计有二千三百多名美女，陪侍洪秀全一个男人。你再看看他写的那些恶心的淫诗，什么狗屁东西。这些还能算是先进的东西？”
鲁迅在旁边站了半响，没有吭声，这时也忍不住插话对他们说：“严总长，大总统说得对，洪秀全有两大罪，一是走了以往中国几千年的造反者的老路，封建迷信起家，迷惑了无数善良的老百姓；二是放任太平军对无辜百姓的残杀，太平天国十几年中国死了几千万百姓！至于选妃、猜忌滥杀功臣，和这大罪相比，反而是小事了。还有很多历史人物，我觉得也是要重新评价的，比如张献忠，这个王八蛋，不投降的杀，投降的也要杀，官兵杀，普通老百姓也要杀，不听话的杀，听话的也要杀；在四川搞个大西政权短短两年，天府之国被他杀成人间地狱，猪狗不如，不能因为他造反就美化他。”
李经述点点头，对严复说：“严总长，这历史教科书的问题很大，我准备让鲁迅分管教材司，主持重修历史教材。这不是跟你商量，是要你马上去办的事。中国社会还需要进一步解放思想。”
严复这时头上已经直冒冷汗，惶恐地说：“既然大总统有此意，我没有意见。”
李经述那天有点累了，就对严复说：“今天就讨论到这。至于鲁迅批判传统文化和道德的事，我去拜访鲁迅时，就跟他谈过。他的这些观点，我很欣赏，有时间我会去国会作一场报告，解放大家的思想。”
这次谈话，李经述实际上表示了对鲁迅的大力支持，还让他主持重新修史，严复一回到教育部，就开会传达了李经述的指示，鲁迅在教育部惹的风波迅速平息了下去。
有了李经述的支持，鲁迅对中国文明和世界文化的钻研更加没有禁区，思想的锋芒也更加锐利，他更加深刻反思起中国的“黄金时代”：从1895年到1910年，可以说是中国经济发展的“黄金时代”。当时也没有哪个国家对中国搞技术封锁，中国积极引进世界上最先进的技术，还有顶尖人才，经济多年连续实现两位数增长。中国各地迅速进行着工业化和现代化，城市里高楼大厦拔地而起，公路和铁路不断延伸。北京、上海、广州、哈尔滨等都发展成现代化大城市，富人和中产阶级的吃穿用度几乎与欧美国家无异，社会文化空前开放。
但是，尽管总统李经述和内阁总理盛宣怀大力推行各项政府改革，后来的财政总长席家栋也很懂经济，但中国现代化的起点之低，不是李经述这个雄心勃勃的大总统和各级政府官员所能决定的。同其他历史悠久的文明一样，中华文明的转型比较慢。中华帝国继承下来的晚清帝国，总的来说是贫困和落后的，民众愚昧，旧官僚阶层腐朽守旧，绝大部分人口都是文盲，乡绅地主仍掌握国家的文化和经济命脉，直到商人阶层的迅速崛起。
“黄金时代”的快速改革，触动了传统地主乡绅阶层的利益，特别是土地改革，将大量他们拥有的土地通过国家债券赎买的方式，分配给了无地农民。而且工商立国带来的各种思想冲击，比如自由、平等、法治，将他们这些人逐渐边缘化，他们对日益物欲横流的社会，感觉到无所适从。鲁迅是一位大思想家，想为“黄金时代”的中华帝国开出思想的药方，他随即在《华报》上写文章鼓吹“功利的道德”和“个人主义”的哲学思想。
鲁迅在《功利的道德》中说：“这篇文章的观点，比如道德和功利的关系，倒不是我的首创。一般人总认为，道德就是不讲功利。实际上这就错了，功利恰恰是讨论道德的基础。功利主义的道德观，有基于神学的，也有基于人天性的、遗传的，在逻辑上能成为一个系统。英国的大哲学家边沁十八世纪就说，道德实际上是大家的利益。简单地说，世上的事情分为利人利己、损人利己、损己利人、损人损己四种，最好的一种情况，从全社会来讲是利人利己。虽然从道德来讲损己利人是最好，但这也是最不现实的。这一点我深有领会，最近我和二弟周作人之间闹矛盾，这让我彻底明白过来：所谓社会道德问题，都是伪问题，主要还是私利问题。我们兄弟，尚且都有各自的私利，何况社会。
我们的先贤崇尚道德教化，然而道德实在算不上什么高大上之物。道德不过是自利的产物，在根本上，道德源于对于私利的追求。民众不讲卫生是因为公用垃圾桶不够，随地大小便是因为公厕不足，官员贪污是因为权力约束机制不够，一个社会如果从道德上做文章，就永远难以进步。官办的企业，享受着各种税收优惠，卖油的年年亏，修铁路也亏，甚至公路收费的也出现亏损的怪事。一个社会的道德水平，跟国民素质关系非浅，更与经济资源配置的公平度息息相关。
老百姓一睁眼全是柴米油盐酱醋茶，经济才是人类的天然属性。道德不是决定人的行为的关键，相反，道德本身倒是需要给出解释的。利己和利他行为都不过是特定制度约束下个人追求私利的产物。制度、也只有制度，才是决定人的行为。这样看问题，就把重心置于制度建设上了，也才抓住了道德问题的根本。所以我强调用制度建设来代替道德宣教。制度好了，使坏人改变恶行；制度不好，使好人做坏事。道德建设如中药温补，制度完善才是救命之药！在岌岌可危的社会呼吁道德，如同为一命在旦夕的病人慢慢调养，身体经得起等待吗？制度才是救命之根，我们需要法治的手术刀切除社会毒瘤。
不过话说回来，说到中国人的道德，恐怕大家都不免要摇一摇头，发出一番‘世风日下，人心不古’的感慨。几十年前的中国，还是一个民风淳朴的道德之邦，但工商立国之后，国家逐步转型为市场经济，自私自利、见利忘义、为富不仁者不断涌现，一次又一次地挑战道德的底线。其实市场经济并不是吞噬道德的恶魔，而是新时期的道德和传统道德存在严重冲突。传统道德认为人应当克制自己的私欲，从‘存天理，灭人欲’到‘毫不利己，专门利人’，表达的都是这种观点。这种观点看起来理所当然，实际上却会事与愿违。人性是难以改造的，压制人性是中国几千来走错的老路。我们必须承认人的自利性，市场利用每个人的自利性，促进资源的合理配置，满足了人们的需求，引导着人们辛勤工作，发挥出自己最大的潜能。在市场经济的新时代，我们的道德观也应当与时俱进，适时扬弃旧道德，这样中国人的道德，才能有个光明的前景。”
鲁迅还到北大演讲，介绍泰西的个人主义哲学。他介绍，个人主义是自由主义理论的出发点，强调人是万物的尺度。个人主义的基本信条是：每个人是其自身利益以及知道如何促进这些利益的最佳判断者。如何赋予每个人以选择自身目标和实现这些目标之手段的最大自由和责任，并使得个人采取相应的行动，则是一个社会是否符合理性要求的重要标准。个人理性是意识到人有追求幸福的权利，承认人活着不是自我牺牲，而是自力更生和自我实现；理性是自私的美德。我将永远不会为了另外一个人而活，也永远不会要求另一个人为了我的缘故而活。人不是为别人活着，人有权追求快乐，人的快乐不是通往任何终点的途径，它是终点，是它本身的意图和目标。人也不是任何人的目的和手段，不是他人的工具，不是他人的奴隶。所以，年轻的朋友，我要正告你们，永远不要放弃生活中那些你想要的东西，为之奋斗是值得的！
鲁迅这样的思想，几乎激怒了整个中国的知识分子：激进的革命知识分子、自由主义者和保守主义者。他们贬低他的思想，称“只有十几岁的青少年醉心于他的学说。”在政治上，鲁迅也貌似是一个失败者，自由主义者不喜欢他摆出的自我为中心的姿态；保守派不喜欢他功利主义；双方同时都反对他对金钱的正名。唯一支持他的人，就是大总统李经述，他没有罢免鲁迅教育部副总长的职务。鲁迅心生感慨，“我的文章，只要大总统一个人看得懂就行。”
可是就连这句话，也被一些无德无耻的伪公知在报纸上大肆批判：“鲁迅把自己打扮成一个拥有革命家情怀和艺术家气质的孤独旅者，一个胸怀天下又困于琐碎的书生，一个混迹于江湖又将闻名于朝堂的盖世英雄，现在他自己露出了狐狸尾巴，原来他也只是‘奴家心中只有皇上一人’的货色”。
这些攻击彻底激怒了鲁迅，给鲁迅带来的却是兴奋。出于反击，他发起了一场捍卫自己思想的新青年解放运动，鲁迅经常到各大学巡回演讲，回击各种关于他的批评。他经常跟青年学生们说这样一句话：“你可以勇敢走你自己的路，当一位伟大的战士，不理会那些路边的牛粪上嗡嗡乱叫的苍蝇！”